科研产出
17个鲜加工型辣椒品种农艺性状分析
《种子 》 2023 北大核心
摘要：采用主成分分析、聚类分析等方法对17个鲜加工型辣椒品种农艺性状进行分析。结果表明，17个鲜加工型辣椒品种农艺性状变异系数在19.33%～51.87%之间。前4个主成分特征值均大于1,累积贡献率达80.748%,主成分综合得分由高到低是娇凤、龙椒17号、园椒35、龙椒10号、宝椒1号、园椒40、兴蔬208、德红1号、龙椒15号、FA276-14-1、龙椒20号、FA3-22-1、XY19-124、园椒39、中椒409、FA4-15-1、龙椒18号。聚类分析中，当欧氏距离为5时可分为五大类。对17个鲜加工辣椒种质资源进行筛选，娇凤为长线形、高产、高抗病毒病、中熟、味辣种质资源；龙椒10号为长牛角形，早熟，辣味中等种质资源；兴蔬208为果形较长、单株果数较多、色泽中等、中早熟种质资源；园椒40为果形较长、早熟、中抗病毒病种质资源。
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绒山羊4个多胎性状候选基因多态性及其与产羔数的关联分析
《中国畜牧兽医 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】通过对内蒙古白绒山羊4个多胎性状相关基因进行测序和生物信息学分析，深入挖掘与产羔数显著相关的单核苷酸多态位点（single nucleotide polymorphisms, SNP）位点，为提升绒山羊高效繁育提供理论依据。【方法】选取阿拉善型、阿尔巴斯型绒山羊母羊244只，利用MultipSeq多重PCR结合二代高通量技术检测生长分化因子9（growth differentiation factor 9,GDF9）、骨形态发生蛋白15 （bone morphogenetic protein 15,BMP15）、骨形态发生蛋白受体1B（bone morphogenetic protein receptor 1B,BMPR1B）和β-1,4-N-乙酰氨基半乳糖转移酶2 （beta-1,4-N-acetyl-galactosaminyl transferase 2,B4GALNT2）基因多态性，并对不同SNP位点与绒山羊产羔数进行关联分析。【结果】通过GATK分析共预测得到172个SNPs位点，其中BMPR1B、B4GALNT2、BMP15、GDF9基因相关SNPs位点分别为95、33、26和18个。GLM模型关联分析发现，10个SNPs位点与白绒山羊产羔数显著相关（P＜0.05）,进一步进行卡方检验发现，其中7个SNPs位点基因型与产羔数显著相关（P＜0.05）。BMPR1B基因g.29893723 C＞G、g.29897064 G＞A、g.29897722 G＞A、g.29897734 C＞A和g.29938673 C＞G位点的CC、GG、GA、CA和CC基因型个体产羔数分别显著高于CG、GA、GG、CC和GG基因型（P＜0.05）;B4GALNT2基因g.37072289 G＞A位点的GG和GA基因型个体产羔数均显著高于AA基因型（P＜0.05）;GDF9基因g.66027842 A＞C位点的CC和AC基因型个体产羔数均显著高于AA基因型（P＜0.05）。【结论】试验获得了内蒙古白绒山羊多胎性状相关基因GDF9、BMP15、BMPR1B和B4GALNT2的SNPs位点序列特征，发现了与白绒山羊产羔数显著相关的10个SNPs位点，并揭示了不同基因型产羔数间的差异，从而为内蒙古白绒山羊分子辅助育种提供了有力的SNP参考位点。
关键词： 绒山羊 GDF9基因 BMP15基因 BMPR1B基因 B4GALNT2基因 产羔数
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二棱大麦种质资源产量相关性状的遗传多样性分析及综合评价
《内蒙古民族大学学报(自然科学版) 》 2023
摘要：为筛选综合性状优异的二棱大麦种质，以216份大麦种质资源为试验材料，通过相关分析、主成分分析、聚类分析等方法进行综合评价。结果表明：单株粒质量、单株粒数、分蘖数、主穗长等性状变异系数较高，千粒质量、株高、主穗粒数、主穗粒质量等性状变异系数较低，总体变异系数在7.91%～22.04%之间，多样性指数在1.90～2.08之间，千粒质量、穗下节间长、株高等性状遗传多样性较高；相关分析结果表明，多个性状间具有相互作用，主穗长与主穗粒数、主穗粒质量显著正相关，单株穗数与单株粒数、单株粒质量显著正相关，主穗粒质量与单株粒质量显著正相关。基于主成分分析的综合评价和聚类分析，将216份二棱大麦分为4类，第Ⅰ类表现为高秆、穗粒数多，第Ⅱ类高秆、穗长、分蘖力强，第Ⅲ类矮秆、穗粒数、粒质量较低，第Ⅳ类矮秆但穗下节间较长，其余性状较低。
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向日葵抗旱自交系叶片转录组SNP位点信息挖掘
《中国农学通报 》 2023 CSCD
摘要：为探究响应向日葵干旱胁迫的转录组SNP标记信息,以向日葵抗旱自交系17062为供试材料,利用RNA-seq技术结合生物信息学分析方法,对SNP标记进行统计分析.结果表明,SNP类型分析中,转换率占62.82%,颠换率占37.17%,转换中以C/T发生频率最高,为31.51%.功能原件分布中,分布在外显子区的SNP数量为178744.3个,显著多于其他功能元件.对SNP位点序列注释发现,有76678条SNP基因具有GO注释,4379条具有KEGG注释.筛选GO注释排序前30位(Top30)差异基因(DEGs)中重复存在的SNP基因序列,得到1542条,其中650条基因序列有GO注释.这些差异基因涉及到了多个生物功能与重要代谢途径,对向日葵转录组SNP标记开发、向日葵抗旱种质资源鉴定及抗旱"三系"杂交种选育具有重要意义.
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蒙古冰草GDSL酯酶/脂肪酶基因的序列及表达分析
《中国农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为挖掘蒙古冰草(Agropyron mongolicum)中的GDSL酯酶/脂肪酶基因,以干旱胁迫下蒙古冰草转录组测序得到的Unigenes为对象,利用生物信息学方法对蒙古冰草GDSL脂肪酶基因进行理化性质、亚细胞定位、同源性以及系统发育进化分析,同时对不同干旱处理条件下的GDSL脂肪酶基因进行表达分析.结果表明:蒙古冰草中52个GDSL脂肪酶基因,蛋白质分子量在6.80~44.77 kU,66~420个氨基酸,pI 4.27~9.42;52个蒙古冰草GDSL脂肪酶基因亚细胞定位预测显示细胞外基质、叶绿体、细胞核、细胞质、细胞膜、细胞壁均有分布;将其与13个已知具有抗旱功能的GDSL脂肪酶基因进行同源性对比及进化树构建,蒙古冰草GDSL脂肪酶基因与水稻、大麦、拟南芥、木豆、大豆、蜡梅、辣椒的GDSL脂肪酶基因均有较高相似性.在干旱处理0.5、1.0、2.0、3.0、5.0、7.0 d及复水1.0 d,与对照(CK)相比,14个基因呈显著下调表达,38个基因呈现为上调表达.对6个蒙古冰草GDSL脂肪酶蛋白跨膜及信号肽和磷酸化预测结果显示,DN26944_c0_g1属于跨膜蛋白;DN26944_c0_g1、DN14677_c0_g2、DN29240_c0_g2这3个蛋白均含有信号肽,推测其为外分泌蛋白.通过磷酸化位点分析发现DN26944_c0_g1、DN14677_c0_g2、DN29240_c0_g2、DN17531_c0_g6、DN29240_c0_g3、DN20405_c0_g1 蛋白磷酸化程度总体不高,其中DN26944_c0_g1最高有34处磷酸位点,DN14677_c0_g2最低有7处磷酸位点.模拟干旱处理下蒙古冰草 DN26944_c0_g1、DN14677_c0_g2、DN29240_c0_g2、DN17531_c0_g6、DN29240_c0_g3、DN20405_c0_g1这6个基因的表达量均显著高于对照组(CK),说明这6个酯酶/脂肪酶基因在蒙古冰草干旱胁迫中起正调控作用.
关键词： 蒙古冰草 GDSL酯酶/脂肪酶基因 生物信息学分析 抗旱
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饲草燕麦的营养特性及其在反刍动物生产中的应用研究进展
《中国畜牧杂志 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：按照《现代饲草产业发展规划（2021—2025）》的发展目标，计划到2025年全国草产品产量基本满足国内80%左右的需求。饲草燕麦（Avena sativa L.）不仅具有抗逆性强、耐贫瘠、生物量大和易消化等优点，其营养价值和利用价值也较高，被列为我国乃至全球的主要紧缺饲草资源。饲草燕麦在促进反刍动物消化代谢、改善生长和生产性能、提高肉品质、调节机体物质代谢、增强机体免疫、抗氧化功能和改善肠道健康中发挥了重要作用。本文主要综述了饲草燕麦的生境特点、营养价值及其在反刍动物生产中的应用研究进展，旨在为推进饲草燕麦在家畜养殖中的应用提供科学依据。
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基于家系基因组测序对骡基因组结构多样性分析
《中国农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为分析马（Equus caballus）和驴（Equus asinus）杂交后两套结构和功能完善的独立基因组在骡基因组中整合后的结构多样性，本研究以马属动物三成员家系的全基因组序列为研究对象，分别以纯血马基因组和驴基因组为参考，识别驴、马和骡的InDel、SNP和CNV;通过生物信息分析，分析骡的de novo SNP及其突变频率、识别骡特异性CNV,并进行功能分析。结果显示：1)驴、马和骡分别获得100.01、103.78和114.36 Gb的高质量Illumina基因组测序数据。2)以纯血马基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为402 533～2 110 786、5 012 403～23 819 055和2 126～3 761;以驴基因组为参考，识别的InDels、SNPs和CNVs分别为527 351～2 279 875、3 212 499～23 549 224和3 572～7 812。3)骡de novo SNPs分别为555和419,其突变频率为1.72×10-7～2.21×10-7。4)获得骡特异性CNVs分别为396和859,总长度分别为2.15和3.77 Mb。5)变异相关基因主要和机体的免疫及癌症过程相关。综上，骡基因组发生了高频率的de novo SNPs和特异性CNVs,这些结构变异可能对马和驴异种杂交不相容以及骡的遗传适应性具有重要意义，为进一步开展马和驴异种杂交的遗传基础及其分子机制的研究提供候选遗传位点。
关键词： 骡 异种杂交 De novo单核苷酸多态性 拷贝数变异
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基于模拟优化模型的干旱风沙草原区水-粮食-能源关系
《排灌机械工程学报 》 2023 EI 北大核心 CSCD
摘要：定量分析干旱风沙草原区水-粮食-能源（WFE）关系，可为制定草原区生产、经济和生态环境等政策提供科学的支持.采用基于Python语言的MODFLOW模型——FloPy,在考虑研究区牧草产量和灌溉能源消耗的基础上，构建了一个紧密耦合干旱风沙草原区WFE系统理想案例的多目标模拟优化模型，并使用多目标优化工具Pymoo框架下的NSGA-Ⅱ算法进行了求解.结果表明：所构建的模拟优化模型可以定量计算干旱风沙草原区的WFE关系，Pymoo提供的NSGA-Ⅱ算法在WFE关系多目标优化中具有较好的搜索效率与稳定性；使用权重wx对设定的6种方案进行对比分析，一般年（方案1—3）与干旱年（方案4—6）的地下水水位差最大值分别为1.15,1.43,1.34,0.96,1.26,1.15 m;一般年和干旱年灌溉水量最大可减少136.90%和134.37%,作物产量增加18.60%和18.31%,节省能源26.94%和27.89%.
关键词： 水-粮食-能源关系 FloPy NSGA-Ⅱ 干旱风沙草原区
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