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口蹄疫分型诊断芯片探针设计初报

文献类型： 会议论文

第一作者： 相磊

作者： 相磊 1 ; 北京市农林科学院畜牧兽医研究所 2 ; 陈小玲 3 ; 李伍举 4 ; 梁之昶 5 ; 章振华 3 ; 胡国良 1 ; 徐福洲 3 ; 石岗 3 ;

作者机构： 1.江西农业大学动物科技学院,南昌,江西,330045

2.北京,100097

3.北京市农林科学院畜牧兽医研究所,北京,100097

4.军事医学科学院基础医学研究所,北京,100850

5.新疆农业大学动物科技学院,乌鲁木齐,新疆,830052

关键词： 口蹄疫;分型诊断;VP1基因;基因芯片;寡核苷酸探针

会议名称： 中国畜牧兽医学会动物传染病学分会第十二次学术研讨会

主办单位： 中国畜牧兽医学会

页码： 182-186

摘要： 对O型FMDV 8个基因型、A型FMDV 3个基因型和AsiaⅠ型口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease Virus,FMDV)设计出基因型特异性探针,使其不但能够将同一血清型内的不同基因型FMDV序列区分开,而且也能够将其与其他血清型FMDV序列区分开。从美国GenBank与英国世界口蹄疫参考实验室(WRLFMD)基因库下载FMDV基因序列1327条,其中O、A和AsiaⅠ型FMDV全VP1基因序列547条.将每一血清型毒株序列应用DNAStar软件中的ClastalW工具进行多重比对后,用TreeView绘制系统发育树,通过系统发育分析对其进行基因分型。在确定序列的基因型基础上,用生物学软件BioSun2.0建立各基因型的数据库并设计探针.用设计出的探针BLAST(搜索)上述基因库中下载的所有序列,对探针进行筛选.最终应用BioSun2.0,针对O型FMDV的8个基因型共设计出55条型特异性探针,针A型FMDV的3个基因型共设计出40条型特异性探钟,；针对AsiaⅠ型FMDV设计出了9条型特异性探针.正在通过芯片探针与PCR靶标的杂交实验对这些寡核苷酸探针进行特异性和敏感性评估.

分类号： S855.3`S852.4

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