6种君子兰叶绿体基因组比较分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 赵兴华

作者： 赵兴华;岳玲;吴海红;李丹;冯秀丽;任溪

作者机构：

关键词： 君子兰属;叶绿体;基因组;序列分析;分子标记

期刊名称： 西南林业大学学报(自然科学)

ISSN： 2095-1914

年卷期： 2025 年 45 卷 005 期

页码： 63-69

摘要： 为理解君子兰叶绿体全基因组的基本特征，开发种质资源利用分析的分子标记，选取了6种君子兰属植物为研究对象，进行了叶绿体基因组的精细拼接和高效组装及全面的基因注释。结果表明：花园、黄花、彩叶、沼泽、有茎和大花君子兰的叶绿体基因组长度分别为158 156、158 112、157 689、157 130、157 130、158 149 bp和158 114 bp，分别注释了130、130、133、128、128、133个基因。在花园、黄花、彩叶、沼泽、有茎和大花君子兰的叶绿体基因组中分别鉴定出54、60、61、63、71个和61个简单重复序列（SSRs）。在编码区中，ycf4-cemA基因的核苷酸多样性值最高（Pi=0.015 2），以及rrn23基因的核苷酸多样性值大于0.010 0，可视为多样性较高的基因。Rpl22基因在LSC（大单拷贝区）与IRb（反向重复区b）的交界处，6个种间仅存在1 bp的差异。ndhF基因跨越了IRb与SSC的边界区域，它们的序列差异仅有6 bp。其中花园君子兰、沼泽君子兰和有茎君子兰相同，而另外3种大花君子兰、黄花君子兰和彩叶君子兰相同，观察到2个差异性较大的基因（rpoC2和ycf2）和8个高变区（rps19-psbA、 rps16-trnS-GCU、 atpF-atpH、trnT-UGU-trnF-GAA、rps2-rpoC2、petA-psbL、trnI-CAU-ycf2、rps12-rrn16）。通过君子兰叶绿体基因组比较，可以利用差异性较大的基因和高变区域，以开发出具有高度特异性的分子标记。

分类号： S682.13

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