科研产出
火龙果新品种'大丘4号'
《园艺学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：‘大丘4号’是从以‘光明红’为母本，‘白水晶’为父本的杂交后代中选出的红肉火龙果新品种。树势旺盛，果实近圆形，平均单果质量316.0g，可食率73.2%。果皮浅红色，果萼数量多、长度和厚度中等，果肉红色，肉质爽滑，风味清甜，可溶性固形物含量14.24%，可滴定酸含量0.191%。广州地区每年开花结果 10～12批次，定植第3年，产量可达36 780.3 kg·hm-2。
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罗非鱼无乳链球菌ΔessA、ΔessB、ΔessC敲除菌株的构建及其特性分析
《南方水产科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：Ⅶ型分泌系统存在于无乳链球菌(Streptococcus agalactiae)中,其组成膜蛋白对底物蛋白的分泌转运至关重要.为此利用热敏型自杀质粒,构建了含氯霉素筛选标签的膜蛋白重组敲除载体pSET4s-ΔessA、pSET4s-ΔessB、pSET4s-ΔessC,经同源重组后,利用PCR技术筛选到了其缺失突变株-无乳链球菌ΔessA、ΔessB、ΔessC.通过菌株生长曲线分析,ΔessA、ΔessB、ΔessC敲除株均较野生株(WT)生长过程变慢,其中ΔessA、ΔessB敲除株在生长早期有显著性差异(P<0.01).对ESAT6蛋白分泌影响分析显示,与WT株相比,ΔessA、ΔessB、ΔessC敲除株ESAT6的表达量均显著下调(P<0.01).结果显示,ΔessA、ΔessB、ΔessC敲除株均较WT株毒力显著降低(P<0.01).研究表明,essA、essB、essC为无乳链球菌Ⅶ型分泌系统重要的膜蛋白,其基因缺失造成了分泌蛋白ESAT6mRNA表达水平下降,影响了菌株毒力.
关键词： 罗非鱼 无乳链球菌 Ⅶ型分泌系统膜蛋白 敲除菌株构建 生物学特性分析
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基于CRISPR/Cas9技术构建STING基因敲除猪肺泡巨噬细胞系及其对I型干扰素转录的影响
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]阐明干扰素基因刺激因子(STING)在猪抗病原微生物感染中的作用机制,为猪传染性胃肠炎、流行性腹泻和猪伪狂犬病等病毒性疾病的科学防控提供参考依据.[方法]基于CRISPR/Cas9技术,在STING基因第4、第8外显子中寻找高分靶点并设计sgRNA序列,将退火的sgRNA与酶切的LentiCRISPRv2载体用T4 DNA连接酶连接以获得LentiCRISPRv2-STING-sgRNA慢病毒载体(STING-sgRNA);以不同的STING-sgRNA慢病毒载体组合及包装质粒psPAX2和包膜质粒pMD2.G共同转染293T细胞,得到含sgRNA的慢病毒再转染3D4/21细胞;经嘌呤霉素筛选和有限稀释法获得单克隆细胞株,通过PCR、测序及Western blotting鉴定STING基因的敲除效果;并采用实时荧光定量PCR验证STING基因敲除对I型干扰素表达的影响.[结果]以不同的STING-sgRNA慢病毒载体组合与HA-STING过表达载体共同转染293T细胞,均能在细胞内对STING真核表达载体产生编辑效果,且以STING-sgRNA(1+5)慢病毒载体组合的编辑效率最高.以编辑效率最高的STING-sgRNA(1+5)慢病毒载体组合及包装质粒psPAX2和包膜质粒pMD2.G共同转染293T细胞包装出慢病毒,再用慢病毒感染3D4/21细胞,结果获得1株STING基因大片段(4989 bp)缺失的3D4/21细胞株,Western blotting检测未发现STING蛋白,说明STING基因敲除3D4/21细胞(3D4/21-STING-/-)构建成功.与野生型3D4/21细胞相比,在转染副猪嗜血杆菌DNA刺激下,3D4/21-STING-/-细胞中的IFN-β基因转录水平显著降低(P<0.05).[结论]采用CRISPR/Cas9技术能成功大片段敲除3D4/21细胞中的STING基因,而导致STING基因功能丧失;STING基因敲除会导致细胞在病原微生物DNA刺激时I型干扰素转录障碍,也提示STING基因可能是猪抗病原微生物感染的关键因子.
关键词： CRISPR/Cas9 STING基因 猪肺泡巨噬细胞 基因敲除 I型干扰素
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水稻WOX家族基因鉴定及其种子在逆境萌发中的表达分析
《南方农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]开展水稻WOX基因家族成员的鉴定及在种子逆境萌发中的表达分析,可为探究WOX家族基因的功能、作用机制及水稻遗传改良提供理论参考.[方法]对水稻WOX基因家族成员进行鉴定,利用生物信息学软件对其系统进化关系、理化性质、基因结构、保守结构域、保守基序、顺式作用元件和染色体定位等进行分析,并利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其在种子萌发过程的时空表达特征及非生物胁迫下的表达模式.[结果]从PlantTFDB数据库鉴定获得13个水稻WOX基因家族成员(OsWOX1~OsWOX13),可分为3个分支,其中,远古进化支仅含1个基因,中间进化支和现代进化支分别含有6个基因.13个OsWOXs家族基因不均匀地分布在水稻的1、3、4、5、7、8、11号染色体上,其余5条染色体上则不含该家族基因,其基因结构之间存在较大的差异,暗示WOX基因功能具有差异性和多样性.13个水稻WOX蛋白均定位于细胞核,具有Homodomain superfamily保守结构域和10个保守基序,其中Motif 1和Motif 2位于每个蛋白的保守功能域中.OsWOXs基因启动子区域均含有较多的光响应元件和防御胁迫响应元件,种子特异性反应元件(RY-element)存在于OsWOX1、OsWOX9、OsWOX11和OsWOX12基因中.13个OsWOXs基因在水稻种子萌发及逆境胁迫下的表达模式存在明显差异.OsWOX8基因在萌发种子和幼苗中均呈较高的表达量,OsWOX9和OsWOX11基因在种子萌发期表达量较高,而OsWOX2、OsWOX6和OsWOX8基因在幼苗中的表达量较高.干旱胁迫下,幼苗中OsWOX1、OsWOX2、OsWOX4和OsWOX5基因的相对表达量分别是对照(CK)组的15.0倍、8.0倍、3.9倍和3.6倍,而种子中OsWOX3、OsWOX4和OsWOX7基因的相对表达量分别比CK组降低87.2%、86.9%和97.8%.[结论]相较于拟南芥和玉米,水稻WOX基因家族成员在系统发育进化上较先进,仅保留OsWOX8一个古老分支,且其启动子区域均含有大量光响应和胁迫响应元件,推测其在功能上偏向于参与光合作用和逆境应答方面.OsWOXs基因在水稻种子萌发、幼苗及各种非生物胁迫下呈现丰富多样的表达模式,其中OsWOX9和OsWOX11基因为调控种子萌发的关键基因.
关键词： 水稻 WOX家族基因 生物信息学分析 非生物胁迫下的种子萌发 基因表达
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基于遗传算法与SVM的香蕉果实成熟度判别模型
《果树学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探究香蕉果实外形棱角特征与成熟度之间的关系，构建一种基于遗传算法与SVM的香蕉果实成熟度判别方法。【方法】采用同一种类不同成熟度的176个香蕉果实，根据果身长度进行横向平均切割，获取果实在上、中、下三个部位的横切面，再通过手工测量的方法获取横切面中每个棱角的夹角值，并以测量出的棱角特征作为判别成熟度的特征，通过遗传算法优化SVM分类模型参数，使成熟度判别模型能有效地将不同成熟度的香蕉果实进行区分。【结果】基于遗传算法与SVM的香蕉果实成熟度判别模型经过10次预测后，模型的平均准确率为86.20%。【结论】该方法能较为准确地得到香蕉果实成熟度判别结果，验证了香蕉果实的外形棱角特征与香蕉果实成熟度之间存在相关性，并可建立模型进行判别。
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鸡球虫疫苗和抗球虫药穿梭使用对鸡球虫耐药性的影响
《广东农业科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探究肉鸡养殖场使用球虫疫苗和抗球虫药物生物穿梭方案对鸡球虫耐药性的影响。【方法】在花都5个采用球虫疫苗和抗球虫药物生物穿梭方案的鸡场和英德5个仅使用抗球虫药物的鸡场中分离得到柔嫩艾美尔球虫，分别测试花都、英德虫株对6种常见抗球虫药物的耐药性，采用指标包括抗球虫指数（ACI）、病变计分减少率（RLS）、最适抗球虫活性百分比（POAA）和相对卵囊产量（ROP）。【结果】花都虫株攻虫对照、英德虫株攻虫对照肉鸡的盲肠组织切片均显示损伤波及粘膜层，肠腺丧失、炎性细胞浸润，粘膜及粘膜下层可见较多球虫虫卵。ACI指标显示，花都虫株对尼卡巴嗪、氯羟吡啶、马杜霉素严重耐药，对其余3种药物中度耐药；英德虫株对6种药物均中度耐药。POAA指标显示，花都虫株对马杜霉素尼卡巴嗪合剂敏感，对其他药物表现耐药性，英德虫株则对6种药物均敏感。RLS和ROP指标显示，两地虫株对6种药物均表现耐药。综合判定，花都虫株对尼卡巴嗪马杜霉素合剂中度耐药，对其余5种药物表现严重耐药；英德虫株对6种药物均中度耐药。【结论】野外鸡球虫耐药性严重，且呈现多重耐药性。花都虫株和英德虫株均对6种药物表现出中度到严重耐药，与仅使用抗球虫药相比，球虫疫苗和抗球虫药物穿梭使用方案不能显著恢复球虫敏感性。
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基于黄地老虎转录组测序的SSR和SNP特征分析
《广东农业科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析.[方法]对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析.[结果]黄地老虎转录组数据库包含66469条Unigene序列.利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4438个,分布于4048条Unigene序列上,占总序列的6.09%.其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%.A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元.SSR基元包含4~24次重复,以5次重复(21.67%)为主.SSR位点序列长度为12~127 bp,包含3493个中等多态性位点、820个高度多态性位点.利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型(237619个)和颠换类型(133529个)共371148个.C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次(18.28%),均属于转换类型.转换类型(64.02%)显著高于颠换类型(35.98%).[结论]黄地老虎转录组数据库中SSR位点分布频率较高、种类较多且多态性丰富,转换类型是主要的SNP变异类型,可为今后开展黄地老虎种群遗传结构与分化、遗传进化关系、迁飞规律及该害虫综合防治等研究提供重要科学依据.
关键词： 黄地老虎;转录组;微卫星;简单重复序列;单核苷酸多态性
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干燥方式对九制陈皮挥发性风味物质的影响
《广东农业科学 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]香气是衡量食品品质的重要评价指标之一.九制陈皮以其独特的香气而闻名,比较不同干燥方式对九制陈皮香气的影响.[方法]采用气相离子迁移谱(Gas Chromatography-Ion Mobility Spectroscopy,GC-IMS)对烘干与晒干两种干燥方式九制陈皮的挥发性风味化合物进行比较分析,根据其特征风味指纹图谱、感官分析以及偏最小二乘回归分析(PLSR),探讨了不同工艺产品之间的差异.[结果]两种样品共鉴定出46种单体及部分物质的二、三聚体挥发性物质,主要包括醛、醇、酯、酮、烯烃、酸以及呋喃7大类.分析指纹图谱发现,两种样品的挥发性成分存在差异,其中苯乙酸乙酯、乙酸乙酯以及3-甲基丁醛等6种特征物质为晒干样品的主要特征挥发性风味成分,2-甲基-1-丁醇、(E)-2-己烯-1-醇、(Z)-3-己烯-1-醇、环己酮、γ-己内酯等13种特征物质为烘干样品的主要特征挥发性风味成分,烘干样品的香气更加丰富.PLSR分析发现,烘干样品与柑橘香、干草香、果香和甜香香气属性强度具有更高的相关性,优于晒干样品,进一步验证了九制陈皮GC-IMS分析结果与感官分析结果的准确性.[结论]GC-IMS技术能够快速鉴定、区分不同干燥方式(烘干和晒干)制备的九制陈皮挥发性风味物质,烘干制备的九制陈皮香气更丰富.
关键词： 九制陈皮;香气化合物;气相离子迁移谱(GC-IMS);偏最小二乘回归分析(PLSR);感官分析
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基于TPA法的荔枝资源果肉质地品质分析
《果树学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】对不同荔枝资源的质地品质的相关分析，为快速、客观、合理的区别荔枝所属类群和评价不同荔枝品种质地品质提供一定的理论参考。【方法】采用质构仪的全质构分析（TPA）模式，分别对2020年的120份荔枝资源和2021年196份资源进行质地品质指标参数测定，包括硬度、最大黏附力、黏附性、内聚性、弹性、胶黏性以及咀嚼性，并分析各质地参数之间的相关性，并采用主成分分析方法和聚类分析方法，区分荔枝所属不同类群、不同质地荔枝品种。【结果】2 a（年）TPA测试结果显示，各指标之间相关性达到极显著（p＜0.01）且趋势一致。对质地指标进行主成分分析，主要分为3个主成分，其中2020、2021年前3个主成分累计方差贡献率分别达到90.535%和89.619%，反映荔枝质地品质的绝大部分信息具备较高的质地品质信息代表性，根据主成分中指标参数的比重，这3个主成分可依次作为适口性因子、口感黏附性因子和凝聚性因子。对2021年的196份资源（2个年份中有62份资源相同，取均值）的质地指标聚类分析，显示被分为3大类群，基于主成分分析结果可知，分别为适口性类群、口感黏附性类群和凝聚性类群。【结论】聚类分析结果可知，2021年的196份荔枝资源被分为适口性、口感黏附性和凝聚性3大类群，其中适口性类群的硬度、弹性、胶黏性以及咀嚼性等的质地品质值比其他2个类群大；口感黏附性类群的黏附性比其他2个类群小，最大黏附力比其他2个类群大，2个质地品质指标呈负相关；而凝聚性类群的硬度比其他2个类群小，内聚性比其他2个类群大，2个质地品质之间亦呈负相关关系。
关键词： 荔枝 质地品质 全质构分析（TPA） 相关性分析 主成分分析 聚类分析
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草菇提取液对牛肉肌原纤维蛋白在风味吸附过程中分子间作用力的影响规律
《食品工业科技 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了探究食用菌对肉制品蛋白质风味吸附能力的影响,本文利用草菇提取液(Volvariella volvacea extract,VV)对牛肉肌原纤维蛋白(Myofibrillar protein,MP)进行预处理,分析草菇提取液处理后MP蛋白间作用力及其风味吸附能力的影响.结果表明,草菇提取液不同程度地提高了MP对苯乙醛、1-辛烯-3-醇、2-庚酮、苯甲醛和D-柠檬烯等风味物质的吸附能力;草菇提取液处理后,MP-提取液体系中上述风味物质的占比较未经处理组分别下降了2.09%、6.1%、6.41%、9.85%和11.66%.使用尿素、盐酸胍、丙二醇和β-巯基乙醇对蛋白间作用力进行破坏,推测在风味吸附过程中蛋白间疏水作用力起主导作用,其次为氢键、共价结合和离子键.草菇提取液可能通过增强MP分子间的非共价键来强化MP对2-庚酮、1-辛烯-3-醇和D-柠檬烯的吸附能力,通过增强MP间的共价相互作用来增强对苯甲醛的吸附.
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