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基于Illumina高通量测序技术分析草莓表面微生物结构

文献类型： 中文期刊

作者： 戴宝玲 1 ; 肖英平 1 ; 戴贤君 1 ; 何祥祥 1 ; 王佩佩 1 ; 杨华 1 ;

作者机构： 1.中国计量大学生命科学学院;浙江省农业科学院农产品质量标准研究所;浙江省植物有害生物防控省部共建国家重点实验室培育基地

关键词： 草莓;菌群结构;高通量测序;病原菌;微生物检测

期刊名称： 江苏农业科学

ISSN： 1002-1302

年卷期： 2018 年 20 期

页码： 25-28

收录情况： 北大核心

摘要： 为了解不同基地草莓表面微生物的结构特点,在浙江省8个草莓生产基地采集草莓样本,并提取表面微生物DNA样本,利用特异性的引物分别对细菌16S rRNA基因的V3~V4区进行PCR扩增,然后基于Illumina高通量测序技术分析不同基地草莓微生物的菌群结构。结果表明,不同基地草莓表面微生物在门的水平上主要包括变形菌门、厚壁菌门、蓝藻细菌门、放线菌门、拟杆菌门;在属的水平上,优势菌属主要为布赫纳氏菌属、甲基杆菌属和葡糖杆菌属,其中所检出的寡养单胞菌属、苯基杆菌属、埃希杆菌属和葡萄球菌属均具有一定的致病性。由此说明高通量测序技术应用于草莓表面微生物的分析,可在一定程度上提供草莓污染的病原菌信息。

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