基于基因组和转录组数据的胡椒内参基因鉴定

文献类型： 中文期刊

第一作者： 胡丽松

作者： 胡丽松;吴思婷;段兴帅;岑怡;苏岳峰;范睿;伍宝朵;郝朝运

作者机构：

关键词： 胡椒;内参基因;表达稳定性

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2020 年 41 卷 010 期

页码： 2120-2129

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为系统筛选适合胡椒基因表达模式分析的内参基因,本研究基于胡椒全基因组和转录组数据,初步筛选出62个候选基因.以胡椒主根、芽尖、叶片、花穗、不同发育时期果实以及接种辣椒疫霉菌的主蔓为材料,利用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件系统分析候选基因在不同组织中的表达稳定性,结合目标基因的表达模式验证,鉴定稳定表达最优的内参基因为Myeloid leukemia factor 1 (Pn 17.1212).结果 表明:该基因是分析胡椒果实发育、辣椒疫霉菌响应相关基因表达模式的理想内参.内参基因的选择不应仅限于持家基因,全基因组和转录组信息可提供更加全面的参考基因数据,内参基因的准确鉴定需综合转录组信息、基因表达稳定性、标记基因的表达模式验证等数据分析的结果,获得的理想内参基因可满足不同研究对表达稳定性的要求.

分类号： S813.3

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