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鲤基因组中1个新Tc1类转座子的发现与鉴定

文献类型： 中文期刊

作者： 王全乐 1 ; 冀培丰 2 ; 徐鹏 2 ; 孙效文 2 ;

作者机构： 1.中国水产科学研究院生物技术研究中心

2.中国水产科学研究院生物技术研究中心;上海海洋大学水产与生命学院

关键词： Tc1;转座子;鲤;拷贝数;重复序列

期刊名称： 中国水产科学

ISSN： 1005-8737

年卷期： 2011 年 18 卷 06 期

页码： 1392-1398

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 在鲤(Cyprinus carpio)基因组中鉴别出一个新的具有潜在转座活性的Tc1类转座子,并命名为CCTN转座子(Cyprinus carpio Transposon,CCTN)。CCTN转座子全长1 611 bp,由两端约214 bp的反向重复序列(Inverted Repeat,IR)和中间不间断的996 bp的转座酶开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)组成。CCTN转座子推测的转座酶序列中存在完整的DD(34)E结构域,此结构域是Tc1类转座酶作用的必需位点之一。采用实时荧光定量PCR评估CCTN转座子在鲤基因组中的拷贝数约为2.28×103,占全基因组的0.21%。分子系统学研究表明,CCTN转座子是一个新的鱼类Tc1类转座子,其与斑马鱼(Danio rerio)Tzf-28、大西洋鲑(Salmo salar)SALT1和鲽(Pleuronectes platessa)PPTN2等Tc1类转座子亲缘关系较近。

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