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茶树EST序列中微卫星标记的特征分析及应用

文献类型： 中文期刊

作者： 严伟 1 ; 王婧 1 ; 丁华 1 ; 周有祥 1 ; 赵明明 1 ; 胡定金 1 ;

作者机构： 1.湖北省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所

关键词： 茶树(Camellia sinensis);EST-SSR;分布特征

期刊名称： 湖北农业科学

ISSN： 0439-8114

年卷期： 2013 年 52 卷 24 期

页码： 236-239

收录情况： 北大核心

摘要： 从NCBI数据库中获得47 913条茶树(Camellia sinensis)EST序列,通过Cd-hit-est除去冗余序列后得到26 185条非冗余序列,利用Misa软件分析后共发现8 244个微卫星标记分布于6 283条EST序列中,平均相隔1.52 kb出现1个SSR,EST-SSR序列出现频率为23.99%。其中,单、二和三核苷酸重复为主导类型,占EST-SSR总数的97.83%。A/T、AG/CT和AAG/CTT作为单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占所属类型的92.99%、85.11%和26.99%。利用Primer 5.0软件,设计了76对引物进行多态性检测,发现其中59对引物可以扩增出明显的条带,34对引物具有多态性,多态性比率高达57.63%,表明茶树EST-SSR中的多态性位点比较丰富,比较适合进行大规模的EST-SSR多态性标记的筛选。

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[10]茶树EST-SSRs在山茶科植物中的通用性研究(英文). 程小毛,陈自兰,王华. 2011

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