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基于宏基因组方法分析养猪发酵床微生物组季节性变化

文献类型： 中文期刊

作者： 陈倩倩 1 ; 刘波 2 ; 王阶平 2 ; 朱育菁 2 ; 张海峰 3 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院农业生物资源研究所

2.;福建省农业科学院农业生物资源研究所

3.;福建省农业科学院农业生物资源研究所;

关键词： 微生物发酵床;细菌多样性;高通量测序;功能预测

期刊名称： 农业环境科学学报

ISSN： 1672-2043

年卷期： 2018 年 06 期

页码： 1240-1247

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为揭示夏季和冬季微生物发酵床的细菌群落结构,明确季节性温度下发酵床垫料细菌群落的变化,探究发酵床有机物降解菌的多样性,基于宏基因组方法分析发酵床微生物组季节性变化。提取垫料宏基因组DNA,扩增原核生物16S r DNA基因V3-V4区,采用Illumina进行高通量测序;构建热图,分析两个季节微生物的演替;RDA(冗余分析)法研究垫料菌群与季节性温度之间关系;通过PICRUSt比较了两个季节细菌的代谢水平。测序共获得762 923条序列,包括34门、70纲、260科、1843类OTUs。夏季和冬季的细菌群落结构不同,前者有更为丰富的细菌类群。两个季节的微生物发酵床优势菌为拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和放线菌门。在门水平,夏季样本中的放线菌门和异常球菌-栖热菌门的含量高于冬季样本;后者的拟杆菌门和变形菌门含量高于前者。夏季有机物降解菌主要为特吕珀菌属和漠河菌属,冬季主要为假单胞菌属和硫假单胞菌,分别适应高温和低温环境。PICRUSt分析显示夏季发酵床中细菌代谢碳水化合物、脂类和氨基酸代谢基因数目高于冬季。研究表明,温度是影响微生物发酵床细菌群落的重要因素,夏季微生物发酵床细菌群落具有更高的丰富度和多样性,代谢水平也高于冬季垫料。

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