科研产出
基于转录组测序分析溶解氧对四指马鲅幼鱼鳃组织的影响
《南方农业学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：[目的]基于转录组测序分析溶解氧对四指马鲅(Eleutheronema tetradactylum)幼鱼鳃组织的影响,探究四指马鲅应对低氧胁迫的适应机制,为四指马鲅的抗逆性研究提供参考依据.[方法]以四指马鲅幼鱼为试验材料,设3种溶解氧含量处理,常氧组(CG)6.33±0.15mg/L、中度低氧组(OC4)3.99±0.18mg/L和重度低氧组(OC2)2.05±0.15mg/L,处理29 h,采集鳃组织进行转录组测序,利用DEGseq筛选不同比较组的差异表达基因(DEGs),使用GOseq进行GO功能注释分析,利用KOBAS进行KEGG信号通路富集分析,采用STEM对DEGs进行表达趋势分析.[结果]OC4 vs CG比较组有86个DEGs,其中28个上调表达,58个下调表达;OC2 vs CG比较组有2018个DEGs,其中740个上调表达,1278个下调表达;OC4vsOC2比较组有171个DEGs,其中68个上调表达,103个下调表达.GO功能注释分析结果显示,DEGs主要涉及代谢过程、有机物生物合成、细胞氧化还原平衡、细胞内、染色质、核糖体结构成分和催化活性等功能条目.KEGG信号通路富集分析结果显示,DEGs主要富集在蛋白酶体、DNA复制、脂肪酸降解、磷酸戊糖途径、氧化磷酸化、谷胱甘肽代谢、赖氨酸降解和核糖体生物发生等信号通路;其中pac1、lsm7、mcm6、mcm2和mdm2等基因富集在蛋白酶体、剪接体、DNA复制和细胞周期等信号通路,与四指马鲅幼鱼鳃组织蛋白合成有关,随着溶解氧含量下降,其表达量呈下降趋势;shmt2、hsd17b10、sucla2和glo1等基因富集在磷酸戊糖途径信号通路,与四指马鲅幼鱼鳃组织能量代谢有关.[结论]四指马鲅幼鱼鳃组织蛋白质合成能力和能量代谢活动均随着溶解氧含量下降而下降,溶解氧含量下降显著影响细胞周期、DNA复制、脂肪酸降解和糖代谢等信号通路.
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斑石鲷irf3基因鉴定及其在虹彩病毒感染下的表达模式
《水产学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：干扰素调节因子（irf3）是干扰素调节因子（IRF）家族的一员，是I型干扰素依赖性免疫反应的主要转录调节因子，在针对DNA和RNA病毒的先天免疫反应中发挥重要作用。本研究中，斑石鲷irf3基因（Oplegnathus punctatus interferon regulatory factors 3,Opirf3）来自实验室斑石鲷基因组数据库，经分析鉴定Opirf3的CDS序列全长1 362 bp，可编码453个氨基酸，预测其蛋白分子量为50.0 ku，理论等电点为4.97，有一个IRF结构域和一个IRF-3结构域。荧光定量分析结果显示，Opirf3在斑石鲷肝脏、鳃、心脏、皮肤、脾脏、肠、脑、肾脏、胃和头肾组织均有表达；虹彩病毒感染7 d时，免疫组织肝脏、脾脏和肾脏中Opirf3的表达水平显著上调。斑石鲷肾细胞系体外刺激实验显示，不同浓度poly I:C刺激后，Opirf3的表达量较对照组均显著升高，poly I:C浓度为100μg/mL时，肾脏细胞中Opirf3的相对表达水平升高，为对照组的86.8倍。siRNA干扰后，斑石鲷肾细胞系中Opirf3表达水平显著下调30%，下游基因IFN-α、CD40、CD80和IL-1β显著下调，IL-6显著上调。以上结果可能表明Opirf3基因参与了I型IFN在斑石鲷抗虹彩病毒过程中的先天免疫反应。本研究可为斑石鲷抗病分子育种提供理论依据。
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基于环境DNA技术的梯级水坝对长江上游重要支流鱼类多样性的影响研究-以綦江为例
《生态学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为了探究梯级水坝对长江上游重要支流中不同鱼类的阻隔效应，利用环境DNA(Environmental DNA, eDNA)技术于2021年5月对綦江9个区段鱼类物种组成与多样性进行了分析，并与传统渔业资源调查的结果进行了比对，探讨了eDNA技术在长江水系鱼类监测中的应用前景。结果显示基于eDNA技术在綦江中共检测到鱼类7目16科49属59种。其中，鲤形目41种，占比69.49%;珍稀特有鱼类12种，占比20.34%。通过传统渔业资源调查方法共监测到鱼类7目17科64属92种。两种调查方法的综合分析结果表明綦江中共有鱼类96种，其中55种为共同调查到的鱼类，占比57.29%。此外，基于eDNA技术检测到的59种綦江鱼类，按照下游至上游次序呈现如下趋势：(1)不同区段的鱼类物种多样性阶梯式降低；(2)各采样点与全流域间的鱼类物种相似性阶梯式降低；(3)喜流水鱼类与喜静缓流鱼类物种数之间的比值，以及洄游性鱼类的物种数量及其所占比例逐渐减小；(4)各区段底层鱼类的物种数量百分比逐渐减小，而中上层和中下层鱼类的物种数量百分比逐渐增大。研究表明水坝的长期阻隔对綦江中鱼类物种组成和多样性产生了较大影响，且梯级水坝造成的影响较单个水坝更加严重；梯级水坝对喜流水、洄游性鱼类以及底层鱼类(包括多种长江上游珍稀特有鱼类)有较明显的阻隔效应。在现有研究基础和背景条件下，认为如果用于物种注释的本地数据库已充分完善，将eDNA技术应用于长江水系的鱼类监测总体可行；否则，在监测过程中应将eDNA技术与传统渔业资源调查方法进行适当结合，进而有效提高调查结果的全面性与可信度。
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基于脂质组学探究冻藏温度对星康吉鳗(Conger myriaster)脂质变化的影响
《食品与发酵工业 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：冻藏是维持鱼肉品质的重要方法之一。该研究采用常规化学和脂质组学方法，探究冻藏期间不同温度对星康吉鳗(Conger myriaster)脂质变化的影响。化学结果表明，星康吉鳗的脂质过氧化物含量(lipid hydroperoxide, LPO)和硫代巴比妥酸反应物(thiobarbituric acid reactive substances, TBARS)值在120 d冻藏期间均呈上升趋势，且-18℃组比-60℃组增加更显著。脂质组学结果显示，星康吉鳗中共检测到353个脂质，可分为七个大类，对应22个脂质亚类。其中，脂质分子数量最多的亚类是磷脂酰胆碱(phosphocholine, PC)、磷脂酰乙醇胺(phosphoethanolamine, PE)、甘油二酯(diacylglycerol, DG)和鞘磷脂(sphingomyelin, SM)。此外，与新鲜样本(0 d)相比，在正/负离子模式下，-18℃组和-60℃组中分别检测到38/22和52/19个上调差异脂质物，6/3和5/2个下调差异脂质物；与-18℃组相比，-60℃组共鉴定出15/14个上调差异脂质物，9/15个下调差异脂质物；-60℃组的差异脂质中与新鲜度相关的PC、PE和溶血磷脂酰胆碱(lyso-phosphatidyl choline, LPC)数量均低于-18℃组。因此，PC、PE和LPC可作为区分星康吉鳗新鲜与冻藏的生物标志物。综上所述，-60℃比-18℃能更好地抑制星康吉鳗脂质氧化，降低品质劣变程度。该研究为冻藏过程中星康吉鳗的品质控制提供参考依据。
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西沙群岛北礁珊瑚礁鱼类种类组成及变化特征
《生态学报 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：西沙群岛北礁的珊瑚礁鱼类由于受到人类扰动和气候变化等影响，其渔业资源发生了明显变化。在西沙群岛北礁开展鱼类资源调查，综合历史数据，分析北礁鱼类物种组成及其变化特征。截止2023年4月在北礁共发现鱼类270种，隶属于12目49科121属，其中鲈形目(Perciformes)种类最多，为212种，占总物种数的78.52%。北礁珊瑚礁鱼类群落结构较历史发生明显改变。大型鱼和肉食性鱼类的物种数量明显减少，未采集到比例分别为43%和27%,属于不同体型和食性分组中的最高值。并且与历史相比相似度均小于0.25,为极不相似。鱼类组成平均分类差异指数(Delta+)和变异分类差异指数(Lambda+)均明显下降，由1998—2003年的56.72和163.8降为2023年的54.57和107.6。同时，鱼类目、科和属与种类数的比例明显下降，分别减少了48.21%、34.67%和15.45%。另外，不同时期鱼类物种组成目、科、属、种的相似性分别是0.50、0.37、0.23和0.10,为不相似和极不相似。研究结果显示，北礁珊瑚礁鱼类已经发生了由肉食性向植食性、大型鱼向小型鱼和复杂性向简单性的演变趋势。该研究有助于更好地掌握和预测北礁珊瑚礁鱼类的物种组成和演变趋势，对于确保珊瑚礁生态系统的健康和恢复具有重要意义。
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罗非鱼AT2-R抑制罗非鱼湖病毒复制的初步研究
《水产科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为研究罗非鱼血管紧张素Ⅱ2型受体(AT2-R)在罗非鱼湖病毒(TiLV)感染过程中的功能，通过RT-PCR技术克隆得到体质量(20±5) g罗非鱼AT2-R(OnAT2-R)基因完整的开放阅读框序列，并运用qRT-PCR分析OnAT2-R基因的组织分布及时相表达，同时构建重组真核表达载体pEYFP-OnAT2-R,在罗非鱼脑细胞中进行亚细胞定位分析，最后通过罗非鱼脑细胞过表达OnAT2-R基因后感染罗非鱼湖病毒，利用qRT-PCR方法检测TiLV-S8片段的相对表达量。试验结果显示，OnAT2-R基因开放阅读框序列全长1338 bp,编码445个氨基酸，具有1个7次跨膜区域。在罗非鱼被检测的各个组织中，OnAT2-R基因均有分布，肝脏的表达量最高，其次是肌肉和皮肤，脾脏和胃的表达量最低。健康罗非鱼感染罗非鱼湖病毒后，OnAT2-R基因在肝脏中的表达量先增后减，在肌肉中的表达量先增后减再增。成功构建了pEYFP-OnAT2-R,亚细胞定位结果显示OnAT2-R主要定位于细胞膜上。在罗非鱼脑细胞中过表达OnAT2-R基因后感染罗非鱼湖病毒，发现TiLV-S8节段的mRNA水平显著降低。试验结果表明，OnAT2-R是一个潜在的定位于细胞膜且具有抑制罗非鱼湖病毒复制作用的细胞表面分子受体，这为后续深入研究罗非鱼湖病毒感染机理及罗非鱼抗病毒机制提供理论参考。
关键词： 罗非鱼 罗非鱼湖病毒 血管紧张素Ⅱ2型受体 G蛋白偶联受体
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长期稻虾轮作对稻田土壤细菌群落的影响
《生态学杂志 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：为探究长期稻虾轮作对稻田土壤理化性质及细菌群落结构的影响，基于化学分析方法和16S rRNA扩增子高通量测序技术，研究了水稻单作与4、8和21年稻虾轮作稻田土壤理化性质及细菌群落结构，并分析了细菌群落结构与土壤理化性质之间的关系。结果显示，相较于水稻单作模式，稻虾轮作稻田土壤总磷含量提高37.01%～54.33%(P<0.05),但土壤速效磷含量降低60.21%～61.10%(P<0.05)。主坐标分析和置换多元方差分析结果显示，不同年限稻虾轮作稻田土壤细菌的群落结构差异显著(P=0.004)。长期稻虾轮作显著增加了稻田土壤Aminicenantia(纲、目、科、属)和Sva0485(纲、目、科、属)的相对丰度。冗余分析表明，有机质和碱解氮是影响稻田土壤细菌群落结构的关键环境因子。研究表明，稻虾轮作增加了稻田土壤总磷含量，降低了土壤速效磷含量，长期稻虾轮作没有改变土壤细菌群落的多样性，但却改变了细菌不同门类的相对丰度。本研究可为阐释稻虾轮作模式对稻田土壤细菌群落的影响机制提供科学依据。
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捕后鱼肉品质评价及保鲜技术研究进展
《现代食品科技 》 2024 北大核心
摘要：目前,我国依然存在鱼类养殖业发展不平衡与保活运输技术不成熟的现状,大部分捕捞的鱼类仍需经过预先宰杀处理后进行贮运.在此过程中,鱼肉通常会发生纤维硬化、肉质下降、水分流失、风味变差等品质劣变,造成其营养价值与商业价值的大幅降低.高效保鲜技术的应用与科学的品质评价是维持鱼肉原有品质,减少不必要资源浪费的有效途径.本文概述了物理、化学、微生物等鱼肉品质变化评价指标的研究进展,并从包装、化学和生物等方面系统阐述了低温条件下不同保鲜技术对鱼肉品质变化的影响,以期为鱼肉低温保鲜技术的深入研究与应用提供参考.
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基于整合生物标志物法评价十溴联苯醚对紫红笛鲷肝脏的氧化胁迫效应
《生态科学 》 2024 北大核心 CSCD
摘要：研究了不同浓度十溴联苯醚(decabromodiphenyl ether, BDE209)对紫红笛鲷肝脏抗氧化酶和药物代谢酶的影响,并采用整合生物标志物法综合评价BDE209对紫红笛鲷肝脏的氧化胁迫效应。结果表明:BDE209胁迫3—7 d,紫红笛鲷肝脏超氧化物歧化酶(superoxide dismutase, SOD)、过氧化氢酶(catalase, CAT)、过氧化物酶(peroxidase, POD)和谷胱甘肽硫转移酶(glutathione S-transferase, GST)活性显著升高,但并未呈现明显的剂量效应。胁迫30 d时,上述酶活性与对照组没有显著差异。BDE209胁迫下,紫红笛鲷肝脏细胞色素P450(cytochromeP450,P450)含量先降低后升高,而细胞色素b5(cytochromeb5,b5)含量则呈先升高后下降的趋势。上述结果表明BDE209可能引起了紫红笛鲷肝脏细胞发生氧化应激反应。BDE209胁迫第7 d时, IBR值最大。各实验组IBR均高于对照组,且随着BDE209浓度的升高,IBR值逐渐增大。与其他指标相比, POD活性、P450和b5含量可作为BDE209胁迫的潜在生物标志物, IBR方法可被应用于评价环境浓度BDE209对紫红笛鲷胁迫的毒性效应,对于综合评价BDE209对生物体的生态毒理效应具有重要意义。
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