竹黄菌veA基因全长克隆与序列分析

文献类型： 中文期刊

第一作者： 任锡毅

作者： 任锡毅;魏洪美;谭玉梅;黄青青;刘永翔

作者机构：

关键词： 竹黄菌;veA基因;RACE;染色体步移

期刊名称： 基因组学与应用生物学

ISSN： 1674-568X

年卷期： 2017 年 36 卷 09 期

页码： 3760-3766

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了研究ve A基因在竹黄菌中的调节机制,利用RT-PCR(reverse transcriptase-PCR)、RACE(rapid amplification of c DNA ends)及染色体步移技术克隆获得了ve A基因的全长序列。序列分析显示:该基因序列全长为1 780 bp,其开放阅读框长度为1 104 bp,编码367个氨基酸;其编码的蛋白质分子量为40.887 5 k D,理论等电点p I为8.95,含42个负电荷氨基酸和46个正电荷氨基酸,是一种弱酸性蛋白;序列同源性分析结果显示:该基因编码的蛋白序列与偃麦草核腔菌(Pyrenophora tritici-repentis)的ve A蛋白序列(XM_001933944.1)及异旋孢腔菌(Cochliobolus heterostrophus)的velvet-like protein(JF826791.1)的同源性最高,其identity分别为78%和79%;对该基因编码的蛋白质进行二级结构预测,结果显示:该蛋白α-螺旋(alpha helix)占11.72%,延伸链(extended strand)占24.52%,β-转角(beta turn)占9.54%,无规卷曲(random coil)占54.22%;对其保守结构域分析显示,该蛋白含有一个Velvet superfamily结构域;利用同源模建方法预测其三级结构,结果显示该蛋白的三级结构模型与隔孢腔菌目中其他物种的ve A异源二聚体的相似性为46%。

分类号： Q78`S567.39

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