牛miR-320a的靶基因预测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 郭云涛

作者： 郭云涛;张秀秀;苗向阳

作者机构：

关键词： 牛;bta-miR-320a;靶基因;生物信息学

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2015 年 46 卷 11 期

页码： 1952-1960

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在对bta-miR-320a的靶基因进行生物信息学预测和分析,探索其影响牛脂肪沉积的作用机制。本试验利用Promoter Scan、TargetScan、DAVID、Cytoscape等生物信息学软件和miRBase、Ensembl、NCBI、miRWalk等数据库对bta-miR-320a进行转录因子结合位点预测、保守性分析、靶基因预测、基因本体论富集分析和信号通路富集分析。结果表明,miR-320(a)在各物种间非常保守,bta-miR-320a启动子区域有SP1等多个转录因子结合位点,获得的84个靶基因主要参与负调控细胞分化、细胞周期、负调控生长等多个生物学过程,涉及p53、细胞周期和MAPK等信号转导通路。由此推测,bta-miR-320a受到SP1等多种转录因子调控,它可能通过对MAPK、细胞周期和p53信号通路中靶基因TP53、MAPK1等的抑制作用调控牛脂肪细胞分化,进而影响了牛的脂肪沉积。

分类号： S823

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