科研产出
18个双孢蘑菇核心种质的重测序初步分析
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过对双孢蘑菇不同类型核心种质的基因组重测序分析,探讨双孢蘑菇不同类型菌株间基因组存在的差异及开发相关分子标记。【方法】对双孢蘑菇国内外杂交菌株、野生菌株、高产型或优质型传统菌株、棕色菌株、不育菌株等共18株核心种质进行基因组重测序,应用不同的生物信息学处理软件,对测序得到的原始reads序列与双孢蘑菇参考基因组H97序列进行比对,同时基于比对结果进行SNP、SV检测,通过检测结果对多态性标记分布进行统计并实现DNA水平差异基因挖掘和差异基因功能注释等。【结果】样品测序共获得21.63 G数据量,Q30平均达到89.10%。样品的reads与参考基因组H97的比对效率平均为82.50%,基因组覆盖度为96.32%,平均深度分别在33X左右。基于测序数据与参考基因组的比对结果,共检测获得约813 768个SNP,53 840个InDel,平均每个个体获得924个SV变异。【结论】国内外菌株的亲缘关系表明As2796系列与U1系列是世界上并列的两大双孢蘑菇杂交品系。
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丝状支原体山羊亚种特异性蛋白基因Mmc-3740的克隆表达和免疫原性分析
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】构建表达丝状支原体山羊亚种特异性蛋白基因Mmc-3740的重组表达菌,为Mmc-3740蛋白的进一步研究与应用奠定基础。【方法】采用PCR技术从Mmc-47中扩增出该基因,进行克隆、测序,将克隆质粒与pET-28a分别双酶切,回收正确的片段进行连接构建重组表达质粒,转化至表达菌BL21(DE3)中,IPTG诱导表达,产物用SDS-PAGE检测,用镍柱对其纯化后免疫小鼠获得高免血清,并进行Western-blot验证。【结果】成功构建了克隆和表达载体,重组菌表达目的蛋白大小约21 ku。表达产物通过镍柱纯化后可得到单一的目的蛋白条带,Western-blot检测结果显示所表达的目的蛋白有较好的免疫原性。【结论】成功在BL21(DE3)宿主菌内表达了Mmc-3740重组蛋白。
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基于转录组测序的铁皮石斛黄酮代谢途径及相关基因解析
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】分析铁皮石斛Dendrobium officinale黄酮类化合物的生物合成途径及相关基因,为铁皮石斛黄酮类化合物代谢调控、药用价值的开发研究提供参考。【方法】利用Illumina HiSeq 4000测序平台对铁皮石斛2个生长阶段茎、叶进行高通量转录组测序,对组装获得的unigenes进行功能注释和黄酮类化合物的生物合成相关基因解析。【结果】铁皮石斛黄酮类化合物代谢相关Unigenes 48个,涉及14个酶。5个CHS相关Unigenes具有CHSlike保守结构域,活性位点氨基酸残基(Cys-His-Asn)高度保守,丙二酰辅酶A结合位点和产物结合位点的部分氨基酸残基发生变异。CHI(Unigene0013781)属于类型I查尔酮异构酶,异构化6′-羟基查尔酮为5-羟基黄烷酮。表达分析表明,2个生长时期的茎和叶,CHS(Unigene0008250)、 CHI(Unigene0013781)和F3H的表达量都高于CHS(Unigene0012884)和C3′H。【结论】通过对转录组数据分析,共获得铁皮石斛黄酮类化合物代谢相关Unigenes48个,涉及14个酶;5个CHS相关Unigenes中,2个编码查尔酮合酶,3个编码联苄合酶;CHI(Unigene0013781)属于类型I查尔酮异构酶。
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稻-稻-油菜轮作对土壤枯草芽孢杆菌数量的影响研究
《江西农业大学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为检测长期进行稻-稻-油菜轮作土壤中枯草芽孢杆菌的数量变化,以长期稻-稻连作土壤为对照比较。在连续30年轮作和连作的大田(湖南安仁试验基地)进行试验,应用荧光定量PCR技术,对两类土壤中的枯草芽孢杆菌的数量进行检测。试验于2015年7月、10月和2016年4月3个时期对定点试验土壤进行取样。通过枯草芽孢杆菌特异性引物进行荧光定量PCR扩增。3个时期采样土壤的检测结果:轮作土壤中枯草芽孢杆菌数量比连作土壤分别增加37.50%,27.06%和20.20%;轮作和连作2015年7月采样土壤中枯草芽孢杆菌数量大于2016年4月采样土壤测定值,大于2015年10月采样土壤测定值。研究结果表明稻-稻-油菜轮作提高了土壤枯草芽孢杆菌的数量,使土壤中对作物生长有益的特定功能微生物数量增加,有利于改善土壤生态环境。
关键词： 稻-稻-油菜轮作 枯草芽孢杆菌 荧光定量PCR 土壤环境
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基于无患子科ITS序列探讨龙荔的系统发育
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】利用无患子科间隔转录区序列(ITS)探讨了龙荔的系统发育地位。【方法】通过无患子科27个属62个种ITS序列信息序列比对和系统发育分析,探讨龙荔和龙眼、荔枝之间的系统进化关系。【结果】基于ITS序列信息可以清楚区分无患子科内不同的种属,其属间ITS序列相似度为(91.0±4.4)%、种间为(96.3±2.8)%。龙荔与龙眼、荔枝之间的ITS序列同源性均为92%,低于龙眼与荔枝间的同源性(93%),但高于和红毛丹的同源性(91%),其ITS序列中有4.5%的碱基位点与龙眼和荔枝均不同,主要表现为T和C互换、A和G互换,共占序列差异位点的56.5%。以韶子属红毛丹为外类群的系统发育树显示,龙荔、荔枝、龙眼之间的进化发育明显,龙荔最早自成分支,其次是荔枝,最后是龙眼。【结论】ITS序列信息分析结果支持龙荔作为独立属的分类可能。
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镉对食用菌生长的影响及防控技术研究进展
《生态环境学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：在食用菌产品重金属污染中,镉超标所占的比例相对突出。生产实践表明,镉在食用菌中的富集不仅会导致其减产并影响其品质,而且会通过食物链的传递而危害人体健康。文章在分析不同食用菌品种对重金属镉的响应的基础上,重点综述镉的污染途径及相关富集机制,主要包括不同品种差异、生产环境影响、不同阈值效应、要素交互作用、梯度激发响应等内在规律,阐述相关食用菌品种具有富集甚至超富集镉元素的生理特性,发现金属硫蛋白是一类广泛存在于生物活体内且比较容易被重金属、激素和各种细胞因子诱导的低分子量金属结合蛋白物质;金属硫蛋白在菇体内的生物功能,主要表现为与重金属结合,包括形成螯合物,改变重金属离子赋存形态,从而降低重金属离子毒害程度。文章也关注防控食用菌生产过程对镉富集的技术研究进展,并结合生产实践,提出了合理选择品种、添加有益元素、优化栽培方式、优选生产材料、合理选择土壤等技术对策,以求为食用菌产业的绿色发展提供参考与借鉴。
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水稻稻瘟病抗性基因的克隆、育种利用及稻瘟菌无毒基因研究进展
《植物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：稻瘟病是世界上影响水稻(Oryza sativa)粮食生产的主要病害之一,抗病基因的发掘与利用是抗病育种的基础和核心。随着寄主水稻和病原菌稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)基因组测序和基因注释的完成,水稻和稻瘟病菌的互作体系成为研究植物与真菌互作的模式系统。该文对稻瘟病抗病基因的遗传、定位、克隆及育种利用进行概述,并通过生物信息学分析方法,探讨了水稻全基因组中NBS-LRR类抗病基因在水稻12条染色体上的分布情况,同时对稻瘟病菌无毒基因的鉴定及无毒蛋白与抗病蛋白的互作进行初步分析。最后对稻瘟病抗病基因研究存在的问题进行分析并展望了未来的研究方向,以期为水稻抗稻瘟病育种发展和抗病机制的深入理解提供参考。
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芋疫霉菌的巢式PCR检测
《福建农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：【目的】建立芋疫霉菌快速、准确的PCR检测技术,为芋疫病流行规律监测和综合防控提供科学依据。【方法】根据芋疫霉菌与其他疫霉菌种类Ypt1基因序列差异,设计了1对芋疫霉菌PCR检测特异引物PCOF/PCOR,并对该引物的特异性、灵敏性和应用性进行了验证。【结果】在优化的反应体系与扩增条件下,PCOF/PCOR引物能特异性地从芋疫霉菌基因组DNA中扩增出1条172 bp的条带,而其他供试病原菌均无扩增条带。在25μL PCR反应体系中,PCOF/PCOR引物对芋疫霉菌基因组DNA的检测灵敏度为100 pg,而以疫霉菌Ypt1基因通用引物ph1F/Yph2R为第一轮引物,PCOF/PCOR为第二轮引物,进行巢式PCR扩增,能检测到10 fg芋疫霉菌基因组DNA,检测灵敏度提高了10 000倍。采用巢式PCR,可从芋疫病发病的叶片和未显症叶片组织中检测到芋疫霉菌,检出率分别为100%和57.5%。【结论】所建立的巢式PCR可应用于芋疫霉菌的快速、特异和高灵敏度检测。
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花椰菜BobACT基因的克隆及其作为内参基因的研究
《植物遗传资源学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：实时荧光定量PCR技术是探索植物基因功能和调节机理的有效手段.选择合适的内参基因是获得实时荧光定量PCR准确性数据的必备条件.ACT基因高度保守且表达稳定,常作为内参基因被广泛应用.为了获得花椰菜ACT基因,以转录组测序和RT-PCR方法为手段克隆得到花椰菜肌动蛋白基因Actin.该基因等电点为5.395,理论分子量为41.77 kD;其cDNA开放阅读框长1134 bp,编码氨基酸377个,GenBank登录号为MG598643.Wolf Psort分析发现,BobActin蛋白亚细胞定位于细胞质基质中.Motif Scan分析显示,BobActin蛋白质的氨基酸序列4~377位为Actin保守结构域.进化分析表明,同源序列基因编码的蛋白质与同为十字花科的甘蓝、芜菁和油菜同源蛋白的相似性达到90%以上,具有高度的保守性.在此基础上,设计了1对荧光定量PCR引物,分析显示,该引物具有较高的特异性和扩增效率,在花椰菜根、茎、花、花球、叶片等不同组织和低温、高温、盐处理、干旱处理、ABA处理等胁迫处理下均能稳定表达,适合在花椰菜基因表达研究中作为内参基因,为开展花椰菜重要功能基因的挖掘、表达模式以及调控机理的研究提供参考.花椰菜在内参基因方面的研究还处于初步阶段,今后可继续克隆其他内参基因,丰富花椰菜的内参基因库,从而进一步提高花椰菜基因表达分析研究的稳定性、重复性和准确性.
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