基于草莓全基因组SSR标记的开发和应用

文献类型： 中文期刊

第一作者： 苗立祥

作者： 苗立祥;杨肖芳;张豫超;沈颖越;李小白;蒋桂华

作者机构：

关键词： 森林草莓;栽培草莓;基因组;SSR

期刊名称： 分子植物育种

ISSN：

年卷期： 2021 年 004 期

页码： 1210-1222

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 基于基因组序列信息,研究了二倍体森林草莓和八倍体栽培草莓染色体上SSR位点的分布特点。利用AutoSSR软件在森林草莓和栽培草莓中分别发掘到153 826个和329 801个SSR位点,发生频率分别为1.43 kb/SSR和2.44 kb/SSR。SSR重复基序为单核苷酸的数量最多,分别占总数的40.92%和38.94%,其次为二核苷酸类型,分别占22.79%和20.04%。在二倍体草莓和八倍体草莓中分别鉴定到454和479种SSR重复类型,其中A/T重复类型的SSR出现的频率最高,分别占总SSR位点的39.45%和37.08%。二核苷酸重复类型中,二倍体草莓的AT/AT占比最高,为11.61%,其次为AG/CT （8.74%）;八倍体草莓中AG/CT重复类型占比最高（9.94%）,其次为AT/AT （7.35%）。用Beacon Designer软件设计SSR引物,随机挑选了59对SSR引物在77份草莓材料中进行验证分析。研究结果显示,59对SSR引物共扩增出254个多态性位点,平均扩增4.31个位点,位点的平均多态信息量（PIC）为0.26,介于0.07～0.97之间,其中35个SSR位点PIC≥0.50,为高多态性位点,聚类分析显示品种间的相似系数范围为0.47～0.99。该研究为草莓种质资源的遗传多样性评价、变异分析、分子标记辅助育种等工作提供了技术支持。

分类号： S668.4

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