甘薯近缘种Ipomoea cordatotriloba基因组大小测定及高通量调查测序

文献类型： 中文期刊

第一作者： 王珧

作者： 王珧;邓逸桐;戴习彬;张安;曹清河;陈艳丽

作者机构：

关键词： 甘薯;Ipomoea cordatotriloba;基因组大小;流式细胞法;K-mer计算

期刊名称： 热带作物学报

ISSN： 1000-2561

年卷期： 2020 年 41 卷 006 期

页码： 1154-1159

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用流式细胞术,以大豆Williams 82为内参,对甘薯近缘野生种Ipomoea cordatotriloba进行基因组大小测定,结合染色体压片技术进行倍性鉴定,并利用二代高通量测序技术对测定结果进行验证.结果表明:利用流式细胞术测得I.cordatotriloba基因组大小为(539.69±13.76)Mb;染色体压片结果显示其染色体数目为30条,由于其基数x=15,从而获知I.cordatotriloba为二倍体;经K-mer计算并修正后得出的C值为560.70 Mb,与流式细胞分析结果相近;同时,测序结果显示其基因组杂合率为0.40%;重复序列比率为57.93%;GC含量为38.10%.以上结果为此物种全基因组精细图谱绘制打下基础,同时为甘薯近缘野生种的利用提供参考.

分类号： S531%Q75

  • 相关文献

[1]25份甘薯登记品种基因组大小测定. 苏一钧,王珧,戴习彬,赵路宽,张安,曹清河. 2019

[2]T细胞IFN-γ表达水平检测方法的建立及其在马传染性贫血疫苗免疫机理研究中的应用. 林跃智,邓喜林,沈楠,赵立平,孟庆来,马建,王君伟,邵一鸣,周建华. 2008

[3]6种野生草莓基因组大小估算. 陈丙义,李金凤,霍恒志,万春雁,章镇. 2015

[4]基于流式细胞术的旱柳染色体倍性与基因组大小测定. 张健,王莹,马祥建,谈峰,李敏,李玉娟. 2018

[5]兰州百合同源四倍体诱导及其基因组大小估算. 李淑洁,张金文,裴怀弟,王红梅,罗俊杰,林玉红. 2020

[6]基于流式细胞术和K-mer分析的银缕梅属(Parrotia C.A.Mey.)植物基因组大小测定. 张云燕,安宇,林峰,马秋月,周翔宇,金亮,李朋富,王中生. 2021

[7]甘薯近缘种人工合成四倍体的倍性鉴定和减数分裂行为观察. 邓逸桐,王珧,张安,孙建英,戴习彬,孙健,唐君,曹清河. 2020

[8]3种瓣型茉莉基因组大小测定与比较. 齐香玉,陈双双,冯景,王华娣,邓衍明. 2020

[9]花生属野生资源基因组大小及遗传多样性分析. 付春,张鲲,李膨呈,张伟男,夏晗,李长生,仇静静,王兴军,赵传志,李爱芹. 2022

[10]基于流式细胞术和K-mer方法测定6种槭属植物基因组大小. 马秋月,王玉虓,李倩中,李淑顺,闻婧,朱璐,颜坤元,杜一鸣,解志军,李淑娴,欧阳芳群,鲁成代. 2023

[11]裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析. 于福来,黄梅,张影波,陈振夏,庞玉新,谷陟欣,李伟,吴友根. 2019

[12]木本高山花卉马缨杜鹃的全基因组扫描分析. 张露,李世峰,宋杰,解玮佳,彭绿春,李树发,王继华. 2018

[13]流式细胞术测定5种苔藓植物的基因组大小. 李青,普晓俊,马文章,李萍,王继华,王跃华,刘莉. 2021

[14]昆虫基因组组装大小偏差的原因解析. 丛宇阳,贺康,舒润国,程梓淇,陈昊,王亚琴,李飞. 2021

[15]五种养殖鲟、鳇鱼DNA含量的比较. 尹洪滨,孙中武,孙大江. 2004

[16]耐辐射戈壁异常球菌基因组和转录组分析. 袁梦龙,赵鹏,张维,林敏,陈明. 2013

[17]流式细胞术估测胡椒属植物基因组大小方法的建立及应用. 伍宝朵,胡丽松,冯楗雄,范睿,郭芬,吉训志,郝朝运,闫林. 2023

[18]基于流式细胞术和基因组Survey的绣球基因组大小及特征分析. 陈双双,齐香玉,冯景,王华娣,邓衍明. 2021

[19]黄地老虎颗粒体病毒的研究——Ⅵ.均一完整的AsGV DNA的制备和鉴定. 曹旭,裴美云,王小凤,艾秀莲,刘延娜. 1986

[20]基于流式细胞术和K-mer分析的荆芥基因组大小评估. 姜涛,刘灵娣,田伟,刘铭,温春秀. 2023

作者其他论文 更多>>

微信小程序