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一种批量检测植物基因组LTR-反转座子的方法

专利类型: 中国发明申请

专利权人: 江苏省农业科学院

发明人: 杜建厂;刘静;徐珍珍;倪万潮

专利号: CN201410062207.1

摘要: 本发明公开了一种批量检测植物基因组LTR‑反转座子的方法。本发明所提供的检测植物基因组LTR‑反转座子的方法综合运用了基于结构特征从头寻找的LTR_STRUC程序,基于同源搜索的CROSS_MATCH程序,基于序列相似性的CLUSTALW比对程序,以及结合Perl脚本语言编程等方法。实验证明,本发明所提供的批量检测LTR‑反转座子的方法比较系统,检测植物基因组LTR‑反转座子插入位点正向重复的效果好,速度快,易实现流程化。本发明将常用的检测LTR‑反转座子的软件与Perl脚本语言编程相结合,一定程度上弥补了这些常用软件的一些不足。本方法将在基因组注释和批量检测植物基因组LTR‑反转座子中发挥着重要的作用。

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