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橄榄转录组密码子使用偏好性及其影响因素

文献类型： 中文期刊

作者： 赖瑞联 1 ; 冯新 1 ; 陈瑾 1 ; 钟春水 1 ; 陈义挺 1 ; 吴如健 1 ;

作者机构： 1.福建省农业科学院果树研究所

关键词： 橄榄;转录组;密码子使用偏好性;突变

期刊名称： 核农学报

ISSN： 1000-8551

年卷期： 2019 年 01 期

页码： 31-38

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为了解橄榄密码子使用偏好特征,以福榄1号橄榄为材料,利用codonW和EMBOSS等软件分析橄榄转录组密码子使用偏好性参数,并探讨偏好性形成的可能因素。结果表明,橄榄转录组平均有效密码子数(ENc)、密码子G和C(GC)含量及密码子第3位上G和C(GC3s)含量分别为51.80、0.435和0.377,表明橄榄转录组密码子使用偏好性较弱,且倾向使用富含A和T且以A或T结尾的密码子。橄榄转录组高低表达基因样本之间同义密码相对使用度(RSCU)差异较小,其中CGC、ATC、CTC和ACC等可作为橄榄最优密码子群。密码子组分分析、中性绘图分析、ENc-GC3s关联分析和偏倚分析结果表明,橄榄转录组密码子使用偏好性可能是以突变压力为主,多种作用方式共同影响的结果。此外,烟草和酵母菌可作为橄榄目标基因异源转化的理想受体系统。本试验结果为进一步研究橄榄遗传背景和分子进化提供了一定的科学依据。

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