科研产出
eDNA监测测序数据分析注释中参考数据库选择、指标阈值选择、目标数据准备的影响-以长江中游鱼类为监测目标
《湖泊科学 》 2024 EI 北大核心 CSCD
摘要：在基于宏条形码(meta-barcoding)的eDNA监测技术中,eDNA测序数据的分析和注释是决定监测结果判断和评估精准与否的基础,而参考数据库选择、指标阈值选择、目标数据准备是eDNA测序数据分析和注释中最为关键的3个技术环节。为厘清上述3个技术环节处理方案的影响,本研究以长江中游2组eDNA监测COI基因测序数据为分析对象,针对鱼类的检出进行3组实验来分别检验:1)不同参考数据库及物种注释算法对注释结果的影响;2)不同OTU聚类序列相似度和物种注释分类置信度(序列一致性和序列覆盖度)对注释结果的影响;3)目标数据中各物种不同序列丰富度对注释结果的影响。结果显示:1) Blast算法下,3个版本nt库注释出的物种基本一致(72%～78%),2个本地序列参考库注释出的物种也基本一致(91%～96%),这5个序列参考库注释出的物种52%～68%一致;nt库RDP Classifier算法注释出的物种覆盖95%以上Blast算法注释出的物种,并比Blast算法注释出的物种多151%～443%,多出的物种大都是错误注释,本地参考数据库RDP Classifier算法注释出的物种覆盖66%～85%的Blast算法注释出的物种,并存在数条只注释到科属的结果。2)OTU聚类序列相似度阈值,取值0.999比取值0.99获得的OTU多154%～209%,注释到鱼类的OTU多240%～490%;注释分类置信度阈值(Blast算法,序列一致性和序列覆盖度)从0.8到0.99注释获得的物种组成(94%以上)基本一致,OTU组成(83%以上)也基本一致,注释分类置信度阈值取0.7时注释获得的物种组成、OTU组成与取0.8及以上时注释获得的有较大差异。3)在OTU聚类序列相似度阈值为0.999、注释分类置信度阈值为0.9时,多序列数据注释所得鱼类物种数、OTU数最多,物种注释正确率最高(达81.49%),分别比单序列数据的多7%、215%和高5%。在具体eDNA测序数据的分析和注释中,可通过建立完善本地参考数据库、优化OTU聚类序列相似度和物种注释分类置信度(序列一致性和序列覆盖度)取值、增加目标数据的丰富度来提高注释结果的准确性,但受制于物种注释算法的局限性,物种注释错误和注释遗漏的问题可能将长期存在,物种注释正确率通常低于85%(基于COI基因的eDNA监测)。
关键词： 环境DNA 鱼类 宏条形码 参考数据库 OTU聚类序列相似度 物种注释分类置信度 长江中游
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大黄鱼仔、稚鱼期的脊椎骨及附肢骨生长发育研究
《海洋渔业 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究大黄鱼(Larimichthys crocea)仔、稚鱼期的脊椎骨及附肢骨生长发育规律，采用软骨-硬骨双染色法对大黄鱼仔、稚鱼(1～30日龄)各发育时期的脊椎骨及附肢骨进行观察。结果表明：大黄鱼仔、稚鱼脊索呈管状，于2～5日龄仔鱼有明显分节现象，9日龄仔鱼髓弓开始分化发育，13日龄仔鱼鱼脉弓开始分化发育，脊索分节完全，17日龄仔鱼背肋和腹肋变得清晰，髓棘和脉棘也分别由髓弓和脉弓末梢延长完全形成，18日龄稚鱼脊椎骨开始发生骨化，直至27日龄稚鱼骨化完全。大黄鱼仔、稚鱼奇鳍以尾鳍、臀鳍、背鳍的先后顺序形成。尾鳍在7日龄仔鱼开始发育，第1尾下骨形成，直至13日龄仔鱼开始出现尾下骨愈合现象，尾鳍条出现，15日龄仔鱼尾上骨开始发育，直至19日龄稚鱼尾杆骨、尾上骨和尾下骨均已形成，尾鳍鳍条逐渐清晰，第3、4尾下骨之间间隙将尾鳍分为两个部分，尾鳍形态初步发育完全，27～30日龄稚鱼尾杆骨首先开始骨化，其次尾下骨及鳍条开始骨化；14日龄仔鱼时出现8个臀鳍支鳍骨，17日龄仔鱼鳍条长出8条，20日龄稚鱼出现硬棘分化，直至25日龄稚鱼臀鳍发育完全，鳍条和硬棘骨化完全；17日龄仔鱼体背出现支鳍骨1行，背鳍开始发育，至20日龄稚鱼时，第1背鳍10根硬棘均出现，第二背鳍鳍条基本出现，21～25日龄稚鱼期间，硬棘从前向后逐渐骨化，鳍条发育完全。在大黄鱼仔、稚鱼骨骼发育过程中出现了脊骨前凸、椎体融合、脉棘分叉和脉棘冗余等骨骼发育畸形的现象。研究结果可为丰富大黄鱼发育生物学理论和鱼类骨骼异常发育治疗提供理论基础。
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基于Ecopath模型的太白河川陕哲罗鲑环境容纳量的估算
《水生生物学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为评估太白河川陕哲罗鲑（Hucho bleekeri Kimura）的资源现状和环境容纳量,于2017—2018年对太白河的鱼类资源、饵料生物资源、水体理化特征等进行了调查。采用密度法估算出太白河川陕哲罗鲑现存资源量为3814尾,95%的置信区间为3624—4005尾;构建了太白河流域的Ecopath模型,河流总生产量为1748.91 t/（km2·a）,其中初级生产力为1643.00 t/（km2·a）,生态系统的连接指数（CI）和系统杂食指数（SOI）分别为0.429和0.087。川陕哲罗鲑、秦岭细鳞鲑（Brachymystax lenok tsinlingensis）、小型中下层鱼类和浮游植物四个功能组为太白河水域生态系统中的关键种（类群）,估算出川陕哲罗鲑的环境容纳量为1.87 t/km2,约5127尾,其中幼鱼为3399尾,成鱼为1728尾。基于现存量和环境容纳量,建议强化栖息地保护,促进川陕哲罗鲑资源恢复。
关键词： Ecopath模型 环境容纳量 太白河 川陕哲罗鲑
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基于瞬时热处理的虾夷扇贝精准开壳方法及品质分析
《渔业现代化 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：针对生鲜虾夷扇贝人工开壳存在开壳难和效率低，传统热处理开壳易影响生鲜品质等问题，提出了基于瞬时热处理的虾夷扇贝精准开壳方法。为了探明虾夷扇贝瞬时热处理的精准开壳方法，通过测定虾夷扇贝的体型特征参数，构建精准化蒸汽喷射开壳方法；对比不同瞬时热处理条件下虾夷扇贝的开壳完整率、色差、汁液损失率等，结合感官评价分析，确定最优的瞬时开壳参数。结果显示：相对于140℃蒸汽，在160℃蒸汽作用下，虾夷扇贝的开口宽度更大，开壳拉力值更小，开壳完整率更高，因此确定瞬时热处理的热源温度为160℃;蒸汽喷射时间越长，虾夷扇贝的开壳难度越小，开口宽度越大，综合感官评定，确定瞬时热处理的蒸汽喷射时间2 s。壳长110～120 mm,壳厚22～25 mm,质量为100～125 g/枚的虾夷扇贝，采用蒸汽喷射(160℃、2 s),虾夷扇贝开壳后的开壳完整率100%,汁液流失率0.86%。研究表明，采用瞬时热处理精准开壳能够较好地保持虾夷扇贝生鲜品质，为其自动化加工提供理论依据。
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用微卫星标记分析卵形鲳鲹两个繁育群体的遗传结构
《水产学杂志 》 2024
摘要：为了解卵形鲳鲹（Trachinotus ovatus）海南省主要繁育群体的遗传组成及制订科学的繁殖配组方案，利用30个微卫星标记分析6龄、体质量10～15 kg的海南省青利水产繁殖有限公司（QL）和海南省蓝海洋水产养殖有限公司（LH）的繁育群体的遗传结构。在96个样本中共检测到275个等位基因，多态信息含量（PIC）为0.041～0.950，平均为0.570，其中19个位点高度多态（PIC≥0.5）。QL群体和LH群体的平均等位基因数（N_o）分别为6.433和8.600；有效等位基因数（Ne）为3.591和4.215；观测杂合度（H_o）为0.600和0.593；多态信息含量（PIC）为0.544和0.573。LH群体的N_o极显著高于QL群体（P<0.05），而Ne、H_o、PIC在群体间差异不显著（P>0.05）。遗传结构评估结果表明，两个群体均处于高度多态水平（PIC≥0.5），具备进一步选育优良品系、持续繁育苗种的遗传基础。等位基因频率的分子方差分析（AMOVA）结果显示，两个群体间的遗传分化系数(Fst)为0.019 9，群体间遗传分化较小(Fst<0.05)。遗传组成分析结果显示，两个繁育群体主要原始亲本来源相似。本研究结果可为合理利用卵形鲳鲹苗种繁育群体提供参考。
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不同增殖速度的东海原甲藻细胞周期及转录组比较分析
《中国水产科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究不同增殖速度的东海原甲藻(Prorocentrum donghaiense)细胞周期时相分布特点以及内在调控机理,利用流式细胞检测技术比较了两种不同增殖速度的东海原甲藻细胞周期时相差异,并利用RNA-seq技术对两组细胞转录模式进行了比较分析。结果显示,相比增殖速度较快的实验组,增殖速度较慢的实验组S期更短,且部分细胞阻滞在G2/M期。因此,S期的持续时间和G2/M期转换是否被阻滞可以决定东海原甲藻的增殖速率。两组细胞差异表达基因富集程度最大且富集最显著的GO分类均与微管和细胞骨架有关,暗示两实验组细胞周期进程的差异由细胞中的微管动态变化不同造成。注释到49个细胞周期蛋白编码基因、74个细胞周期蛋白依赖性激酶编码基因和26个细胞分裂周期蛋白编码基因。其中,1个CYCB和2个CDK1基因与调节东海原甲藻G2/M期阻滞有关,1个CYCA、1个CYCU、4个CDK2和1个Cdc48基因与藻细胞S期进程调控有关。
关键词： 东海原甲藻 增殖速度 细胞周期时相 转录组 差异表达基因 赤潮
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基于被动声学的对虾摄食行为研究进展
《渔业现代化 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：被动声学监测(Passive acoustic monitoring,PAM)技术可在对水生生物不造成干扰或损害的情况下获取水生生物的声音信息,并利用这些信息进行各种生态研究和养殖活动管理.随着对虾养殖技术的不断提高和进步,对虾的养殖密度持续增加,但是饲料利用率低、水质恶化等问题严重制约对虾养殖的快速发展.利用被动声学监测技术可实现智能化的自动投饲,提高饲料利用率和缓解水质恶化.文章主要阐述了对虾的摄食过程及其影响因素,总结了近年来被动声学监测技术在对虾摄食声信号的研究进展和应用情况,分析了被动声学监测技术的优缺点,并针对存在的问题提出未来的发展趋势,以期为自动投饲系统走向智能化提供参考.
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