科研产出
嗜碱盐单胞菌X3中异化型硝酸盐还原酶编码基因簇的功能验证及蛋白结构预测
《中国海洋大学学报(自然科学版) 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：细菌的氮代谢推动环境的氮循环,硝酸盐还原反应是氮代谢途径中重要步骤之一。本文运用酶活测定、qRTPCR和生物信息学软件分析的方法,对嗜碱盐单胞菌(Halomonas alkaliphila)X3中编码细菌异化型硝酸盐还原酶(Dissimilatory nitrate reductase,Nar)不同亚基的基因簇narGYJV进行了功能验证、蛋白结构预测和系统发育分析。研究表明,X3菌株中存在narGYJV基因簇并具有表达活性,测得Nar的酶活为每克蛋白21.415U;预测到的narGYJV编码蛋白功能区域中1～1246氨基酸属于NarG超家族,编码Nar的α亚基;1261～1752氨基酸属于DMSOR-beta-like超家族,编码Nar的β亚基;2061～2279氨基酸编码γ亚基,1802～2018氨基酸编码δ亚基;Nar的二级结构中无规卷曲占37.59%,α螺旋占34.43%,延伸链占18.33%;NarG、NarY和NarV的3D结构与PDB中大肠杆菌(Escherichia coli)的1Q16 3D结构最接近,覆盖率96%～100%。系统发育树显示,菌株X3中NarG与同属菌的遗传距离较近,在不同菌属间虽然功能相似,其同源性较低;NarY与大肠杆菌中的氨基酸序列的同源关系较近,说明异化型硝酸盐还原酶Nar中不同亚基的系统发育地位不同。研究结果表明,Halomonas alkaliphila X3菌株中存在编码Nar的基因簇narGYJV,编码蛋白具有独特的3D结构,不同亚基的系统发育地位不同。研究结果为进一步研究该菌的氮代谢通路选择和调控机制提供了依据。
关键词： 嗜碱盐单胞菌 异化型硝酸盐还原酶 基因簇narGYJV 3D结构 qRT-PCR 系统发育树
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水产养殖水体遥感动态监测及其应用
《中国水产科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：以安徽省巢湖市为实验区,以国产高分一号(GF-1)和资源三号(ZY-3)高分辨率遥感影像为数据源,以NDWI和纹理特征作为分类特征,联合随机森林、支持向量机和BP神经网络3种分类方法,发展了一种集成分类模型,用于提取养殖水体信息,并进行阴影剔除和形态学处理.结果表明,该集成分类模型适用于提取养殖水体信息,总体精度为97.4%,Kappa系数为0.87,漏分误差为3.7%,错分误差为6.4%,相比单个模型精度明显提高;针对GF-1影像的增强阴影水体指数,对山体阴影和城市建筑阴影的剔除效果明显,较大程度上避免了阴影对水体提取的干扰;实验区养殖水体的遥感动态监测应用发现, 2016年相比2013年水产养殖面积增加6.9%.该研究理论与技术成果的应用,有助于及时掌握养殖水体的时空分布及动态变化,快速提升中国渔业管理的信息化和科学化水平.
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液相色谱-串联质谱法测定水产品中亮绿、亚甲基蓝及其代谢物残留量
《分析测试学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：建立了水产品中亮绿、亚甲基蓝及其代谢物残留量同时测定的液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)方法。样品经乙酸铵缓冲溶液和乙腈提取,二氯甲烷液液萃取,PRS固相萃取柱净化,氮吹浓缩,定容后测定。以2 mmol/L乙酸铵(含0. 1%甲酸)、乙腈和甲醇为流动相,CAPCELL PAK C_(18)色谱柱进行分离,在选择反应监测(SRM)模式下测定,外标法定量。在最佳实验条件下,5种化合物在1. 0～100. 0μg/L范围内线性关系良好(r~2> 0. 999),检出限(LOD,S/N≥3)均为1. 0μg/kg,定量下限(LOQ,S/N≥10)均为2. 0μg/kg;在水产品中加标水平为1. 0、5. 0、10. 0μg/kg时,回收率为70. 3%～92. 1%,相对标准偏差(RSD,n=6)为2. 3%～13%。该方法灵敏度高,能有效检测水产品中亮绿、亚甲基蓝及其代谢物的残留量。
关键词： 亮绿 亚甲基蓝 代谢物 水产品 液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)
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HPLC-ELSD检测南极磷虾油中磷脂含量
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]建立定性定量分析南极磷虾油中磷脂的高效液相色谱—蒸发光散射检测(HPLC-ELSD)方法,为南极磷虾油中磷脂的开发利用提供技术参考.[方法]比较氨基固相萃取柱和硅胶固相萃取柱对南极磷虾油中磷脂富集效果的影响,并研究Zorbax Rx-Sil柱和Chromolith Performance-Si柱及流动相对磷脂检测结果的影响.[结果]采用氨基固相萃取柱对南极磷虾油原液进行净化处理并富集磷脂,选用Chromolith Performance-Si柱,正己烷—异丙醇—乙酸水溶液为流动相进行梯度洗脱,可定性定量分析南极磷虾油中的磷脂含量.南极磷虾油中主要含有磷脂酰乙醇胺(PE)、磷脂酰胆碱(PC)和溶血磷脂酰胆碱(LPC)3种磷脂.其中,PC含量最高,为28.73~38.52 g/100 g,占磷脂总含量的76.15%~92.22%;LPC含量为2.27~7.29 g/100 g,占磷脂总含量的5.41%~18.55%;PE含量最少,为0.30~2.69 g/100 g,占磷脂总含量的0.74%~7.36%.加标回收试验结果显示,3种磷脂的回收率在88.50%~109.49%,相对标准偏差(RSD)均小于10%.[结论]利用氨基固相萃取柱对南极磷虾油中磷脂进行纯化富集,具有良好的准确度和精密度,HPLC-ELSD可实现对南极磷虾油中磷脂的快速准确定性和定量分析.
关键词： 南极磷虾油 磷脂 HPLC-ELSD 定性分析 含量检测
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珠三角河网不同水文期浮游动物优势种及生态位
《水生态学杂志 》 2019 北大核心
摘要：研究珠江三角洲河网水域不同水文期浮游动物的生态位,为进一步研究珠三角河网浮游动物种间竞争共存机制提供理论依据.2017-2018年在珠江三角洲河网设置13个调查站位,调查浮游动物在丰水期和枯水期组成与分布,分析浮游动物优势种组成、优势种生态位宽度值及优势种生态位重叠程度变化,并通过典范对应分析(CCA)研究优势种的生态位分化情况.结果表明:调查水域丰水期和枯水期分别检出浮游动物96和92种,广布中剑水蚤(Mesocyclops leuckarti)、右突新镖水蚤(Neodiaptomus schmackeri)、跨立小剑水蚤(Microcyclops varicans)等为珠三角河网水域浮游动物优势种;珠三角河网浮游动物在不同水文期各优势种的生态位宽度有差异,变化范围为1.04~4.02,主要由广生态位种群、中生态位种群和窄生态位种群组成;不同水文期各优势种的生态位重叠程度不均匀,在0~0.94,潜在的种间竞争压力较大;CCA分析结果表明,水温、溶解氧、总溶解性固体物质和总磷是影响珠三角河网浮游动物优势种生态位宽度的重要因素.不同水文期珠三角河网的生境条件变化引起浮游动物优势种生态位的差异,使得珠三角河网水域浮游动物的空间分布具有复杂性.
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珠江河网冬季浮游细菌群落结构及其影响因素
《中国水产科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解珠江河网冬季浮游细菌群落结构,探讨影响其群落结构的环境因素,于2017年11月和2018年1月在珠江河网(112.18°E~113.51°E,22.38°N~23.17°N)采集表层水样,借助IlluminaMiSeq高通量测序平台,运用16S rDNA扩增子技术研究珠江河网冬季浮游细菌群落结构,使用R(3.5.2)软件包以及SPSS进行统计分析及作图.结果表明,变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、蓝细菌门(Cyanobacteria)是珠江河网丰度较高的门类,细菌群落优势种群依次为γ-变形菌纲(γ-Proteobacteria)、放线菌纲(Actinobacteria)和α-变形菌纲(α-Proteobacteria).珠江河网冬季浮游细菌具有较高的菌群多样性(两次样品的Shannon指数分别为6.78±0.29、6.23±0.71), NMDS分析表明,浮游细菌群落结构之间不存在显著的地域差异.Pearson相关性分析表明,温度与γ-变形菌纲(P<0.05)、放线菌纲(P<0.05)以及α-变形菌纲(P<0.01)的丰度显著正相关,pH与放线菌纲(P<0.05)、α-变形菌纲(P<0.01)的丰度以及多样性指数(Shannon:P<0.01; Simpson:P<0.01)显著负相关,溶解氧与α-变形菌纲的丰度显著负相关(P<0.05).冗余分析(RDA)结果显示,温度、pH是影响浮游细菌群落的主要因子.
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安庆市西江浮游植物群落多样性时空格局
《大连海洋大学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解西江长江江豚Neophocaena asiaeorientalis保护区浮游植物的群落特征和水质状况,于2017年4个季节(3、6、9、12月),设5个采样断面15个采样点对西江浮游植物群落密度和生物量进行了周年调查。结果表明:共鉴定出浮游植物7门104种,其中绿藻门58种,硅藻门19种,蓝藻门14种,金藻门4种,隐藻门、裸藻门、甲藻门各3种;浮游植物种类季节性差异明显,冬季种类数最多,为73种,秋季种类数最少,为48种;浮游植物密度和生物量4个季节平均值分别为4.88×10~7 cells/L和12.11 mg/L,4个季节浮游植物密度和生物量均存在显著性差异(P<0.05),秋季生物量和密度均高于其他3个季节,浮游植物群落结构季节性差异明显;浮游植物空间格局上也存在较大差异,密度和生物量在空间变化与环境因子中的TN、TP、NH_3-N含量变化趋势相一致,且不同时空格局均以蓝藻门密度和生物量为主;西江在不同季节共发现浮游植物优势种类群为17种,不同季节差异明显;利用卡尔森营养状态指数评价西江水质,水体营养状态为贫营养级,定性评价水质为优;冗余分析(RDA)显示,水温、DO、NH_3-N、COD、pH是影响浮游植物群落结构动态变化的重要环境因子。研究表明,西江长江江豚迁地保护区浮游植物群落结构稳定,水质良好,适合长江江豚生存与繁育。
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急性氨氮胁迫对翘嘴鳜幼鱼抗氧化酶活性及炎症反应相关基因表达的影响
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]从抗氧化酶活性和炎症反应相关基因表达水平揭示氨氮胁迫对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)幼鱼机体的毒性效应机制,为其健康养殖与水质调控管理提供科学依据.[方法]挑选规格整齐、体表无损伤的翘嘴鳜幼鱼进行96 h急性氨氮胁迫试验,在获得半致死浓度(LC50)的基础上,将翘嘴鳜幼鱼暴露于48.65 mg/L的水体氨氮下,以完全曝气的自来水(氨氮实测值为0.05 mg/L)为对照组,分别于胁迫0、6、12、24、48和96 h后测定抗氧化酶活性及炎症反应相关基因的相对表达量.[结果]翘嘴鳜幼鱼的96 h-LC50为48.65 mg/L(非离子氨0.47 mg/L).翘嘴鳜幼鱼在96 h的急性氨氮胁迫过程中,其肝脏超氧化物歧化酶(SOD)活性、过氧化氢酶(CAT)活性和谷胱甘肽(GSH)含量均呈先升高后降低的变化趋势;脂质过氧化物(LPO)在肝脏中的累积量随胁迫时间的延长逐渐增加,至胁迫96 h时达最高值(0.50μmol/g),显著高于对照组(P<0.05,下同).与对照组翘嘴鳜幼鱼相比,经氨氮胁迫后翘嘴鳜幼鱼肝脏IL-1β和IL-8基因的相对表达量均呈升高—降低—升高的变化趋势,于胁迫6 h起显著上调,分别于胁迫12和96 h时达最高值;TNF-α基因的相对表达量整体上呈先降低后升高的变化趋势,在胁迫6 h时显著低于对照组,但至胁迫96 h时其相对表达量达最高值;IL-1β、IL-8和TNF-α基因的相对表达量在胁迫96 h时均显著高于对照组;HSP90α基因的相对表达量呈先升高后降低的变化趋势,至胁迫96 h时,其相对表达量显著低于对照组.[结论]氨氮胁迫初期,翘嘴鳜幼鱼抗氧化系统被诱导激活,炎症反应相关基因表达上调;至胁迫后期,翘嘴鳜幼鱼抗氧化功能受抑制,而炎症反应相关基因表达持续上调.说明持续炎症反应及抗氧化系统功能受抑制是翘嘴鳜氨氮中毒死亡的主要原因.
关键词： 翘嘴鳜 氨氮胁迫 抗氧化酶 炎症反应相关基因 96h半致死浓度(96h-LC50)
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水产动物源气单胞菌喹诺酮类耐药与PMQR基因、QRDR突变相关性分析
《中国农业大学学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了解PMQR基因、QRDR突变与气单胞菌喹诺酮类耐药相关性,以116株水产源气单胞菌为研究对象,采用PCR法检测PMQR基因(qnrA、qnrB、qnrS、qepA、aac(6′)-Ib-cr)并分析QRDR靶基因gyrA、parC突变情况,用微量二倍稀释法测定萘啶酸(NAL)、环丙沙星(CIP)、恩诺沙星(ENR)的最小抑菌浓度(MIC)值。结果表明:116株气单胞菌中,有18株(15.52%)菌株携带PMQR基因,其中8株(6.90%)携带qnrS2基因,9株(7.76%)携带aac(6′)-Ib-cr基因,1株同时携带qnrS2、aac(6′)-Ib-cr基因,未检测到qnrA,qnrB和qepA基因;56株(48.28%)菌株发生QRDR靶位点突变,主要突变方式为GyrA:Ser~(83)Ile和GyrA:Ser~(83)Ile+ParC:Ser~(87)Ile;对NAL、CIP及ENR耐药率分别为47.41%、12.07%及11.21%;7株仅携带qnrS2基因菌株未发生QRDR突变,对喹诺酮类药物敏感性略下降,NAL、CIP及ENR的MIC值分别小于4.00、0.50和1.00mg/L;10株携带aac(6′)-Ib-cr基因的菌株均发生QRDR突变并对NAL表现耐药,MIC值均>128.00mg/L,其中8株对CIP和ENR表现耐药,MIC值均≥4.00mg/L;发生gyrA单突变或gyrA和parC双突变菌株均对NAL表现耐药,MIC值均≥64.00mg/L,CIP和ENR的MIC值有的<4.00mg/L,有的≥4.00mg/L。综上,QRDR靶基因突变可影响水产动物源气单胞菌对萘啶酸的药物敏感性,而气单胞菌对氟喹诺酮类药物耐药可能与PMQR和QRDR协同作用有关。
关键词： 气单胞菌 PMQR基因 QRDR突变 喹诺酮类 耐药
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36种中药对罗非鱼源无乳链球菌体外抑菌及生物被膜消除效果
《淡水渔业 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了筛选出对无乳链球菌(Streptococcus agalactiate)有抗菌效果的安全新药物,实验采用琼脂扩散法和微量稀释法测定了36种中药单体对3株罗非鱼致病性无乳链球菌的抑菌活性,测定了血根碱对无乳链球菌生长曲线和生物被膜成膜的影响.结果显示:受试菌株对血根碱、 白屈菜红碱、 厚朴酚、 和厚朴酚和大黄酸极度敏感,抑菌圈均在20 mm以上,5种药物对无乳链球菌的最小抑菌浓度(MIC)为8~32μg/mL,表现出很强的抑制作用,其中血根碱对3株无乳链球菌的最小杀菌浓度(MBC)均为16μg/mL;生长曲线及生物被膜试验发现血根碱对无乳链球菌生长和生物被膜生成具有抑制作用.在不同血根碱浓度下,与其他浓度组相比当血根碱浓度达到16μg/mL及以上时,受试菌株生物被膜的生成率降低到2.76%以下,相同条件下,绿原酸作用下生物被膜生成率均在90%以上.
关键词： 无乳链球菌(Streptococcus agalactiate) 生物被膜 生长曲线 血根碱 抑菌作用
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