科研产出
利用BSA-Seq方法鉴定谷丰B抗稻瘟病基因
《福建农业学报 》 2021 CSCD
摘要：【目的】挖掘和鉴定谷丰B稻瘟病抗性基因,了解谷丰B稻瘟病抗性遗传模式。【方法】以谷丰B和日本晴杂交获得F1和F2代遗传群体,接种稻瘟菌不同生理小种并分析抗病遗传模式;在F2群体中挑选极端抗/感单株构建DNA混合池,利用群体分离分析法（BSA）定位关联区域。【结果】谷丰B对KJ201、 RB22、 CHNOS、RB6、2Y838-1、501-3和IR16-1等菌株均表现高抗性,表明谷丰B基因组可能携带了广谱高抗稻瘟病基因。谷丰B和日本晴杂交,F1群体表现抗501-3和IR16-1,F2群体的抗病/感病分离比不符合3∶1,推测谷丰B基因组存在多个位点影响稻瘟病抗性。对F2群体的极端抗病、感病混合池及亲本DNA进行全基因组测序,鉴定了1 756 964个单核苷酸多态性（SNPs）标记。分析子代△SNP-index,定位到2个与抗病性显著关联区间,分别为Chr.6:10 082-11397 kb和Chr.11:120-266 kb。其中,6号染色体的关联区间与Pi2/9抗病位点等位,区间内含有4 006个SNPs和623个插入缺失（InDels）标记;11号染色体的关联区间含有752个SNPs和195个InDels标记。【结论】谷丰B对强致病力501-3菌株抗性可能是由第6号和11号染色体上的基因共同控制。研究结果为谷丰B抗性基因的精细定位及基因克隆奠定了基础,并为水稻抗稻瘟病分子标记辅助选择提供标记资源。
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镁营养对西瓜叶绿素荧光特性及生理代谢的影响
《福建农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探讨镁营养对西瓜（Citrullus lanatus）生长发育和生理代谢的影响,明确西瓜生长的适宜镁浓度范围。【方法】采用砂培法,对西瓜进行5个施镁质量浓度(0、24、48、96和192 mg·L-1)处理,并测定西瓜在不同施镁浓度下的生长特性（叶片和根系形态、生物量积累）、果实品质（维生素C、可溶性固形物、可溶性蛋白和可溶性糖含量）、叶绿素荧光特性和生理响应（渗透调节、膜伤害和抗氧化酶系统）。【结果】用24～96mg·L-1的镁素可以降低西瓜叶片膜伤害,提高光系统Ⅱ（PSII）活性,增加叶片抗氧化物质谷胱甘肽（glutathione,GSH）和还原型抗坏血酸（reducedascorbicacid,AsA）含量,增强叶片抗氧化酶活性,包括过氧化物酶（peroxidase, POD）、超氧化物歧化酶（superoxide dismutase, SOD）、过氧化氢酶（catalase, CAT）和单脱氢抗坏血酸还原酶（monodehydroascorbate reductase,DHAR）,降低叶片丙二醛（malondialdehyde,MDA）和脯氨酸（proline, Pro）含量以及细胞膜透性,促进AsA-GSH循环,增强光合作用,提高生物量积累,增加果实中维生素C、可溶性固形物、可溶性蛋白和可溶性糖含量。其中,48 mg·L-1镁处理对西瓜的生长发育增效最明显,而缺镁(0 mg·L-1)和镁过量(192 mg·L-1)胁迫下,西瓜叶片产生膜脂过氧化伤害,根系变短,叶绿素荧光参数放氧复合体（OEC）、电子传递量子产额(φEo)、受体库容量（Sm）和单位面积反应中心数量（RC/CSo）降低,单位反应中心光能的吸收（ABS/RC）、耗散（DI0/RC）、捕获（TR0/RC）及QA还原速率（Mo）增加,叶片光合机构完整性被破坏,光合作用减弱,西瓜生长受到明显抑制,其中缺镁影响最严重。【结论】缺镁和镁过量处理降低西瓜PSII活性,抑制西瓜生长,而适量增施镁可有效提高西瓜的生理活性,PSII的结构和功能稳定,光合作用强,西瓜生长好,果实品质高,48 mg·L-1为西瓜栽培最适宜施镁质量浓度。
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硒处理下冰菜的转录组响应及相关基因功能分析
《西南农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】探索外源硒对冰菜转录组相应机制影响及相关功能基因挖掘。【方法】利用高通量测序技术,构建冰菜硒响应转录组数据库。【结果】硒处理对冰菜植物激素信号转导途径影响:除油菜素类固醇外,其它7个激素代谢途径均产生重要影响。硒处理浓度的增加,能够促进生长素信号转导,激活下游基因表达;细胞分裂素信号转导途径中,AHP对硒处理敏感,A-ARR受硒处理呈显著上调作用,但均对硒浓度变化不敏感;硒处理浓度增加,使得赤霉素信号转导下游TF得到激活;脱落酸信号转导途径中,低硒处理（10 mmol/L）导致SnRK2表达量显著降低,抑制气孔关闭,导致冰菜易脱水;硒处理（100 mmol/L）SnRK2蛋白表达量显著恢复;乙烯信号转导途径中ETR和ERF1/2表达量随着硒处理浓度的提高而降低;硒处理（10 mmol/L）促进茉莉酸信号途径中JAZ和MYC2表达量上调,调节硒对冰菜的逆境胁迫,硒处理（10 mmol/L）对JAZ和MYC2表达量影响不显著;水杨酸信号转导途径中TGA和PR-1在硒处理（10 mmol/L）表达量无上下调表达,硒处理（100 mmol/L）TGA表达量下调,PR-1表达量上调,激活冰菜硒响应能力。经实时定量PCR分析,7个DEGs相对表达量与转录组表达谱分析趋势完全一致。【结论】本研究为冰菜硒关键基因挖掘和遗传育种奠定了一定基础。
关键词： 冰菜 转录组 差异表达基因 植物激素信号转导途径
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黄秋葵实时荧光定量PCR内参基因的克隆与筛选评价
《核农学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为筛选黄秋葵实时荧光定量PCR的稳定内参基因,本研究以绿白1号为试验材料,根据黄秋葵RNA-seq数据库,筛选并验证获得18SrRNA、ACT、EF-1α、TUA、TUB、GAPDH等6个内参基因ORF序列;以黄秋葵不同组织、不同发育时期果实、不同发育时期叶片和低温、高温、干旱胁迫处理的叶片为材料,利用实时荧光定量PCR技术分析测定基因表达量,并结合GeNorm、NormFinder和BestKeeper软件评价6个内参基因的稳定性.结果表明,6个基因在不同组织、各发育阶段及不同胁迫下均有表达,但表达稳定性不尽相同,其中,EF-1α在黄秋葵果荚发育、高温胁迫下表达稳定性最好;18SrRNA在黄秋葵各组织、叶发育和干旱胁迫下表达稳定性最优;ACT在低温胁迫下表现最稳定.此外,在29个处理中,18SrRNA、EF-1α、ACT表达均较稳定,可以用于荧光定量表达分析.本研究结果为黄秋葵基因功能分析和调控机理研究提供了基础.
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吲哚放线杆菌AIFJ1607株全基因组测序及耐药特性分析
《中国兽医学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：研究旨在探究吲哚放线杆菌AIFJ1607株的多重耐药机制。首先采用生化试验和16S rRNA的测序分析来鉴定细菌种类,然后应用药敏和MIC试验来分析20种抗生素的敏感性,再次采用全基因组测序和生物信息学方法来分析细菌的全基因组序列特征和耐药特性,最后分离纯化细菌质粒并测序来分析该质粒特征。结果显示,生化鉴定和16S rRNA测序分析结果显示该菌生长需要NAD或X因子的参与,过氧化氢酶和吲哚为阳性,尿素酶和cAMP试验为阴性,且16S rRNA序列与吲哚放线杆菌具有99%的同源性。药敏试验结果显示该菌对庆大霉素、妥布霉素、大观霉素、链霉素、新霉素、卡那霉素、青霉素、头孢、氯霉素、氟苯尼考、磺胺、四环素、博莱霉素、甲硝唑和恩诺沙星等15种抗生素耐药。全基因组序列分析结果显示了13种耐药基因,分别为ble、NimC/NimA、tetB、norA、blaROB-1、sul2、Cat3、aph33ib、aac（3）-Ⅱa、aph33ib、aph6id、aph3ia、ant3ia,另外还有一种砷抑制剂arsR基因。并且发现了多种插入序列（IS）,分别为IS6、IS10、IS30、ISApl1和ISApl4。质粒序列分析结果显示质粒pAIFJ1含有氟苯尼考耐药基因floR,且与副猪嗜血杆菌质粒pHPSGC具有很高的同源性。结果表明,该分离菌株AIFJ1607为吲哚放线杆菌,药敏试验结果与全基因组序列分析的耐药基因结果一致,分离质粒与副猪嗜血杆菌中的质粒高度同源预示着该质粒pAIFJ1可能在吲哚放线杆菌和副猪嗜血杆菌之间进行水平转移。
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鳗鲡疱疹病毒ORF8基因的克隆表达及转录时相分析
《大连海洋大学学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为研究鳗鲡疱疹病毒（Anguillid herpesvirus,AngHV）ORF8基因的特性,根据GenBank中AngHV参考株（NC013668）的ORF8序列设计引物,采取PCR方法从分离的AngHV福建病毒株（AngHV-FJ）基因组中扩增出特异性片段,克隆至pMD19-T载体,经酶切和测序验证,获得了ORF8的基因序列。结果表明:经生物信息学分析,ORF8编码的蛋白稳定性较好,存在跨膜结构且抗原表位多,符合病毒囊膜蛋白的特征;经转录时相分析,ORF8是病毒的早期基因（early gene, E）,可能在病毒感染的早期阶段就发挥作用;将ORF8克隆至表达载体pET-32a,转化入大肠杆菌E.coli BL21中,以IPTG诱导蛋白表达,通过SDS-PAGE及Western blot检验,实现了ORF8在大肠杆菌中的高效表达,进一步通过割胶的方法获得了相对分子质量约为44 000的高纯度融合表达蛋白。本研究为下一步评价该表达蛋白的免疫效果和制备抗体,以及开发免疫诊断试剂和疫苗提供了研究基础。
关键词： 鳗鲡疱疹病毒 ORF8基因 转录时相 克隆 原核表达
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金花茶组叶片生化成分评价及其最佳采收期研究
《热带作物学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：本研究以26份来源于6种金花茶组植物、不同表型防城金花茶和不同月份采收的防城金花茶的成熟叶片为材料,建立同时测定芦丁、槲皮素、木犀草素、山奈酚4种黄酮成分的HPLC法,以及优化了测定茶多酚、总黄酮、总多糖和总皂苷成分含量的紫外分光光度法,基于以上8种成分含量,结合主成分综合评分和聚类分析的化学计量学方法,对不同来源金花茶叶片生化成分进行综合评价。结果表明:8种成分含量在不同来源金花茶叶片中存在差异,其中无名金花茶8种成分含量均较高,四季金花茶、防城金花茶次之;8年生1—12月份采收的防城金花茶叶片中,总皂苷、总黄酮和总多糖含量均表现为升-降-升-降的变化规律,并在10月含量达到最高;5年生不同种（S1～S14）主成分综合评分顺序为:无名金花茶>四季金花茶>防城金花茶（花蕾大、花多、不抗寒、花黄且大、尖果）>显脉金花茶>凹脉金花茶>小果金花茶;8年生不同月份（S15～S26）主成分综合评分顺序为:10月采>2月采>3月采>4月采>5月采>7月采>6月采>1月采>8月采>12月采>11月采>9月采,其中无名金花茶、四季金花茶及防城金花茶中花蕾大、花多、花黄且大等表型的金花茶叶片与2—4月份和10月份采集的8年生金花茶叶片的多指标综合评分排序位列前10;聚类分析结果将供试26份样品分为5类。综上所述,金花茶叶片的生化成分与金花茶植物种类和采收期有关,无名金花茶、四季金花茶和防城金花茶中花蕾大、花多、不抗寒、花黄且大的表现型的综合生化成分较高,初步确定防城金花茶叶片的适宜采收期为2—4月份和10月份,所建立的多指标定量结合化学计量学分析方法为金花茶组植物叶片的生化成分评价提供依据。
关键词： 金花茶组 多成分测定 化学计量学 品质评价 采收期
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沙门氏菌LAMP检测方法的建立及其在蔬菜栽培土壤中的应用
《福建农业学报 》 2021 CSCD
摘要：【目的】建立沙门氏菌可视化环介导恒温扩增体系（loop-mediated isothermal amplification, LAMP）,并在快速检测蔬菜栽培土壤中应用,为蔬菜栽培土壤中沙门氏菌的防控提供技术支撑。【方法】根据沙门氏菌特有侵袭蛋白A （invA）基因序列设计可视化LAMP检测引物,并优化LAMP反应体系和反应条件,通过特异性试验、灵敏度试验和人工污染试验对LAMP检测方法进行验证,最后与国标检测方法对比检测蔬菜栽培土壤中沙门氏菌来验证该方法的准确性。【结果】优化后可视化LAMP检测方法,特异性试验结果显示除沙门氏菌的LAMP反应为阳性外,其余6个非沙门氏菌菌株的LAMP反应均为阴性,表明本LAMP检测方法具有良好的特异性;灵敏度试验结果显示本LAMP检测方法最低可以检测到7 CFU/25μL的沙门氏菌DNA;人工污染试验结果显示本LAMP检测方法灵敏度达4×102 CFU·g-1,与国标检测方法对比检测蔬菜栽培土壤中沙门氏菌具有相同的准确性,但检测时间从5～7 d缩短至8 h内。【结论】本研究建立了快速、准确、灵敏的可视化恒温扩增体系,可以应用于蔬菜栽培土壤中沙门氏菌的快速检测。
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一例鸡细小病毒、鸡传染性贫血病毒及鸡传染性支气管炎病毒共感染病例的检测
《福建农业学报 》 2021 CSCD
摘要：【目的】对福建省南平市某肉鸡场不明病因造成肉鸡死亡的病原进行确诊。【方法】通过对鸡传染性支气管炎病毒（Infectious bronchitis virus, IBV）、腺病毒（Fowl adenovirus, FadV）、鸡细小病毒（Chicken parvovirus,ChPV）、新城疫病毒（Newcastlediseasevirus, NDV）、鸡传染性贫血病毒（Chickeninfectiousanemiavirus,CIAV）、传染性法氏囊病毒（InfectiousbursalDiseasevirus, IBDV）、喉气管炎病毒（Laryngotracheitisvirus,LTV）、禽肾炎病毒（Avian nephritis virus,ANV）等病原进行PCR检测,并对扩增片段进行克隆测序,利用生物信息学软件对测序结果进行分析。【结果】PCR检测结果及测序结果显示:鸡细小病毒ChPV、鸡传染性支气管炎病毒IBV、鸡传染性贫血病病毒CIAV为阳性,其余病原检测结果均为阴性。同源性分析结果显示分离株与ChPV的同源性为92.17%～100%,与IBV的同源性为76.9%～84.3%,与CIAV的同源性为91.19%～92.14%;遗传进化树分析结果显示分离到的IBV毒株及CIAV毒株均独处于一个单独的分支,分离到的ChPV毒株与广西参考株亲缘关系较近。【结论】从南平市某鸡场检测到ChPV、IBV、CIAV等3种病原的共感染病例,分离到的IBV毒株的S1基因及CIAV毒株的VP1基因可能已经发生变异。
关键词： 鸡传染性贫血病毒 传染性支气管炎病毒 鸡细小病毒 共感染
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百香果低温胁迫转录组及茉莉酸代谢基因分析
《核农学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为研究百香果低温胁迫响应机制,以紫果百香果（Passiflora edulia Sims）为试验材料在0℃下低温胁迫处理,以常温处理为对照组（CK）,采用Illumina HiSeq测序平台进行转录组测序,并对茉莉酸代谢相关基因进行挖掘。结果显示,共获得百香果转录组数据45.30 Gb,组装得到39 521条Unigene和5 311个差异基因;GO分类显示注释的Unigene分为细胞组件、分子功能及生物过程三大类,其中差异基因数量最多为生物过程大类的代谢过程,包括甾醇生物合成、类黄酮糖脂化、酪氨酸代谢、L-苯丙氨酸生物合成、软木脂生物合成、芥子油苷代谢及长链脂肪-酰基辅酶A代谢等。KEGG途径富集分析结果显示,核糖体途径、淀粉与蔗糖代谢途径、植物激素信号转导途径及植物与病原体互作途径为百香果响应低温胁迫的重要代谢途径。实时定量PCR（qRT-PCR）分析表明,百香果低温胁迫后其茉莉酸代谢途径相关基因AOC、AOS、JAR1、MYC2、PYL和JAZ均上调表达,该结果与测序获得FPKM值变化趋势较为相似,说明测序结果较为准确。但低温胁迫后,COI1的表达水平呈下调趋势。研究发现,在百香果中茉莉酸对低温胁迫的响应机制大体上与模式植物一致,关于COI1和MYC2等基因的调控方式还有待进一步功能验证。本研究结果为进一步明确百香果抗寒机制提供了科学参考。
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