文献类型： 中文期刊

作者： 张静 ¹ ; 张涛 ² ; 卢昱希 ² ; 任荣清 ² ; 黄波 ¹ ; 周思旋 ² ; 王婧 ¹ ; 赵春萍 ¹ ; 史开志 ¹ ; 张雄 ¹ ;

作者机构： 1.贵州省农业科学院畜牧兽医研究所/畜禽重大疫病监测防治重点实验室

2.贵州省农业科学院畜牧兽医研究所/兽用中草药研究室

关键词： 牛呼吸系统疾病;高通量测序;16S rRNA;鼻咽部微生物;微生物多样性;功能预测

期刊名称： 畜牧与兽医

ISSN：

年卷期： 2021 年 009 期

页码： 109-118

收录情况： 北大核心

摘要： 为研究患呼吸系统疾病（BRD）的牛鼻咽部微生物的多样性及其基因功能,搜集贵州省不同地区3个牛场的患病牛鼻拭子（分别为R1、R2和R3组）,利用Illumina高通量测序技术鉴定牛鼻咽部微生物多样性。平均得到细菌类有效序列64 128条,聚类为3 675个操作分类单元（OTUs）;真菌类有效序列65 472条,聚类为2 646个OTUs。经分类学鉴定,细菌类属32个门、52个纲、124个目、233个科和582个属;真菌类属14个门、32个纲、97个目、223个科和407个属。细菌中的优势菌群为拟杆菌门（19.19%～47.15%）和变形杆菌门（16.04%～48.53%）;属水平下,致病性细菌有支原体（0.68%～7.82%）、曼氏杆菌（0.19%～3.06%）、不动杆菌（0.74%～10.92%）、巴氏杆菌（0.44%～3.97%）和金黄杆菌（0.25%～2.75%）等。真菌中的优势菌群为子囊菌门（40.73%～61.4%）和担子菌门（6.88%～24.3%）;属水平下,致病性真菌有曲霉菌属（1.19%～16.26%）、假丝酵母属（0.19%～7.6%）和克柔氏菌属（2.28%～45.1%）等。细菌类KEGG功能分类注释显示,R1组和R2组代谢类的相关通路丰度增加,R3组疾病感染、信号转导等相关通路丰度增加。真菌功能注释显示3组样品中均存在动物病原菌丰度增加。结果表明,患BRD牛鼻咽部微生物组成相似,但相对丰度存在差异;除常见的菌群外,还存在致病性细菌和真菌。