文献类型： 中文期刊
作者： 付小哲 1 ; 方翔 1 ; 李宁求 1 ; 林强 1 ; 潘厚军 1 ; 石存斌 1 ; 黄志斌 1 ; 吴淑勤 1 ;
作者机构： 1.中国水产科学研究院珠江水产研究所农业部渔用药物创制重点实验室广东省水产动物免疫技术重点实验室
关键词： 嗜水气单胞菌;外膜蛋白A;基因克隆;生物信息学
期刊名称： 中国生物制品学杂志
ISSN： 1004-5503
年卷期： 2013 年 v.26 卷 09 期
页码： 1222-1227
收录情况： CSCD
摘要： 目的克隆鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株外膜蛋白A(outer membrane protein A,OmpA)基因,并进行生物信息学分析。方法根据已发表的细菌ompA序列,通过比对保守区域(88~107 bp,988~1 007 bp)设计简并引物,通过PCR技术从鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株扩增ompA基因核心序列,采用热不对称交错PCR(thermal asymmetric interlaced PCR,TAIL-PCR)法扩增ompA基因全长及其上下游序列;应用Vector NTI 9.0对ompA序列进行拼接,应用Vector NTI 9.0、SignalP 3.0对OmpA蛋白的基本参数、信号肽等进行预测分析;通过Blastn分析嗜水气单胞菌GYK1株ompA基因序列与其他菌种ompA序列的同源性,并构建系统进化树及对其蛋白的三维结构进行分析。结果ompA基因全长为2 004 bp,其中包括ORF 1 059 bp,编码352个氨基酸,5′端侧翼序列271 bp,3′端侧翼序列574 bp;OmpA蛋白相对分子质量约37 900,等电点为4.94,OmpA蛋白序列N-末端的前20个氨基酸残基为信号肽序列;根据22种细菌的OmpA蛋白序列构建的系统进化树显示,嗜水气单胞菌GYK1株与嗜水气单胞菌SSU株的亲源关系最近,相似性达95.5%;三维结构分析表明,OmpA蛋白N-末端功能区是由8个反向平行的β-折叠片构成的β-折叠桶;OmpA蛋白Asn25~Ala205片段4个环区的平均柔性显著高于其余部位的柔性。结论成功克隆了鳜鱼嗜水气单胞菌GYK1株ompA基因,并对OmpA蛋白的相关生物信息学进行了分析,为嗜水气单胞菌呈递外源蛋白基因工程疫苗的研究奠定了基础。
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