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橄榄叶绿体基因组密码子偏好性特征

文献类型： 中文期刊

作者： 赖瑞联 1 ; 陈瑾 1 ; 冯新 1 ; 覃振师 2 ; 陈义挺 1 ; 沈朝贵 1 ; 田奇琳 3 ; 吴如健 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

2.广西农业科学院广西南亚热带农业科学研究所

3.闽南师范大学生物科学与技术学院

关键词： 橄榄;叶绿体;基因组;密码子偏好性;进化

期刊名称： 福建农林大学学报(自然科学版)

ISSN： 1671-5470

年卷期： 2022 年 51 卷 004 期

页码： 502-509

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 利用CodonW程序和EMBOSS在线软件对橄榄叶绿体基因组进行密码子偏好性分析,并研究其密码子偏好性形成的影响因素.结果表明,橄榄叶绿体基因组有效密码子数(ENc)、密码子GC含量(GC)和密码子第3位上的GC含量(GC3s)分别为50.36、0.385和0.305,CGT、CCT和GGT等可作为橄榄叶绿体基因的最优密码子.中性绘图分析、ENc对应分析、偏倚分析和同义密码子相对使用度对应性分析发现,橄榄叶绿体基因组密码子偏好性不是单一因素影响的结果.橄榄叶绿体基因组密码子偏好性较弱,整体上偏好使用A和T,这种偏好性可能受突变压力、自然选择和其他因素的共同作用.

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