山羊内源性鼻内肿瘤病毒enENTV-FJ1株全基因组测序及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 江锦秀

作者： 江锦秀;张靖鹏;林裕胜;毛坤明;游伟;黄丽丽;胡奇林

作者机构：

关键词： 山羊;内源性山羊鼻内肿瘤病毒;全基因组测序;生物信息学分析

期刊名称： 中国预防兽医学报

ISSN： 1008-0589

年卷期： 2020 年 42 卷 010 期

页码： 1062-1067

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了丰富山羊内源性鼻内肿瘤病毒(enENTV)全基因组序列资源,本研究从1份患羊地方性鼻内肿瘤(ENT)病羊的肾脏中经PCR扩增了1株enENTV全基因组序列,命名为enENTV-FJ1,分别对其全基因组、5'端长末端重复序列(5'LTR)基因、gag基因、env基因及其编码的氨基酸序列进行同源性分析并构建系统进化树,对enENTV的5'LTR进行酶切位点分析,并分析该株病毒的gag、 env序列与enENTV、山羊地方性鼻内肿瘤病毒(ENTV-2)、绵羊鼻内肿瘤病毒1型(ENTV-1)等相关病毒参考株相应序列的差异性.结果 显示,enENTV-FJ1基因组结构为LTR-gag-pro-pol-env-LTR,长度为7 923 bp;全基因组同源性分析结果显示,enENTV-FJ1株与enENTV-CHN 1~enENTV-CHN6 6个参考株的同源性为95.7% ~97.3%,同源性最近;与ENTV-2参考株的同源性为87.0% ~93.2%;enENTV-FJ1的5'LTR基因序列、gag基因及其编码的氨基酸序列与enENTV参考株相应序列的同源性分别为92.8%~99.1%、92.6%~97.5%、92.2%~97.7%;enENTV-FJ1 env基因及其编码的氨基酸序列与内源性绵羊肺腺瘤病毒(enJSRV)参考株相应序列的同源性分别为93.3%~93.8%、94.3%~94.8%.全基因组进化树结果显示,enENTV-FJ1与enENTV-CHN 1~enENTV-CHN6处于同一个进化分支;5'LTR进化树结果显示,enENTV-FJ1株与enENTV-CHN2处于同一进化分支;gag基因进化树结果显示enENTV-FJ1与ENTV-CHN9处于一个小的进化分支,与enENTV-CHN6同处于一个较大的进化分支;env基因进化树结果显示,enENTV-FJ1株与ENTV-2/Spain株处于同一进化分支;所有enENTV的5'LTR区均无ENTV-2参考株所含有的Hpy188 Ⅰ、NlaIV、MowⅠ这3个酶切位点.gag基因序列分析结果显示,与enJSRV、外源ENTV-2、ENTV-1及绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的gag基因相比,enENTV-FJ1株在697 bp~705 bp有9个核苷酸的插入,该基因编码的氨基酸在aa229~aa232处插入3个脯氨酸.env基因编码的氨基酸结果显示,enENTV-FJ1株与ENTV-2株在aa1~aa7处插入了7个氨基酸(MFVFFRR).与外源性病毒相比,enENTV-FJ1株在跨膜蛋白(TM)胞质尾区无YXXM基序.上述结果表明,enENTV-FJ1与enENTV属于同种病毒,其5'LTR、gag基因、env基因与来自山羊的ENTV-2病毒株亲缘关系更近;其全基因组序列与外源性ENTV和JSRV的差别主要在5'LTR区、gag基因和env基因.本研究明确了enENTV-FJ1株全基因组序列,为鉴定内外源鼻内肿瘤病毒(ENTV)以及研究ENTV-2的致瘤机制奠定了基础.

分类号： S855.3

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