文献类型： 中文期刊

作者： 任钰为 ¹ ; 陈星 ² ; 林燕宁 ¹ ; 黄潇仙 ¹ ; 洪玲玲 ¹ ; 王峰 ¹ ; 孙瑞萍 ¹ ; 张艳 ¹ ; 刘海隆 ¹ ; 郑心力 ¹ ; 晁哲 ¹ ;

作者机构： 1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室

2.武汉市农业科学院畜牧兽医研究所

关键词： 文昌鸡;全基因组重测序;遗传选择;产蛋性能;影响因素

期刊名称： 畜牧兽医学报

ISSN： 0366-6964

年卷期： 2024 年 002 期

页码： 502-514

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征，深入理解影响产蛋性能的因素，为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡（35周龄，15公，20母）和30只健康江汉鸡（35周龄，10公，20母）的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先，对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤，获得高质量序列比对到鸡的参考基因组，GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点，进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后，比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异，分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值，筛选受到选择的区域，并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明：1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率＞98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子＞基因间区＞上下游调控区＞编码区；系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远；文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸（缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸）代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能，而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述，影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌，这3个因素在进化过程中都受到强烈选择，对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理，不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征，而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。