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基于高通量测序的甜菜内生细菌多样性

文献类型: 会议论文

第一作者: 史应武

作者: 史应武 1 ; 杨红梅 2 ; 张涛 1 ; 孙建 2 ; 娄恺 1 ;

作者机构: 1.新疆农业科学院微生物应用研究所,乌鲁木齐 830091

2.新疆乌鲁木齐南昌路403号新疆农科院微生物所

关键词: 甜菜;内生细菌;微生物多样性;高通量测序

会议名称: 纪念中国微生物学会成立六十周年大会暨2012年中国微生物学会学术年会

主办单位: 中国微生物学会;江苏省微生物学会

页码: 57-58

摘要: 目的:揭示甜菜内生细菌多样性及其演替规律和动态变化。方法:采用液氮研磨法分别提取甜菜组织总DNA,采用通用引物L-V3和R-V3扩增内生细菌16S rDNA的V3区,通过华大基因公司进行12个甜菜内生菌样品的16S rDNA的V3区的Illumina高通量测序平台测序,并进行相应的高级信息学分析。结果:1、甜菜内生细菌具有较高的多样性.其中内生细菌优势菌属为Acidobacteria,Sphingobacteria,Gemmatimonadetes,Alphaproteobacteria,Betaproteobacteria,Deltaproteobacteria,Gammaproteobacteria。2、PCA结果表明样品中内生细菌的相对含量主要由2个主成分决定,即PC1和PC2。3、聚类分析表明甜菜同一生育期内生细菌群落结构相似。在纲水平上甜菜内生细菌的一些类群表现出明显的演替规律。

分类号: S435.663

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