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金黄色葡萄球菌特异性PCR检测靶点的自动化筛选

文献类型： 中文期刊

作者： 范一灵 1 ; 朱东升 1 ; 胡瑜 1 ; 史贤明 1 ;

作者机构： 1.上海交通大学农业与生物学院陆伯勋食品安全研究中心

关键词： 金黄色葡萄球菌;基因组;生物信息比对分析;编码序列;C++编程

期刊名称： 生物工程学报

ISSN： 1000-3061

年卷期： 2011 年 27 卷 04 期

页码： 112-119

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在挖掘用于鉴定金黄色葡萄球菌的高特异性靶点及其PCR检测引物。采用C++语言编程,以金黄色葡萄球菌Staphylococcus aureus MRSA 252基因组编码序列为对象,对2 656个可编码区进行分析,获得特异性靶点序列,并设计PCR扩增引物。对包括葡萄球菌属11个种及其他细菌属在内的共计137株细菌验证引物特异性,筛选获得9个DNA序列,并设计了4对引物。经验证2对引物的特异性较好,其中引物SA3的基因组DNA检测限为13.7 fg/μL,菌体检测限为9.25×102 CFU/mL。结果验证了特异性DNA靶点筛选平台的实用性,该方法突破了传统特异性靶点挖掘方法对检测对象的限制,适用性广,可移植性强。

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