您好，欢迎访问中国热带农业科学院 机构知识库！
中国热带农业科学院机构知识库

全部

  • 全部
  • 标题
  • 学者
  • 机构
  • 关键词

牛耳朵与黄花牛耳朵比较转录组学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘合霞 1 ; 李博 2 ;

作者机构： 1.广西植物研究所

2.桂林师范高等专科学校

关键词： 牛耳朵;黄花牛耳朵;比较转录组;岩溶环境的适应性;正选择基因

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2019 年 06 期

页码： 1853-1863

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 牛耳朵和黄花牛耳朵在岩溶环境的适应性上区别显著。为研究它们在岩溶环境中分子适应机制的差异及相关基因,本实验对它们的叶片转录组进行了测序,通过比较转录组分析,筛选两个物种中的直系同源基因,检测正选择基因,寻找可能参与适应岩溶环境的基因。结果表明,牛耳朵与黄花牛耳朵的N50值分别为795和819,在牛耳朵中测序得到了157 728个unigene,黄花牛耳朵为156 965个。为了解两个物种unigene的功能信息,将其与公共数据库进行BLAST同源比对;用OrthoMCL筛选两个物种间的直系同源基因,经过严格的数据筛选后,共得到了1 898对直系同源基因,并计算其Ka、Ks及Ka/Ks值,利用公式T=K/2r估算两个物种的分化时间约为0.86±0.72百万年前(Mya)。在两个物种中有152对直系同源基因受到了强烈的正选择作用,对其进行GO、KEGG功能富集分析及基因功能注释,得到了与岩溶环境适应有关的19对功能基因。对两个物种的进化分析不仅估算了大概的分化时间,而且还发现了在岩溶环境中差异适应的相关基因。

  • 相关文献
作者其他论文 更多>>
置顶
购物车
反馈

© 京ICP备09089781号-29 主办单位：中国热带农业科学院

学术资源： 中国农业科学院 农业专业知识服务系统 农科联盟资源共建共享平台 中国农业科技文献与信息服务平台 中国农业期刊集成服务平台