科研产出
紫芝栽培品种'武芝2号'('紫芝S2')全基因组测序及分析
《生物技术通报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：采用PacBio SMART技术并基于三代和二代数据(3+2策略)完成紫芝栽培品种'武芝2号'(原名:S2)(通称'紫芝S2')基因组De novo测序、组装,完整地获得紫芝栽培品种'武芝2号'(原名:S2)全基因组,序列总长度56.849 Mb,包括核基因组和线粒体基因组共72条Scaffolds.其中,核基因组16681个基因,完成其中13161个基因的注释,约占总数的78.89%;预测分析到4组串联重复的rRNA簇、405个非编码RNA和3305个启动子,并找到rpb2、beta-tubulin和18S,28S rRNA(SSU,LSU)等基因序列以及漆酶同工酶基因,鲨烯合酶、羊毛甾醇合酶基因与麦角甾醇合成代谢相关基因及其分布位置,为今后紫芝栽培品种(系)分子鉴定与菌株鉴别、功能基因的挖掘与利用提供可靠信息,同时也为其后续开展中国栽培灵芝种类的比较基因组学分析积累科学数据.
关键词： 紫芝;栽培品种;全基因组测序;基因组组分;基因功能注释
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长期施用不同有机肥对甘薯产量和土壤生物性状的影响
《水土保持学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以花生—甘薯轮作的长期定位试验为研究对象,研究不同（类）有机肥对甘薯产量、土壤微生物丰度和酶活性的影响,为选取合适的有机肥在提高作物产量和改善土壤生物性状方面提供依据。共选取5个施肥处理:（1）CK,空白对照;（2）NPK,单施化肥;（3）NPK+SR,化肥+稻草;（4）NPK+M,化肥+商品有机肥;（5）NPK+P,化肥+猪粪。结果表明:与CK相比,NPK、NPK+SR、NPK+M和NPK+P处理均显著增加鲜薯产量和地上部生物量（P<0.05）,其中NPK+P处理效果最好。与CK比较,NPK处理显著降低土壤细菌、真菌、固氮菌和活化有机磷微生物的丰度（P<0.05）,而NPK+SR、NPK+M和NPK+P处理在不同程度上缓解了NPK处理对土壤微生物丰度的抑制作用。土壤酶的加权平均值（GMea）在一定程度上可用来评价土壤酶的总体活性。与CK相比,NPK、NPK+SR和NPK+M处理的土壤酶活性显著降低（P<0.05）,而NPK+P处理的土壤酶活性有所提高;对于土壤单一酶活性,NPK+P处理与CK比较显著降低土壤脲酶活性（P<0.05）,但显著提高酸性磷酸酶、碱性磷酸酶和过氧化氢酶活性。此外,主成分和相关性分析表明,土壤养分和土壤有机碳与鲜薯产量和地上部生物量显著正相关,土壤pH是驱动土壤微生物丰度和土壤酶活性变化的主要因素。因此,长期有机无机肥配施通过提高土壤养分、有机碳含量以及调节土壤pH变化在提高甘薯产量和改善土壤生物性状方面取得良好效果。总体来说,化肥配施猪粪在培肥地力和增产增收方面效果最佳。
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番鸭细小病毒和鸭3型腺病毒的分离鉴定及其全基因组序列分析
《动物医学进展 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：广东省湛江市某鸭场饲养的15日龄番鸭发病,病鸭主要表现张口呼吸、腹泻等症状,病死率达40%左右。为明确其病原,采集病死鸭肝脏、脾脏等组织进行PCR检测,病原分离鉴定,全基因组序列测定与分析,动物回归试验。结果显示,从该群病死鸭中同时分离到1株番鸭细小病毒（MDPV）与1株鸭3型腺病毒（DAdV-3）,分别命名为MDPV GDZJ1901株和DAdV-3 GDZJ201901株。全基因组序列分析显示,MDPV GDZJ1901株基因组全长为5 067 bp, G+C含量为45.69%,与MDPV分离株的同源性介于98.1%～99.51%,其中与MDPV分离株M8株的核苷酸同源性最高,为99.51%;对其进行遗传重组分析发现,GDZJ1901以经典MDPV YY株为骨架,在P9启动子和VP3区域经历重组。DAdV-3 GDZJ201901株基因组全长为43 860 bp,含27个开放阅读框（ORF）。全基因组序列比对分析显示,GDZJ201901株与已报道的DAdV-3同源性最高,为99.89%～99.91%,且含有2个fiber基因,符合DAdV-3基因组特征。动物回归试验结果显示,新分离的MDPV和DAdV-3毒株对3日龄雏番鸭的致死率分别为28.6%和21.4%。结果表明,从同一群发病雏鸭中同时分离到MDPV和DAdV-3野毒株。
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山羊伪结核棒状杆菌LY20株分离鉴定及病理组织学观察
《中国兽医学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：旨在明确福建某羊场引起山羊皮肤脓肿的病原,无菌采集脓液,进行细菌分离培养、培养特性观察、形态学镜检、生化试验及16S rRNA进化树分析,结果分离到1株细菌,经鉴定确定为伪结核棒状杆菌,命名LY20株。毒力因子检测显示,分离菌携带PLD、NanH、FagA、FagB、FagC、FagD、OppA、OppB、OppC、OppD、OppF共11个毒力因子。PLD全基因进化树分析,结果伪结核棒状杆菌分成羊型和马型2个独立分支,分离菌与羊型聚在同一分支,亲缘性最近,与另一个分支马型亲缘性较远。核苷酸和氨基酸同源性比较显示,分离菌与羊型伪结核棒状杆菌同源性分别为99.9%和99.7%,与马型伪结核棒状杆菌的同源性分别为98.1%～98.2%和97.4%。用4.4×108 CFU/mL菌液,0.2 mL/只,腹腔接种小鼠,48 h内死亡率达100.0%,表现出较强的致病性;皮下接种小鼠,接种部位出现脓肿、破溃后流出淡黄色脓液。病理切片观察,可见肝脏淤血,脾淋巴细胞坏死,肺脏出血及中性粒细胞浸润,肾小管上皮细胞坏死,十二指肠和直肠上皮细胞脱落、间质出血、淋巴细胞浸润;皮肤化脓坏死性肌炎,肉芽组织增生。药敏结果显示,分离菌对环丙沙星、恩诺沙星等28种药物敏感,对阿米卡星、卡那霉素等7种药物耐药。研究结果表明,本次山羊皮肤脓肿为伪结核棒状杆菌感染所致,且小鼠病理组织学变化主要表现为出血、坏死及化脓性炎症。
关键词： 山羊 伪结核棒状杆菌 分离鉴定 药敏特性 毒力因子 病理学观察
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不同钙肥及其施用方式对巨峰葡萄果实品质的影响
《福建农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究不同钙肥及其施用方式对巨峰葡萄果实品质的影响,为生产栽培提供理论参考。【方法】以4年生避雨设施栽培巨峰葡萄为试材,以叶面、果穗喷施及叶面、果穗喷施结合根际灌施2种方式,分别施用1 500倍糖醇钙和800倍硝酸钙2种不同的钙肥,测定巨峰葡萄成熟过程中的果皮着色、不同部位钙含量、可溶性固形物质、总糖、总酸含量及果粒硬度等指标。【结果】钙肥施用对提升巨峰葡萄外观着色、内在品质及不同部位钙含量等均起到一定作用。不同处理间以叶面、果穗喷施结合根际灌施糖醇钙肥处理果皮着色较深;糖酸比值44.63;总酚、花色苷、共价结合型果胶及离子结合型果胶含量显著高于对照;果皮与果肉钙含量分别为对照的1.36倍和1.73倍;果肉硬度比对照高出19.28%;可溶性固形物较对照提升5.71%。【结论】钙处理对提升巨峰葡萄内外在果实品质具有一定作用,以叶面、果穗喷施结合根际灌施1 500倍糖醇钙肥处理对巨峰葡萄鲜果品质提升效果最佳,可在生产中推广应用。
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DEC205单链抗体增强巨型艾美耳球虫核酸疫苗免疫原性的评价
《中国兽医科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为了探究scFvDEC205（DEC205单链抗体）能否增强巨型艾美耳球虫优势抗原片段EmIMP1C的免疫原性,构建重组质粒pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C,转染HEK-293T细胞检验其体外表达情况,于试验鸡大腿肌肉处定期3次注射该重组质粒。结果显示:成功构建重组质粒pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C,并能在HEK-293T细胞中表达。pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C组的IgG抗体效价最高,达3 200。第3次免疫后,pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C组血清中IFN-γ质量浓度显著高于其他组（P<0.05）;用流式细胞仪检测试验鸡产生的CD4+和CD8+T细胞比例,用CCK8法刺激鸡脾淋巴细胞增殖,结果均显示pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C组显著高于其他实验组（P<0.05）。病理切片结果提示pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C组的病变程度最轻。结论:重组质粒pVAX1-scFvDEC205-EmIMP1C能有效诱导鸡产生免疫效应,scFvDEC205具有增强EmIMP1C抗原免疫原性的效果,为今后开发靶向鸡球虫疫苗给予了有力的支持。
关键词： 巨型艾美耳球虫 EmIMP1C抗原 DEC205 单链抗体 DNA疫苗
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满江红内生细菌的培养及其抗生素抗性基因的检测
《福建农业学报 》 2021 CSCD
摘要：【目的】水产养殖中广泛使用抗生素会导致抗生素抗性基因在水环境中的传播。水生植物满江红含有丰富的内生菌,建立满江红内生细菌群落及所含有的抗生素抗性基因的检测方法,可以为水环境中抗性基因的监测提供参考。【方法】用3种不同的培养基对小叶满江红的内生细菌进行培养并对培养物进行宏基因组测序及生物信息学分析。【结果】共得到高质量的序列数据量48.66 G,预测出54 180个基因（ORFs）。通过分类学信息数据库NR共注释出1 712种微生物物种,在总门水平上属38个门,其中3种培养物中变形菌门（Proteobacteria）的物种丰度均占全部门类的99.14%以上。在总属水平,草螺菌属（Herbaspirillum）的丰度为91%左右,伯克霍尔德菌属（Burkholderia）可达1.2%左右。比对抗生素抗性基因数据库ARDB,3个样品共注释到10个与抗生素有关基因ARG,主要针对杆菌肽（bacitracin）和氯霉素（chloramphenicol）产生抗性。与综合抗生素抗性基因数据库CARD进行比对,获得212抗生素相关基因ARO。按照抗性机制分类,其中对抗生素起直接作用的抗性类基因AR的丰度占88%以上;对抗生素有敏感作用的抗性基因AS的丰度均在7%左右;抗生素靶标类抗性基因AT占4%～6%。【结论】通过3种不同的培养基获得的满江红内生细菌的群落结构,抗生素抗性基因类型基本一致。
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2株拮抗放线菌复合防治番茄青枯病的研究
《中国生物防治学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：为克服单一拮抗菌抑菌活性不够稳定、防治效果差等不足,本文研究了2株优良放线菌菌株之间亲和性及其复合对番茄青枯病的防治效果表明,2株菌之间无明显拮抗作用,将亲和性菌株FX81和FX28等比例同时复合发酵,复合发酵液对番茄青枯病菌的抑菌圈直径达36.0 mm,抑菌效果明显高于单一菌株FX81（27.0 mm）和FX28（28.8 mm）。将2株拮抗菌制成复合菌剂BOF8128对番茄青枯病的盆栽防效为82.03%,比单一菌剂分别提高了8.13%（BOF81）和18.63%（BOF28）,同时复合菌剂显著促进了番茄地上部分的生长,干重增加76.58%。由此表明,2株放线菌在防治番茄青枯病方面具有协同增效的作用,有望用于进一步菌肥的开发和应用。
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25 g·L-1五氟磺草胺可分散油悬浮剂对水生无脊椎动物的毒性效应及生态风险评估
《生态毒理学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：五氟磺草胺是当前我国稻田用量较大的一种除草剂。为明确其施用后对水生生物的毒性和环境风险，寻找较适合南方稻区农药生态毒理学检测的指示生物，为稻田环境风险评价提供更可靠的科学依据，本研究选取了25 g·L-1五氟磺草胺可分散油悬浮剂为受试农药，比较其对模式生物大型溞和南方常见物种发头裸腹溞的急性活动抑制试验和繁殖试验结果。急性活动抑制试验结果表明，25 g·L-1五氟磺草胺可分散油悬浮剂对大型溞、发头裸腹溞的48 h-EC50（95%置信限）分别为0.81 mg a.i.·L-1(0.54～1.18 mg a.i.·L-1)、0.52 mg a.i.·L-1(0.33～0.85 mg a.i.·L-1),其毒性均为高毒；繁殖试验结果表明，25 g·L-1五氟磺草胺可分散油悬浮剂对大型溞的21 d无可观察效应浓度（NOEC）为1.22×10-3 mg a.i.·L-1;对发头裸腹溞的14 d无可观察效应浓度（NOEC）为7.66×10-4 mg a.i.·L-1;采用TOP-RICE暴露模型进行初级评估发现，25 g·L-1五氟磺草胺可分散油悬浮剂对大型溞的急性风险可接受，但对发头裸腹溞的急性、无脊椎动物（慢性）风险不可接受；进一步采用物种敏感性分布（SSD）法进行高级评估，发现五氟磺草胺对无脊椎动物的急性风险可接受，但对无脊椎动物的慢性风险不可接受。本研究结果表明，五氟磺草胺对南方溞种发头裸腹溞有潜在生态风险，建议该除草剂在稻田使用中，应重视其对水生无脊椎动物的风险，不可盲目加大用量；同时基于物种分布和风险考虑，建议采用更敏感的发头裸腹溞作为南方稻田农药生态毒理学检测的指示生物。
关键词： 五氟磺草胺 大型溞 发头裸腹溞 急性毒性 慢性毒性 繁殖 风险评估
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山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的建立与应用
《福建农业学报 》 2021 CSCD
摘要：【目的】建立一种快速、敏感的ENTV-2检测方法,用于ENT的早期诊断与流行病学调查。【方法】通过生物信息学的方法将ENTV-2与ENTV-1、ERVs、JSRV进行比对,寻找ENTV-2的保守序列并设计1对特异性引物,建立SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法,对所建立的PCR反应条件进行优化,将PCR扩增产物连接T载体构建的阳性质粒作为标准品,对SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR检测方法的特异性、敏感性和重复性进行验证。【结果】建立的检测ENTV-2 qPCR方法标准曲线呈现良好的线性关系（R2=0.992）;该方法的特异性良好,对ENTV-2可以产生特异性扩增曲线,与ENTV-2高度同源的ERVs没有交叉反应,也无法扩增羊口疮病毒（ORFV）、绵羊肺炎支原体（Mo）、丝状支原体山羊亚种（Mmc）等常见病原;敏感性良好,最低检测限度为7.5×102 copies·μL-1,敏感性可达常规PCR检测方法的100倍;批内、批间的变异系数CV<1%,重复性良好;对81份临床样品的阳性检出率为17.3%。【结论】建立的SYBR-GreenⅠ实时荧光定量PCR方法特异性良好,敏感性较高,重复性良好,为山羊地方性鼻内肿瘤的早期、快速检测提供了技术支持。
关键词： 山羊地方性鼻内肿瘤病毒 SYBR-GreenⅠ 荧光定量PCR
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