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高质量竹黄菌全基因组DNA的提取方法比较

文献类型： 中文期刊

作者： 黄青青 1 ; 乙引 1 ; 魏洪美 1 ; 任锡毅 2 ; 刘永翔 2 ;

作者机构： 1.贵州师范大学生命科学学院

2.贵州省农业生物技术重点实验室

关键词： 竹黄菌;改良CTAB法;蛋白酶K法;高盐沉淀法;全基因组测序

期刊名称： 贵州农业科学

ISSN： 1001-3601

年卷期： 2015 年 43 卷 12 期

页码： 19-22

收录情况： 北大核心

摘要： 真菌的细胞壁,增加了提取基因组DNA的难度,为找到满足竹黄菌全基因组序列分析的高质量DNA的提取方法,分别使用改良CTAB法、蛋白酶K法和高盐沉淀法提取竹黄菌菌丝体的基因组DNA,并进行琼脂糖凝胶电泳、紫外分光光度计测定浓度和纯度、ITS序列的PCR扩增和酶切检测。结果表明:3种方法提取等量竹黄菌菌丝体的基因组DNA,蛋白酶K法和高盐沉淀法均能得到较为完整的且大于15kb的DNA,改良CTAB法DNA发生降解;通过PCR和酶切检测,3种方法所得基因组DNA均能有效地进行相应的酶反应。综合考虑基因组DNA的浓度、纯度、完整性和有无降解等,蛋白酶K法提取得到的基因组DNA(浓度为233.495ng/μL,OD_(260)/OD_(280)为1.806)最适用于全基因组的序列分析。

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[1]竹黄菌veA基因全长克隆与序列分析. 任锡毅,魏洪美,谭玉梅,黄青青,刘永翔. 2017

[2]竹黄菌原生质体的制备与再生分析. 魏洪美,任锡毅,杨兵,黄青青,刘永翔,乙引. 2016

[3]竹黄菌Ku70基因全长克隆及序列分析. 黄青青,任锡毅,谭玉梅,魏洪美,乙引. 2015

[4]基于广泛靶向代谢组学的竹黄活性成分分析. 钱瑞,任锡毅,刘永翔,蒋选利. 2019

[5]竹黄菌角质酶Sb_5623的生物信息学分析及其原核表达. 王珞,罗可,任锡毅. 2023

[6]甘蓝型油菜高质量DNA提取方法研究. 张宁洁,熊光明,朱文秀,张品,秦信荣. 2010

[7]适于植物愈伤组织DNA提取的改良CTAB法. 黄永会,朱英,刘永翔. 2014

[8]一种适用于木犀科苦丁茶的高效DNA提取法. 梁远发,郑道君,刘国民,鄢东海,令狐昌弟,田永辉. 2008

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