文献类型： 中文期刊

作者： 姚怡玮 ¹ ; 徐静 ¹ ; 杨萌 ¹ ; 李燕呢 ¹ ; 何美军 ¹ ; 郭坤元 ¹ ; 吴斌 ¹ ;

作者机构： 1.中草药物质基础与资源利用教育部重点实验室/中国医学科学院北京协和医学院药用植物研究所;北京市海淀区植物组织培养技术实验室;湖北省农业科学院中药材研究所

关键词： 野葛;生物信息学;microRNA;靶基因

期刊名称： 中国现代中药

ISSN： 1673-4890

年卷期： 2019 年 04 期

页码： 429-437

摘要： 目的:基于GitHub上释放的野葛转录组序列和miRBase中的microRNAs(miRNA)数据,通过生物信息学方法预测野葛中保守的miRNA,为研究其在野葛中的生物学作用奠定基础。方法:根据miRNA在植物中的保守性,利用psRobot软件的前体预测模块"psRobot-mir"将miRBase数据库中已知的miRNA序列与野葛转录组序列进行比对,按照miRNA的判定标准进行筛选,并随机选取了7条miRNA进行茎-环PCR验证,随后利用psRNATarget软件对这些miRNA进行了靶基因预测。结果:在野葛中共预测出34条潜在的miRNA序列,它们属于18个基因家族,miRNA茎-环PCR验证的成功率是100%。基于罚分≤3,预测出235个靶基因,其中66个具有明确的功能,涉及野葛抗病、生长发育、转录调节、胁迫应答等,其中28个为抗病蛋白。结论:预测出的野葛保守miRNA及其靶基因,为今后解析miRNA在野葛抗病和次生代谢产物合成中的作用奠定了基础。