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基于病毒宏基因组技术侦测牡蛎体内病毒

文献类型： 中文期刊

作者： 黄晟 1 ; 姜敬哲 1 ; 王江勇 1 ; 许新;

作者机构： 1.广东省渔业生态环境重点实验室

关键词： 牡蛎;病毒宏基因组;高通量测序

期刊名称： 南方水产科学

ISSN： 2095-0780

年卷期： 2017 年 13 卷 05 期

页码： 39-46

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 建立了牡蛎(Crassostrea spp.)病毒宏基因组研究方法,应用差速离心和蔗糖垫超速离心提取病毒样颗粒,核酸酶处理宿主游离核酸后提取病毒总核酸,经反转录、双链合成和核酸扩增获得足量DNA。高通量测序共获得1 661 809 000个碱基,包括6 647 236个读长(reads)信息,拼接后得到50 842个重叠群(contig),序列总长度达到14 239 389 bp。同时从reads质控图等多方面对测序数据进行分析与评估,显示测序数据质量良好。数据与病毒库进行比对,发现病毒序列来自于小核糖核酸病毒科(Picornaviridae)和疱疹病毒科(Herpesviridae)2个科,类单纯疱疹病毒(Simplexvirus)、心病毒(Cardiovirus)和肠道病毒(Enterovirus)3个病毒属。

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