科研产出
基于线粒体C01基因的DNA条形码在石首鱼科(Sciaenidae)鱼类系统分类中的应用
《海洋与湖沼 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：采用CO1基因特异扩增测序及与GenBank已有序列联配分析的方法,进行了石首鱼科19属30种鱼类75个CO1基因片段的序列比较和系统进化研究,结果表明,石首鱼科鱼类该片段的平均GC含量为48.3%,其中第2密码子位点含量最高(51%-58.4%,平均56.6%),第1密码子变化范围最大(27.6%-54.1%,平均44.9%),第3密码子差别较小(41.6%-43.6%,平均42.7%).依据Kimura-2-parameter模型,30种石首鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.006,种间为0.210,种间遗传距离是种内的35倍;在分子系统树上,28个种(93.3%)可形成单系,18个属(94.7%)可聚为独立的分支;与形态学分类不同的是,由黑鳃梅童鱼(Collichthys lucidus)与棘头梅童鱼(C. niveatus)的遗传距离(0.004)推断二者遗传变异尚未达到种的分化水平,灰鳍彭纳石首鱼(Pennahia anea)与白姑鱼(Argyrosomus argentatus)的形态学特征相似性和条形码序列同源性都提示二者可能为同种异名,而红牙(鱼或)(Otolithes ruber)印度洋和南海两个地理群体间的遗传分化已经达到种的水平.本研究证明线粒体CO1基因可作为DNA条形码对石首鱼科鱼类进行有效的物种鉴定,亦可用于探讨石首鱼科的属、种分类单元系统发育问题.
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黑龙江野鲤核糖体内转录间隔区1(ITS-1)的克隆及二级结构的预测与分析
《江苏农业学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：黑龙江野鲤是中国北方重要的养殖鱼类,分析和了解其遗传结构对鲤鱼种质资源的保护和遗传性状的改良具有重要的意义。该研究对黑龙江野鲤(Cyprinus carpio haematopterus)核糖体内转录间隔区1(ITS-1)进行了克隆测序,并对ITS-1序列进行了分析。结果显示:所克隆的黑龙江野鲤ITS-1序列长度为365 bp,其中A、T、G、C 4种碱基的含量分别为21.4%、12.3%、34.0%和32.3%;与从GenBank中检索到的6种鲤科鱼类的ITS-1序列相比较,相似性较低,介于24.9%至59.5%之间;同时利用最小自由能原理预测7种鲤科鱼类ITS-1序列的二级结构,并分析了其结构特点。根据鲤鱼与其他6种鲤科鱼类的ITS-1序列的同源性构建NJ系统进化树,与根据该保守序列形成的发夹结构的相似性构建的进化树大致相同,所得的分类结果与传统的分类结果基本一致。因此,一、二级结构相结合将是研究物种分子系统学的重要手段。
关键词： 黑龙江野鲤 内转录间隔区1(ITS-1) 基因克隆 二级结构
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FAO和CITES公约对水生物种保护管理的异同
《生物多样性 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：FAO和CITES均注重生物多样性保护,CITES通过限制贸易的方式保护生物多样性,FAO则更注重通过科学的渔业管理保障渔业产业的可持续发展。两个组织在水生物种保护管理问题上的管理理念和管理手段各有侧重、互为补充。近年来,FAO和CITES就CITES水生物种管理问题展开了合作,但合作存在着责任定位交叉、所依据的技术标准不尽统一、CITES部分管理条款在应用上存在较大争议等问题。本文比较分析了FAO和CITES在重要水生物种管理问题上存在着的共性和差异,旨在为国内水生生物保护管理、政府履约及中国在国际经济活动中维护合法权益提供技术参考和依据。
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对新捕获与流通过程中大黄鱼新鲜度与细菌种群的研究
《食品与机械 》 2010 北大核心
摘要：对大黄鱼栖息水域海水的卫生状况和新捕获、批发及零售大黄鱼的新鲜度进行评价,同时对细菌种群进行定性和定量研究。结果表明,23份海水样品中,粪大肠菌群达标率为95.7%。新捕获、流通环节中的大黄鱼新鲜度总体呈下降趋势,TVBN、菌落总数和假单胞菌数呈上升趋势。细菌种群结果显示,新捕获、流通环节的样品中革兰氏阴性菌为优势菌群,分别占75.4%、72.8%和87.5%。新捕获鱼细菌种类繁多,共检出20种细菌,主要由肠细菌科、假单胞菌属、腐败希瓦氏菌和嗜麦芽窄食单胞、玫瑰小球菌等组成;流通环节样品细菌种群逐渐变得简单,分别检出17种和11种细菌,其中不动细菌属、假单胞菌属、腐败希瓦氏菌、嗜冷杆菌等所占比例较高。
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奥利亚罗非鱼、尼罗罗非鱼MyoD1和MyoD2基因特征及差异
《中国水产科学 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：采用RT-PCR和RACE法,分离了奥利亚罗非鱼(Oreochromis aureus)、尼罗罗非鱼(O.niloticus)MyoD1和MyoD2基因全长cDNA。结果显示,2种罗非鱼MyoD1全长均为1090bp,包括5′非翻译区(UTR)137bp,3′UTR50bp,开放阅读框(ORF)903bp,编码300个氨基酸,其中第110～161个氨基酸为bHLH结构,第233～249个氨基酸为helixIII结构;MyoD2全长均为1478bp,包括5′UTR215bp,3′UTR471bp,ORF792bp,编码263个氨基酸,其中第91～142个氨基酸为bHLH结构,第212～228个氨基酸为helixIII结构。2种罗非鱼MyoD1与其他鱼类MyoD1的相似性为73%～92%;MyoD2与其他鱼类MyoD2的相似性为74%～79%。系统发育树显示,MyoD1和MyoD2分属两支,MyoD1所反映的不同鱼类间的亲缘关系符合传统分类。2种罗非鱼的MyoD1、MyoD2cDNA序列之间只存在个别碱基的差别,而氨基酸序列一致;奥利亚罗非鱼MyoD1的2个内含子均比尼罗罗非鱼的长。根据MyoD1内含子2的差异构建鉴别奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼基因混杂的标记,对形态上典型的15尾奥利亚罗非鱼、18尾尼罗罗非鱼及15尾奥尼罗非鱼[Oreochromis aureus(♂)×Oreochromis niloticus(♀)]进行鉴定。结果其中1尾奥利亚罗非鱼中在MyoD1位点混杂了尼罗罗非鱼的基因,尼罗罗非鱼和奥尼罗非鱼则与预期的一致。该研究为选择基因纯合的奥利亚罗非鱼和尼罗罗非鱼提供了新的分子手段。
关键词： 奥利亚罗非鱼 尼罗罗非鱼 MyoD1基因 MyoD2基因 基因特征 基因差异
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真鲷精子诱导牙鲆减数分裂雌核发育
《水产学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：采用真鲷精子激活牙鲆卵子,经(0±0.5)℃冷休克处理,诱导了牙鲆减数分裂雌核发育。灭活真鲷精子,紫外线照射剂量3.4mJ/cm2时孵化率最低;随着照射剂量的增加,孵化率恢复,照射剂量73mJ/cm2时,孵化率最高,呈现典型的Hertwig效应。用流式细胞仪检测倍性,未经冷休克处理的胚胎全部为单倍体,经冷休克处理的均为二倍体,表明精子灭活有效。冷休克实验结果表明,冷休克起始时间2～5min均有效,以3min为最好;冷休克持续时间30～90min均有效,以45min为最好。综合两项因素,授精3min后,休克时间持续45min组的授精率和孵化率均为最高,与其他处理组差异显著(P<0.05)。RAPD分析结果显示,异源精子的遗传信息未在雌核发育二倍体的电泳图中出现,表明其遗传信息没有传递给子代。
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碳源对反硝化聚磷菌(RC11)磷酸盐代谢的影响
《水产学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：反硝化聚磷微菌由于具有同时脱氮和除磷的特点,能够最大程度的减少碳源需求,为解决生物脱氮除磷工艺的碳源竞争矛盾提供了新的思路和方法。以纯培养方式探讨了外源性碳源、硝酸盐对反硝化聚磷菌(RC11)磷酸盐代谢活动的影响。结果表明,好氧培养时,菌株RC11在外源碳源存在时发生了超量吸磷现象;缺氧培养时,菌株RC11可以利用硝酸盐而非亚硝酸盐作为电子受体进行反硝化聚磷。无外加碳源时,菌株RC11经历厌氧阶段后初期可以利用硝酸盐氧化到亚硝酸盐的过程中产生的能量进行摄磷;但当亚硝酸盐的积累达到高峰时,进入以亚硝酸盐为电子受体的反硝化阶段,由于亚硝酸盐氮不能作为氧分子的替代物进行反硝化除磷,菌株RC11实际上处于一个厌氧环境,会引发释磷;在厌氧条件下菌株RC11具有利用硝酸盐作为电子受体进行反硝化除磷的功能。
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运用脂肪酸标志法分析刺参食物来源的季节变化
《水产学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：运用脂肪酸标志法分析了刺参的食物组成及季节变化。刺参饵料中含有硅藻、褐藻、多种异养细菌、大型绿藻、鞭毛藻或原生动物等,其中硅藻、褐藻和细菌在全年的食物贡献比较大,各种饵料来源比例具有显著的季节变化。实验期间,刺参体壁的硅藻脂肪酸标志22:5(n-3)相对含量很高(7.24%～14.45%),且16:1(n-7)/16:0比值全年在0.73～1.82之间(平均1.10),表现出典型的硅藻脂肪酸特征,表明硅藻是刺参主要的食物来源。褐藻脂肪酸标志20:4(n-6)在刺参体壁脂肪酸组成中相对含量较高(4.88%～8.16%),且在秋冬季节达到较高水平,表明秋冬季节褐藻类对刺参的食物贡献可能较大。噬纤维菌—黄杆菌类的脂肪酸标志奇数碳及支链脂肪酸(Odd&brFAs,5.31%～8.29%)和变形细菌的脂肪酸标志[18:1(n-7),5.85%～6.86%]相对含量比较高,表明细菌在全年都是刺参重要的食物来源。主成分分析发现,1月份刺参的主要食物来源是硅藻、鞭毛藻或原生动物、褐藻及细菌;3月份硅藻、鞭毛藻或原生动物、大型绿藻的食物贡献较大;6月份大型绿藻在刺参的食物来源中占较大比重;7月份细菌和大型绿藻的食物贡献较大,细菌在8、9月份的食物来源中占较大比重,褐藻和细菌在10、11月份的食物贡献较大。
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缘管浒苔rbcL全长cDNA克隆与序列分析
《水产学报 》 2010 北大核心 CSCD
摘要：对缘管浒苔光合作用第一关键酶Rubisco大亚基基因(rbcL)全长cDNA序列进行了克隆分离。首先应用RT-PCR方法获得了rbcL大片段cDNA序列,序列长度为1101bp,并进行了测序分析。然后分别应用5′RACE方法和3′RACE方法获得2个克隆序列,其序列长度分别为371bp和579bp,并进行了测序分析。在此基础上,将3个片段序列进行拼接,获得了Rubisco大亚基全长cDNA序列(1472bp),其中包括1425bp的编码区序列及47bp的前导序列(NCBI登录号:DQ813496),并推断出蛋白质序列(474个氨基酸)。对序列进行了相关生物信息分析和同源性比对,结果显示与已克隆出全长rbcL基因的7种绿藻比较具有较高同源性,核苷酸序列和蛋白质序列同源性分别达到了82.07%～85.78%和88.00%～94.11%,其中与蛋白核小球藻蛋白质序列同源性最高,为94.11%。在此基础上,使用生物信息学软件对缘管浒苔rbcL氨基酸序列与其它植物或藻类进行了多序列比对,并且进一步应用在线软件程序进行了蛋白质的二级结构分析和三级结构预测。
关键词： 缘管浒苔 核酮糖1,5-二磷酸羧化酶/加氧酶大亚基基因(rbcL基因) 前导序列 cDNA未端快速扩增 cDNA
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