科研产出
基于16S rDNA分析湖北半夏内生菌群结构及代谢功能
《湖北农业科学 》 2021 北大核心
摘要：为探究湖北半夏（Pinellia ternate）内生细菌的多样性、丰度及菌群功能,随机采集半夏植株样品,提取内生细菌基因组DNA,通过PCR扩增获得16S rDNA V3～V4片段。采用IlluminaMiSeq高通量测序技术分析半夏植株中的内生细菌菌群结构,共获得有效序列39 537条和用于物种分类的OTU数681条,包括6门、10纲、23目、29科、45属、26种的细菌。菌落多样性分析表明,湖北半夏内生细菌在门水平上,优势菌群为Proteobacteria,科水平上,Mitochondria和Pseudomonadaceae为优势菌群。功能预测结果表明,湖北半夏内生细菌编码的大多数基因与代谢相关,其次是基因信息处理、环境信息处理。
关键词： 半夏（Pinellia ternate） 内生细菌 多样性 菌群功能
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羊流产嗜性衣原体蛋白-蛋白相互作用网络的构建
《湖北农业科学 》 2021 北大核心
摘要：病原菌的相互作用组学研究是揭示潜在信号转导通路和新型药物靶标的有力工具.通过同源蛋白映射的方法构建了羊流产嗜性衣原体(Chlamydia abortus)的蛋白-蛋白相互作用网络.结果表明,所构建的互作网络包含220个蛋白和1276个相互作用关系.通过分析蛋白的互作频率,确定了在羊流产嗜性衣原体中互作频率最高的20个蛋白,主要与转录、翻译、分子伴侣等功能相关.进一步分析发现,伴侣蛋白DnaK、GroEL、DnaJ发生互作的频率较高,能与核糖体蛋白、代谢相关蛋白等多种功能蛋白发生相互作用.若DnaK、GroEL、DnaJ的功能受到抑制,将会对羊流产嗜性衣原体的正常生命活动造成较大的影响.
关键词： 羊流产嗜性衣原体(Chlamydia abortus);蛋白相互作用;互作网络
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湖北三峡库区晚熟脐橙不同海拔果实品质变化及枯水防控技术研究
《中国南方果树 》 2021 北大核心
摘要：以湖北三峡库区秭归地区不同海拔伦晚脐橙（Lane Late navel orange）果实为试验材料,探讨了湖北三峡库区晚熟脐橙果实枯水防控栽培技术,进行了晚熟脐橙种植区域布局研究。结果表明,在湖北三峡库区,长江南面晚熟脐橙适宜区域化种植在海拔360 m以下,长江北面在海拔350 m以下。在适宜范围外,随海拔升高,晚熟脐橙果实品质下降,可食率、果汁率降低,酸下降快,化渣性变差,果实枯水加重。在海拔520 m的果园冬季进行果实套袋,可将果实枯水率控制在6%,有效减轻和防止了晚熟脐橙的果实枯水,果实外观好,品质优;树冠覆膜的果实枯水率控制在20%以下,同样保证了果实品质,具备操作简便、劳动量小且成本较低的优势,可以在大规模生产中应用。
关键词： 晚熟脐橙 果实枯水 品质 海拔 果实套袋 树冠覆膜 湖北三峡库区
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根系修剪对枳生长及相关基因表达的影响
《浙江农业学报 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：以枳实生苗为试验材料,通过两年重复试验分析了不切除主根、切除1/3主根、切除1/2主根、切除2/3主根等4个不同水平根系修剪处理下枳实生苗生长发育、根系构型和营养吸收的情况,并检测了不同水平根系修剪处理对侧根发育关键基因表达量的影响。结果表明,切除1/2主根处理增加了枳实生苗的株高、茎粗、地上部鲜重和根系鲜重,改善了根系构型参数（侧根数、总根长、根表面积和平均长度）,增加了根系P、K、Ca、B、Fe、Na和Zn等营养元素含量。另外,实时荧光定量PCR（qRT-PCR）检测发现,根系修剪处理诱导了侧根发育关键基因HOX1和CYP2的积累,并抑制了IAA11和IAA13的表达。综上所述,适度根系修剪可能通过诱导HOX1、CYP2基因的上调和IAA11、IAA13基因的下调来调控枳实生苗侧根的生长发育,改善根系构型,从而提高枳实生苗对营养元素的吸收能力及植株的生长发育。
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优质水稻新种质ZY56的创制及评价
《中国农业科学 》 2021 北大核心 CSCD
摘要：【目的】为避免未知基因和遗传背景等不可控因素对育种实践的影响,将高通量SNP分型技术与传统育种相结合,培育新品种,以提高育种效率,实现育种方法的改进,为优质食味稻米新种质的鉴定和创制方法提供参考。【方法】以鉴真2号和鄂中5号为亲本,通过杂交、回交及系谱法选育,在BC1F2—BC1F4群体开展稻米品质分析评价,至BC1F7初步选定优良株系4W1-056,进一步利用捕获测序的方法,对鉴真2号、鄂中5号及66个4W1-056单株中的68个DNA片段进行PCR扩增,并测序,分析908个SNP位点。基于SNP位点的基因型,采用p-distance方法,使用MEGA7软件进行系统进化分析。结合系统进化分析、农艺性状和稻米品质的鉴定,对新品系的选育和鉴定进行评价。【结果】经杂交、回交和自交获得株型好、分蘖力强、茎秆粗壮、抗倒性好、外观品质优的稳定优良株系4W1-056。系统进化分析表明,从4W1-056优良株系中筛选的66个单株分成3个类群:类群Ⅰ、类群Ⅱ和类群Ⅲ。3个类群之间的碱基替代率为0.1398,类群Ⅰ和类群Ⅱ之间的碱基替代率为0.0662,而在各类群内的碱基替代率为0,表明同一类群内的单株没有遗传差异。结合农艺性状和稻米品质的鉴定,将类群Ⅱ作为新的品系,命名为ZY56,与4W1-056相比,其外观品质更好,垩白度为0.9,更接近鄂中5号。利用水稻8K SNP芯片检测ZY56及2个亲本（鉴真2号和鄂中5号）,显示ZY56有14.13%的染色体片段来源于鉴真2号,85.87%的染色体片段来源于鄂中5号,进一步说明ZY56的主要基因源于鄂中5号,验证了杂交、回交和自交后的选择结果。特征特性研究结果显示,ZY56完成基本营养生长所需要的最低有效积温为760.5℃,生殖生长的临界光照长度为14 h 13 min,完成幼穗分化需要的有效积温高于711.5℃。不同播期的品质分析结果表明,ZY56对光照长度的反应明显弱于鄂中5号,但生长平稳,有利于稻米品质的形成,表明ZY56的稻米品质具有更好的稳定性。【结论】在资源创制高代选择中,利用高通量SNP分型技术进行遗传一致性筛选,将通过农艺性状测定等常规方法难以细分的材料进行类群细分,最终确定符合目标要求的株系。该方法克服了传统系谱法在高世代选择中针对农艺性状难以继续选择的困难,避免了同类单株重复选择和不同类单株漏选的问题,降低了高世代选择工作量,提高了选择效率,具有推广价值。
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高絮凝活性放线菌的鉴定和培养基组分的初步优化
《湖北农业科学 》 2021 北大核心
摘要：为了开发用于农村污水治理的高絮凝活性菌株,拟对高岭土有91.9%絮凝率的放线菌ws75382进行16S rDNA鉴定,并利用单因素试验和正交试验对其培养基组分进行优化.经过16S rDNA鉴定表明,放线菌ws75382与Streptomyces cyslabdanicus相似性最高,放线菌ws75382初始培养基组分多,碳氮源组分浓度偏高,优化获得的培养基组分氮源减少了1个成分,并且碳、氮源浓度分别降低了40%和30%,优化后的培养基组分为大豆粉15 g/L、葡萄糖14 g/L、氯化钠8 g/L和碳酸钙3 g/L,在此培养基组分下,ws75382絮凝率可以达100%.
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麻城黑山羊MC4R基因遗传多态性及生物信息学分析
《湖北农业科学 》 2021 北大核心
摘要：黑素皮质素受体MC4R（melanoeortin receptor-4）是一种由下丘脑分泌的G蛋白偶联受体,其作用是调节动物采食量和体重。为了研究麻城黑山羊的遗传特异性,以MC4R为研究对象,检测其基因多态性,并进行生物信息学分析。结果表明,MC4R基因在麻城黑山羊中有8个突变位点,即C144T、T189A、A612G、C617A、C649G、C684A、T784A、C813A。根据理化性质分析可知,MC4R的氨基酸序列包含疏水区域,具有7个跨膜结构,编码蛋白的二级结构元件主要是α螺旋和无规则卷曲。不同物种间MC4R氨基酸序列比对发现,麻城黑山羊与绵羊的序列相似性为97.82%,与牛的序列相似性为94.50%,说明MC4R是保守蛋白,对动物的生长发育有重要作用。本研究通过测序获得8个MC4R基因的突变位点,并进行了生物信息学分析,为研究MC4R及其自然突变体影响山羊生长代谢的分子机制提供了理论依据。
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湖北省农业农村大数据发展问题研究
《农业大数据学报 》 2021
摘要：农业领域是大数据产生和应用的重要领域之一,推动大数据在农业农村领域的应用创新,是加快推进农业现代化、全面建成小康社会的迫切需要。"十三五"以来,湖北省高度重视农业农村大数据发展,推动信息技术和智能装备在农业领域的示范应用,促进农业信息化与农业现代化融合发展。湖北省农业农村大数据信息基础设施逐步完善,大数据技术应用深度融合,信息进村入户工作全面推进,农业监管信息化水平不断提升。同时,湖北省农业农村大数据发展也暴露出基础数据库缺乏、数据标准缺乏、农业应用平台(系统)缺乏、信息基础设施保障能力不足等问题。要实现湖北省农业农村大数据的健康可持续发展,基础是"数据",关键在"服务",需形成"以服务换数据,以数据促服务"的建设格局:以为各类涉农主体提供所需服务为手段,采集农业全产业链各环节原始数据;同时,通过对数据的分析、挖掘,向各类涉农主体提供更精准的服务,提升服务体验。基于湖北省农业农村大数据发展现状和问题,围绕建设思路,提出推进湖北农业农村大数据发展的建议,即推进农业农村大数据发展的顶层设计工作,加快农业农村大数据系列标准制定步伐,加快农业农村大数据相关成果的转化,制定湖北农业农村大数据发展配套政策。
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