文献类型： 中文期刊

作者： 张少平 ¹ ; 洪建基 ¹ ; 邱珊莲 ¹ ; 郑云云 ¹ ; 张帅 ¹ ; 吴松海 ¹ ; 何炎森 ¹ ; 郑开斌 ¹ ; 郑加协 ¹ ;

作者机构： 1.福建省农业科学院亚热带农业研究所

关键词： 紫背天葵;转录组;测序;基因分析;功能注释

期刊名称： 园艺学报

ISSN： 0513-353X

年卷期： 2016 年 43 卷 05 期

页码： 935-946

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为探讨紫背天葵(Gynura bicolor)花青素等物质合成的遗传基础,采用高通量测序技术(Illumina HiSeq 2500)对其嫩叶进行转录组测序,共获得21 387 624个序列读取片段(reads),将测序数据进行序列组装后,获得33 314个单基因簇(Unigene),其中超过1 kb的7 792个Unigene中共检测到2 387个SSR位点。对所得Unigene进行不同数据库注释,22 048和14 417个Unigene分别在Nr和Swiss Prot数据库有同源比对信息,并发现有29个Unigene与花青素合成相关;Pfam功能注释到13 909个Unigene分为5 198类相关蛋白功能区域,有12个Unigene涉及到花青素合成;GO注释到11 613个Unigene分为细胞组分、分子功能及生物学过程等3大类51个功能组,有24个Unigene与花青素合成有关;COG注释到的6 589个Unigene功能系统分为24类,而KOG注释到的13 498个Unigene功能系统分为25类;以KEGG数据库为参考,将4 466个Unigene定位到108个代谢途径分支,其中有47个Unigene与类黄酮生物合成相关。