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基于非靶代谢组学的糙皮侧耳子实体发育的关联物质及主要代谢通路分析

菌物学报 2024 北大核心 CSCD

摘要:本研究采用代谢组学方法鉴定并分析了糙皮侧耳原基和刚分化的子实体中的小分子代谢物质,以期解析糙皮侧耳子实体形成和发育的潜在机制。糙皮侧耳原基和子实体中共鉴定出545种代谢物,包含酚酸、脂类、氨基酸及其衍生物、核苷酸及其衍生物、有机酸、生物碱、单宁、木脂素和香豆素以及其他代谢物共9类。主成分分析(PCA)和正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)表明糙皮侧耳原基和子实体中的代谢物质具有显著差异。以VIP≥1、fold change≥2或≤0.5为条件,共筛选到253种差异代谢物。调控通路分析结果显示差异物质涉及76条代谢途径,推测该菌通过色氨酸代谢,苯丙氨酸、酪氨酸和色氨酸的生物合成,赖氨酸降解,D-精氨酸和D-鸟氨酸代谢,生物素代谢,莨菪烷、哌啶和吡啶生物碱的生物合成,酪氨酸代谢,嘌呤代谢,丙酸代谢和异喹啉生物碱的生物合成等主要代谢通路完成物质的深度转化及调控。本研究为糙皮侧耳子实体发育机制的研究提供了一定的理论依据。

关键词: 糙皮侧耳 子实体发育 代谢组学 差异代谢物 代谢通路

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油莎豆茎豆形成相关代谢物挖掘及通路富集分析

河南农业科学 2024 北大核心 CSCD

摘要:为挖掘油莎豆匍匐茎形成茎豆过程中的关键代谢物质,调控匍匐茎形成更多的茎豆,以匍匐茎及新茎豆为研究对象,利用高效液相色谱联合三重四极杆质谱仪进行广泛靶向代谢组学分析,采用多元统计学方法挖掘与茎豆形成相关的差异代谢物质,并富集差异代谢物相关的KEGG代谢通路。结果表明,未膨大匍匐茎(PFJ1)、膨大匍匐茎(PFJ2)及新茎豆(JD1)3组样本中共检测到1 217个代谢物。按照变量投影重要度(VIP)>1、P<0.05且差异倍数(FC)>2或FC<0.5的条件进行差异代谢物筛选,JD1 vs PFJ1筛选到35个差异代谢物,其中26个上调表达,9个下调表达;JD1 vs PFJ2筛选到57个差异代谢物,其中50个上调表达,7个下调表达;PFJ2 vs PFJ1筛选到39个差异代谢物,其中3个上调表达,36个下调表达。利用数据库对代谢物进行定性分析,差异表达代谢物主要被鉴定为氨基酸及其衍生物、核苷酸及其衍生物、有机氧化合物、黄酮类、苯丙素类、酚类等。差异表达代谢物相对含量分析显示,JD1谷胱甘肽含量是PFJ1的14.021倍、PFJ2的29.195倍;JD1 3-甲基组氨酸含量是PFJ1的10.463倍、PFJ2的129.931倍;JD1山柰酚含量是PFJ1的0.421倍、PFJ2的0.358倍。进一步的KEGG通路分析显示,差异表达代谢物主要富集到氨酰-tRNA生物合成,精氨酸和脯氨酸代谢,丙氨酸、天冬氨酸及谷氨酸代谢,苯丙氨酸代谢,黄酮及黄酮醇生物合成等代谢通路。综上,与油莎豆茎豆形成相关的代谢物质主要为氨基酸类及黄酮类物质;代谢通路主要集中在氨酰-tRNA生物合成及黄酮和黄酮醇生物合成途径中。

关键词: 油莎豆 匍匐茎 茎豆形成 代谢组学 氨基酸类 黄酮类

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黄河中下游过渡区河岸植物多样性与土壤因子的关系

西北植物学报 2024 北大核心 CSCD

摘要:【目的】河岸带物种多样性与土壤因子的关系对维持河岸带生态系统的稳定性十分重要,为揭示黄河中下游河岸带物种多样性与土壤因子的关系,进一步为黄河中下游过渡区河岸生态恢复、保护和高质量发展提供一定的参考与理论指导。【方法】采用样方调查法、试验分析法、CCA排序法等方法,以河南黄河中下游过渡区对植物分布和物种多样性与土壤因子的关系进行研究。【结果】(1)黄河中下游过渡区河岸有机质、速效钾及有效磷均属于中等变异程度,土壤含水量、全氮变异系数为强变异性,土壤养分空间分布总体呈现中度不均匀的特征。(2)黄河中下游过渡区河岸植物优势度指数(D)与土壤全氮具有显著负相关关系(P<0.05);土壤pH值、速效钾和有效磷对物种丰富度指数(S)的影响不明显;均匀度指数(E)、香农-威纳指数(H)与6个土壤因子之间均没有达到显著水平。(3)红蓼、头状穗莎草、长芒稗、糠稷、醴肠群落的分布受土壤含水量的影响较大;青蒿、酸枣、毛白杨等的分布主要受全氮的影响较大,在全氮含量较高的区域分布较多;葎草和反枝苋受速效钾影响较大;而狗牙根、苍耳、芦苇、狗尾草、春蓼、绿豆等群落受土壤因子的影响较小。【结论】黄河中下游过渡区河岸带土壤含水量、速效钾及全氮是影响植物分布的主要因子,不同植物对土壤条件的需求存在差异,能够直观反映出植被与土壤环境之间的关系。

关键词: 黄河中下游过渡区 河岸带 植物群落 物种多样性 土壤因子

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玉米逆境胁迫响应基因ZmbZIP84的克隆与功能验证

核农学报 2024 北大核心 CSCD

摘要:碱性亮氨酸拉链(Basic leucine zipper,bZIP)转录因子是真核生物中分布最广泛、结构极其保守的家族之一,在植物生长进程中发挥重要作用。为验证bZIP转录因子在逆境胁迫中发挥的作用,本研究通过分析转录组数据,筛选到27个参与干旱-复水胁迫的bZIP基因,计算相关性系数、构建共表达网络图发现ZmbZIP84(Zm00001d053988)是核心节点基因;该基因位于玉米第4号染色体,具有高度保守的bZIP结构域;分析理化性质,发现该基因是亲水性蛋白且属于不稳定蛋白;构建系统发育树,发现该基因与柳枝稷和高粱的亲缘关系最近;实时荧光定量PCR(qRT-PCR)结果显示,ZmbZIP84在玉米各组织中均有表达,成熟根中的表达量最高;设置20%聚乙二醇(PEG)-6000、42℃高温、200 mmol·L-1 NaCl以及缺乏铵态氮等模拟试验,发现该基因在高温、干旱、氮处理下表达量显著上调,而在NaCl处理下表达量下调,说明ZmbZIP84基因积极参与并响应非生物胁迫;利用CRISPR/Cas9技术获得ZmbZIP84基因的拟南芥同源基因缺失型纯合突变体,发现在高温、干旱胁迫处理下突变体植株生长受到严重抑制、叶片萎蔫、甚至干死,而野生型植株影响较小,说明在干旱、高温胁迫处理下,ZmbZIP84基因敲除后抗旱、耐高温能力下降;亚细胞定位发现该基因编码的蛋白位于细胞核。本研究结果可为后续研究ZmbZIP84基因的功能及下游靶基因的调控机制奠定基础,为培育抗逆性玉米新品种提供参考。

关键词: 玉米 转录因子 非生物胁迫 功能验证 亚细胞定位

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生物育种技术及其在畜禽育种中的应用研究进展

中国畜牧杂志 2024 北大核心 CSCD

摘要:随着动物功能基因组研究以及高通量组学技术的发展,畜禽育种已经从基于表型的选择方法过渡到以分子标记技术、基因编辑技术等分子生物学技术手段为主的现代育种新策略上。生物育种是现代生物技术育种的统称,是衡量农业科技竞争力的重要标志,包括标记辅助选择、全基因组选择育种、转基因和基因编辑育种、胚胎工程技术体系等育种手段。生物育种作为畜禽遗传改良的重要手段持续推动着我国的种质资源创新。本文详细介绍了生物育种的关键技术及其特点,包括不同育种方法在畜禽种质开发和遗传改良上的研究进展,探讨分析了当前畜禽育种的现状与问题,以期实现生物育种核心技术的突破与发展。

关键词: 生物育种 分子育种技术 基因编辑 胚胎工程 应用

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基于文献计量分析芝麻的研究热点与趋势

中国油脂 2024 北大核心 CSCD

摘要:旨在为芝麻产业发展提供文献支撑,利用CiteSpace及Excel软件,基于2012—2022年Web of Science(WoS)核心合集数据库和中国知网(CNKI)学术期刊数据库中的中文核心期刊,采用文献计量方法对芝麻研究相关文献发文量、主要发文国家、地区、机构和作者,以及研究主题、研究前沿等进行了分析。结果显示:WoS核心合集数据库中,关于芝麻研究的论文发文量整体呈持续上升趋势,主要出自中国、印度、伊朗和美国等国家,中国在发文量和影响力方面有绝对优势;全球有342家机构发表芝麻研究相关论文,其中中国农业科学院、阿扎德大学和河南工业大学发文量最高;全球发文量前10名的作者中9位来自中国农业科学院。CNKI数据库中,芝麻相关文献数量整体趋于下降;有298家机构在芝麻研究领域发表了研究论文,主要发文机构有河南省农业科学院、河南工业大学和中国农业科学院等。国内外芝麻研究热点主要集中在芝麻提取物、芝麻生长、芝麻遗传多样性、抗氧化性、芝麻副产品功能特性、芝麻食品研究和芝麻加工研究等方面。抗氧化方向的研究为近几年的突现热点,有望成为未来芝麻领域的研究热点。

关键词: 芝麻 文献计量分析 CiteSpace

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一株多重耐药大肠杆菌全基因组测序及其耐药性分析

中国农业科技导报 2024 北大核心 CSCD

摘要:为了解大肠杆菌携带的粘菌素耐药基因并筛选敏感药物,解决多重耐药和动物临床无药可选的困局,采用16S rRNA菌种全基因组测序,PCR筛查mcr-4、mcr-5、blaTEM和AmpC酶耐药基因,应用BLAST和MEGA软件进行生物信息学和系统进化树分析,并对该菌株进行了78种抗生素抗菌药物敏感性测试及4种天然植物提取物(黄藤素、黄连素、黄芩苷和博落回)的抑菌、杀菌效果试验。结果表明,从2021年(1—12月)和2022年(1—6月)猪临床腹泻病例肠道中分离鉴定的145株大肠埃希菌(Escherichia coli,E.coli)中,鉴定出1株同时携带粘菌素耐药基因(mcr-4,mcr-5)和β内酰胺酶blaTEM、AmpC基因的猪源大肠埃希氏菌临床菌株HN2149。78种抗生素药敏试验结果显示,HN2149菌株对头孢吡肟、头孢地嗪、磷霉素、头孢克肟、头孢唑林、头孢哌酮、美洛培南、头孢西丁、头孢呋辛、头孢曲松、头孢噻肟、头孢他啶、替卡西林/克拉维酸、头孢哌酮/舒巴坦、氨曲南、哌拉西林/他唑巴坦、头孢噻肟/克拉维酸、头孢唑肟、头孢美唑、头孢他啶/克拉维酸和头孢他美敏感,对其余57种抗菌药物表现为耐药。4种植物提取物的药敏结果显示,博落回对菌株HN2149的抑菌、杀菌效果较好,其余3种提取物均对该菌株无抑菌和杀菌效果。以上研究结果为猪大肠杆菌病的防控提供参考。

关键词: 碳青霉烯酶 β-内酰胺酶 mcr-4 mcr-5 blaTEM AmpC 大肠埃希氏菌 细菌耐药

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比浊法快速测定土壤中速效钾的研究进展

中国农学通报 2024 CSCD

摘要:建立了比浊法快速检测土壤中速效钾的方法,以NaHCO3—Na2SO4—NaOH—DTPA溶液为土壤速效钾浸提剂,用0.02 mol/L硫酸铜溶液掩蔽铵根离子,0.20 mol/L乙二胺四乙酸二钠溶液络合体系中金属离子以消除干扰;浊度液反应10 min后在680 nm处上机测定.结果表明:土壤速效钾工作直线区间为1.30×10-5~3.12×10-4 mol/L,检出限为2.29×10-6 mol/L.对土样速效钾进行加标回收试验,回收率为90.71%~109.14%,相对标准偏差RSD为2.61%~4.32%.对新疆、内蒙古、四川、湖南及河南等6个地区161个土样中速效钾含量进行测定,并与NY/T889-2004火焰光度计法进行对比分析,两者线性回归方程为y=0.6437x-3.5714,相关系数r为0.9732.结果表明,本方法可推广应用于土壤速效钾快速检测.

关键词: 比浊法 土壤 速效钾 快速检测

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设施西瓜连作土壤生化性质及微生物群落变化

中国土壤与肥料 2024 北大核心 CSCD

摘要:为探索设施连作西瓜土壤微生态环境变化,通过高通量测序对连作组(连作10年设施西瓜土壤)和对照组(连作10年设施西瓜棚外相同土质的露天西瓜土壤)样品进行测序分析,比较2组土壤细菌和真菌的群落结构差异,测定土壤理化性质及酶活性。结果表明,连作组土壤pH、铵态氮、速效钾、微生物量碳、土壤酶活性极显著低于对照,而硝态氮和有效磷极显著高于对照组。连作组土壤中细菌ACE指数和Chaol指数均极显著高于对照组,土壤中真菌ACE指数、Chaol指数、Simpson指数和Shannon指数均低于对照组。土壤微生物优势物种组成改变,连作组土壤细菌变形菌门、芽单胞菌门、绿弯菌门及硝化螺旋菌门相对丰度较对照组分别增加了9.80%、20.83%、21.76%和27.12%(P<0.05),而酸杆菌门和疣微菌门较对照组分别减少了21.7%和26.27%(P<0.05);连作组土壤真菌子囊菌门相对丰度较对照组增加了10.96%(P<0.05),担子菌门和罗兹菌门的相对丰度分别较对照组减少了13.42%和93.77%(P<0.05)。相关性分析显示,优势菌门除Latescibacteria和己科河菌门丰度与所有土壤环境因子相关性均不显著外,其他优势菌群都与所测土壤环境因子(有机质除外)存在密切相关关系,土壤pH、铵态氮、有效磷、速效钾是影响土壤中微生物群落的主要因素,担子菌门和绿弯菌门能够指示土壤微生物量,微生物群落结构的变化对土壤酶活性有较大的影响。综上,设施西瓜连作10年土壤理化性质、酶活性及微生物群落结构皆显著变化,西瓜连作障碍是多种因素综合作用的结果。

关键词: 设施西瓜 连作 高通量测序技术 土壤细菌 土壤真菌

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发酵中药和油莎豆复合物对湖羊生长性能及血清抗氧化和免疫指标的影响

中国畜牧兽医 2024 北大核心 CSCD

摘要:【目的】研究发酵中药和油莎豆复合物对湖羊生长性能、血清抗氧化及免疫指标的影响,为新型饲料添加剂的开发提供依据。【方法】选取体重相近、健康状况良好的育肥湖羊40只,随机分为2组:对照组和试验组,每组20只。对照组湖羊饲喂基础饲粮,试验组湖羊在基础饲粮中添加2%复合发酵物,预试期7 d,正试期42 d,在正试期第0、42天分别称重,计算平均日增重;记录日采食量,计算料重比;在试验第1、21和42天颈静脉采血并分离血清,测定湖羊血清中抗氧化指标和免疫指标。【结果】试验组湖羊的终末体重、平均日增重及平均日采食量均显著高于对照组(P<0.05)。与对照组相比,在试验第21天,试验组湖羊血清中过氧化氢酶(CAT)、总抗氧化能力(T-AOC)活性及免疫球蛋白G(IgG)、γ干扰素(INF-γ)含量分别提高了2.75%、3.46%、7.28%和4.55%(P<0.05),丙二醛(MDA)含量降低了12.72%(P<0.05);在试验第42天,CAT、T-AOC活性及IgG、INF-γ含量分别提高了3.17%、3.67%、9.77%和11.91%(P<0.05),MDA含量降低了15.10%(P<0.05)。【结论】在本试验条件下,饲粮中添加2%发酵中药和油莎豆复合物能有效改善湖羊的生长性能,提高抗氧化和免疫机能,可作为一种新型饲料添加剂应用到畜牧生产中。

关键词: 复合发酵物 湖羊 生长性能 抗氧化 免疫

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