裸花紫珠基因组调研及SSR特征分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 于福来

作者： 于福来;黄梅;张影波;陈振夏;庞玉新;谷陟欣;李伟;吴友根

作者机构：

关键词： 裸花紫珠;基因组大小;杂合率;简单重复序列SSR

期刊名称： 中国中药杂志

ISSN： 1001-5302

年卷期： 2019 年 18 期

页码： 3974-3978

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 裸花紫珠是海南省特色黎族药大品种,具有止血散瘀、消炎抗菌之功效。目前,裸花紫珠参考基因组信息缺乏。通过研究裸花紫珠的基因组大小、杂合率及SSR特征,可为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建和SSR分子标记的开发提供依据。为此,该研究采用二代测序方法,基于K-mer分析手段来研究裸花紫珠基因组的大小及杂合率,在此基础上采用MISA工具分析其SSR特征。结果表明,裸花紫珠基因组大小约为822. 43 Mb,重复序列比例约71. 67%,杂合率约0. 85%,基因组的GC量约49. 20%。提示裸花紫珠为高杂合、高重复的复杂基因组。通过对基因组序列进行SSR特征分析,共鉴定了206 049个SSR,其中,单、双、三核苷酸重复基序占比较高,共198 993个,占96. 57%。在2～6核苷酸重复基序类型中分别是AT/AT,AAT/ATT,AGCC/CTGG,AAAAT/ATTTT,AGATAT/ATATCT的数量最多。该研究为裸花紫珠基因组精细测序的文库构建提供了参考,同时为其SSR分子标记开发和基因资源的保护和利用提供了分子依据。

分类号： S567.19

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