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基于BSA-seq的番木瓜株高候选基因定位

文献类型: 中文期刊

作者: 吴夏明 1 ; 周陈平 1 ; 杨敏 1 ; 徐泽 1 ; 邝瑞彬 1 ; 刘传和 1 ; 贺涵 1 ; 魏岳荣 1 ;

作者机构: 1.广东省农业科学院果树研究所农业农村部南亚热带果树生物学与遗传资源利用重点实验室广东省果树科学与技术研究重点实验室

关键词: 番木瓜;株高;BSA-seq;基因定位;候选基因

期刊名称: 生物技术通报

ISSN: 1002-5464

年卷期: 2025 年 41 卷 009 期

页码: 54-61

收录情况: 北大核心 ; CSCD

摘要: 【目的】株高是影响番木瓜产量和品质的重要性状之一,定位番木瓜株高的主要候选基因,为番木瓜的矮化育种提供基因资源。【方法】以YY(植株较高)和GM(植株较矮)为亲本构建定位群体,利用BSA-seq技术对两亲本以及子代混池GY-H(高池)和GY-S(矮池)进行测序分析,数据经质控后,利用ED以及SNP-index法计算混池之间的基因频率差距,定位番木瓜株高候选区间。【结果】本次BSA-seq产生的数据良好,数据经过滤后,最终得到高质量的SNP位点337 980个用于基因定位,利用ED以及SNP-index法计算寻找混池之间基因型频率的显著差异,最终分别在第3、6和8染色体上共定位到大小为0.93 Mb的候选区间,将该区间与番木瓜‘紫晖’参考基因组比对,0.93 Mb的区间内共包含46个编码基因,其中,有37个基因被注释。【结论】Cp_zihui12764、Cp_zihui06963、Cp_zihui07024和Cp_zihui12732可能是调控番木瓜株高的候选基因。

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