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DNA测序污染序列批量处理工具

专利类型: 中国发明申请

专利权人: 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所

发明人: 匡友谊;孙效文;尹家胜

专利号: CN200710144577.X

摘要: DNA测序污染序列批量处理工具,涉及到一种分子生物学DNA序列的处理方法。它解决了现有的分子生物学DNA序列的处理方法不能对DNA序列的污染序列进行批量处理的问题。DNA测序污染序列批量处理工具由目录遍历装置、序列文件合并装置、载体污染序列搜索装置、接头污染序列搜索装置、位置确定装置和污染序列去除装置组成。它利用NCBI发布的Blast序列相似性搜索技术将待处理序列在构建好的载体序列库中进行相似性搜索,查找载体序列的位置,自动去除载体序列后,再利用两两序列比对技术查找接头序列的位置,并自动去除接头序列,最终获得无污染序列(包括载体和接头序列)的物种自有的DNA序列。它能够应用到分子生物学领域中对DNA测序获得的序列的处理中。

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