科研产出
长江口日本鳗鲡苗的时空分布与捕捞生产现状
《水产学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为掌握长江口日本鳗鲡的苗汛特征与捕捞生产现状，于2017—2020年在长江口开展了定点监测和走访调查，分析了长江口鳗苗的汛期规律、捕捞努力量及捕捞产量和产值。研究发现，长江口鳗苗旺发期为2-4月，主要捕捞区域分布在东旺沙、佘山岛和南汇嘴附近水域。长江口鳗苗捕捞努力量呈现下降趋势，有效网口面积从2017年的78.72万m~2，下降到2020年的50.40万m~2，下降了36%。长江口鳗苗汛期的单位捕捞努力量渔获量（CPUE）和总捕捞产量呈现波动变化趋势，2017和2020年较高，分别为（4 474±256）尾/100 m~2和（5 220±1 063）尾/100 m~2,2018和2019年较低，分别为（1 917±335）和（1 365±257）尾/100 m~2。研究表明，长江口鳗苗生产值受到捕捞总产量影响，近4年来逐渐下降。建议进一步加强长江口鳗苗的资源监测和科学评估，指导规范鳗苗捕捞生产。
关键词： 日本鳗鲡 鳗苗 时空分布 CPUE 捕捞产量 长江口
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珠江下游7种典型鲤科鱼类摄食器官形态特征比较
《中国水产科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为探究鲤科鱼类的摄食器官形态差异,以珠江下游的海南鲌(Culter recurviceps)、鲤(Cyprinus carpio)、广东鲂(Megalobrama terminalis)、赤眼鳟(Squaliobarbus curriculus)、草鱼(Ctenopharyngodon idellus)、鲮(Cirrhinus molitorella)和鲢(Hypophthalmichthys molitrix)7种典型鲤科鱼类为研究对象,基于形态解剖和多元分析等方法,比较了这7种鱼类外部和内部摄食器官形态的特征差异.结果显示,7种鲤科鱼类外部摄食器官形态的种间差异主要体现在口裂宽、口裂高等与食物捕获有关的性状上,内部摄食器官形态的种间差异主要体现在咽骨长、咽骨后肢长等与食物咀嚼有关的性状上,内部摄食器官形态分化程度显著大于外部摄食器官.另外,研究发现食性对鲤科鱼类内部摄食器官形态影响大于系统发育地位的影响,外部摄食器官形态性状对于鱼类分类具有重要的参考价值.本研究揭示了同域分布鲤科鱼类的摄食器官结构差异,探讨了摄食器官形态结构与食性、系统演化地位的关系,对于了解鲤科鱼类生态适应机制以及开展珠江鱼类资源保护具有重要意义.
关键词： 鲤科鱼类 摄食器官 形态 主成分分析 系统发育 分化
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基于微卫星分析大银鱼移植群体的遗传多样性和遗传结构
《中国水产科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为研究移植大银鱼(Protosalanx chinensis)群体的遗传多样性和遗传结构,本研究从大银鱼基因组中筛选了18 对多态微卫星引物,对 2016-2020 年采集的 4 个水系(8 个水体)大银鱼共计 281 个样本进行群体遗传学分析.共得到172个等位基因,其中等位基因数(Na)为3~24,平均值为9.600;有效等位基因数(Ne)为1.039~4.595,平均值为 2.384;期望杂合数(He)为 0.035~0.804,平均值为 0.507;多态信息含量(PIC)为 0.034~0.775,平均值为 0.469,其中 10 个位点属于高度多态位点(PIC>0.5).群体平均等位基因数(Na)为 3.389~5.389,多态信息含量(PIC)为0.373~0.479,8 个水体的群体均处于中度多态水平(0.25
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液相芯片"黄海芯1号"在凡纳滨对虾急性肝胰腺坏死病抗性基础群体遗传评估中的应用
《水产学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为评估基因型鉴定芯片在育种群体构建中的应用价值,实验对凡纳滨对虾3个群体(EE、PP和SS)进行急性肝胰腺坏死病(AHPND)副溶血弧菌(VpAHPND)侵染实验,利用自主研发的40K SNP液相芯片"黄海芯1号"获得146尾个体的基因型信息,对群体遗传背景进行了系统调查并估算了AHPND抗性遗传力.VpAHPND浸染实验结果显示,不同群体间存在抗病差异,PP群体的存活性能比EE和SS群体分别高出12.9%和11.6%.利用质控后的38148个SNP信息构建系统进化树,结果显示群体内同一个家系的个体首先聚在一起,进而同属一个群体的多个家系聚在一起.主成分和遗传结构分析显示,可以准确地将146尾个体划分为3个组,与系统进化树聚类结果一致.遗传多样性分析显示,3个群体的观测杂合度(Ho)平均值为0.25~0.29,多态信息含量(PIC)平均值为0.20~0.23,上述遗传参数达到极显著水平.3个群体间的遗传分化系数(FST)为0.11~0.21,存在中高度遗传分化.基因组近交分析表明,EE、PP和SS群体的近交系数均值分别为?0.05±0.06、0.20±0.09和0.37±0.07,后2个群体内部分个体表现出较高的近交水平.使用ssGBLUP-MF(Single Step Genomic BLUP with Metafounders)模型,复合基因型、表型和系谱信息,获得VpAHPND侵染后存活状态的遗传力估计值为0.24±0.07,表现为中等水平,表明基础群体具有较好的选育潜力.研究表明,利用液相芯片"黄海芯1号"开展辅助育种,可以进一步提高基础群体构建和评估的效率.
关键词： 凡纳滨对虾 基础群体 AHPND 育种芯片 遗传多样性
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基于转录组测序的中华鳖SSR和SNP特征分析及性别标记筛选
《广东海洋大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：【目的】挖掘更多中华鳖（Pelodiscus sinensis）性别分子标记，为中华鳖保护、繁育以及遗传多样性的分子机制等研究提供基础。【方法】基于中华鳖转录组测序数据，利用MISA和GATK挖掘中华鳖转录本中SSR和SNP位点信息，开发与中华鳖性别紧密相关的SNP标记。【结果和结论】共组装获得341 632条Unigenes，识别到14 804个SSR位点，含有SSR位点的Unigenes序列数量为13 904条，占总序列的4.1%。中华鳖转录组中SSR位点类型较为丰富，共识别到6种不同核苷酸重复类型，单核苷酸串联重复基元类型的含量最多（10 981个），占总位点数的74.18%。SSR位点以重复11～15次为主（6 173个），占总位点数的41.70%。转录组SSR的片段长度大部分集中在10～14 bp，占SSR总数的50.01%。搜索到32 299个SNP位点，SNP的分布密度为1/1 339 bp。SNP变异类型以转换类型为主，转换类型占70.05%，颠换类型占29.95%。SNP测序深度统计发现，在31～100范围内，SNP数目最多，占43.68%。初步筛选并鉴定出位于Ptpn11基因上与性别紧密关联的SNP位点（29 144 910），为中华鳖性别分子标记提供候选基因和标记。
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循环水养殖系统氧锥运行参数设计
《渔业现代化 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：以氧锥为气水混合装置的纯氧增氧系统溶氧效率高，但需产生一定气耗及能耗。本研究运用物质平衡等相关原理，对通入氧锥纯氧气体流量、养殖水体流量进行科学设计，分析其运行成本，并讨论设计关键问题。结果显示：采用一定锥体结构尺寸氧锥，当通入其纯氧气体流量为14.6 L/min、养殖水体流量为1 327.3 L/min（养殖系统水循环量79.6 m~3/h）时，能充分利用氧锥81.88%～89.07%高溶氧效率，提供1 026.8～1 116.9 g/h养殖系统需氧量，完全满足养殖水体300 m~3、养殖密度6 kg/m~3的凡纳滨对虾循环水养殖溶氧量需求。氧锥运行耗氧1 252.7 g/h,耗电2.9 kW·h。研究表明，本设计对提高纯氧增氧系统技术性能，推进纯氧增氧在高密度循环水养殖中广泛应用提供支持。
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基于YOLOv5改进模型的丁香鱼围网作业目标检测研究
《海洋渔业 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为解决目前鳀(Engraulis japonicus)限额捕捞与分类统计不准确的问题,提出一种改进YOLOv5 的识别算法.该方法将SENet注意力机制引入到YOLOv5 主干网络结构中,通过融合捕捞作业不同时期的目标信息并降低复杂背景的干扰,以提高模型检测精度和实时检测效率.采用实际拍摄的鳀作业视频,将视频转化为图片格式实现前期标注和处理,对获得的5 550 幅图像按照 8∶1∶1 划分训练集、验证集和测试集,设置对照实验,将YOLOv5 主干网络替换为MobileNetV2,并引进SENet注意力机制,分别通过4 种模型进行对比,结果表明,该识别算法获得平均精度均值(mAP)为 99.4%、精度为 98.9%、召回率为 99.1%,相比原模型分别提高了2.5%、3.7%和2.9%.研究结果可以为鳀围网作业的目标识别提供新的思路,同时也为渔获作业统计提供了一种辅助手段.
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罗氏沼虾Doublesex基因的原核表达与蛋白纯化
《广东农业科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]Doublesex属于DMRT基因家族成员之一,在控制性别特异性分化中起关键作用.克隆罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)Doublesex基因(MrDsx)的开放阅读框序列,构建重组质粒并诱导其表达,纯化获取罗氏沼虾重组蛋白MrDsx,可为后续开展罗氏沼虾MrDsx基因的功能研究提供基础数据.[方法]基于罗氏沼虾MrDsx的开放阅读框序列,通过特异PCR产物与表达载体pET-32a(+)连接,获得重组质粒pET-32a-MrDsx,将其转化大肠杆菌BL21(DE3)感受态细胞,构建罗氏沼虾MrDsx基因的原核表达细胞.利用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)对阳性转化细胞进行诱导表达,并以SDS-PAGE电泳,Western blot和质谱分析检测诱导表达的重组蛋白.[结果]以罗氏沼虾性腺cDNA为模板,利用MrDsx基因的特异引物,PCR扩增获得了约660 bp大小的单一 DNA条带.经测序确认为MrDsx基因的ORF序列.重组质粒pET-32a-MrDsx转化后的感受态细胞经IPTG在37℃条件下诱导4 h后获得罗氏沼虾重组蛋白MrDsx.当IPTG终浓度为0.1~0.5 mmol/L时,重组蛋白MrDsx的表达量可达到峰值.可溶性分析显示,重组蛋白MrDsx主要以包涵体形式表达,经8 mol/L尿素溶解、Ni柱纯化及透析复性后,SDS-PAGE电泳和Western blot检测发现重组蛋白的相对分子量约55kD,且条带单一,表明重组蛋白MrDsx能被鼠抗His-tag单克隆抗体特异性识别.质谱分析结果显示,片段化肽段与理论的氨基酸序列相符,匹配度达到100%.[结论]成功获得了 MrDsx基因原核表达的重组质粒pET-32a-MrDsx.诱导表达的重组蛋白经溶解、纯化及复性后,可形成高纯度的活性罗氏沼虾MrDsx重组蛋白,为后续开展罗氏沼虾MrDsx基因的功能研究、互作蛋白的筛选和性别调控机制的解析提供初步依据.
关键词： 罗氏沼虾 Doublesex 原核表达 蛋白免疫印迹 重组蛋白 透析复性 质谱分析
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基因Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒病毒样颗粒的构建与鉴定
《水产学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为研究Ⅱ型草鱼呼肠孤病毒(GCRV)病毒样颗粒(VLPs)疫苗,实验利用杆状病毒-昆虫细胞表达系统(BEVS)将具有免疫原性的GCRV-VP3/VP4/VP35 蛋白进行GCRV-VLPs的组装.实验将编码VP35 蛋白的GCRV-s11 基因克隆入杆状病毒载体pFastBacHTATM,然后将鉴定正确的重组质粒转化至DH10Bac感受态细胞,筛选得到重组穿梭质粒Bacmid-VP35.将穿梭质粒 Bacmid-VP35 以及实验室前期构建的重组穿梭质粒 Bacmid-VP3、Bacmid-VP4 分别转染Sf9 昆虫细胞获得重组杆状病毒pFHB-VP35、pFHB-VP3 以及pFHB-VP4.利用Bac-PAK快速滴定试剂盒测定重组杆状病毒滴度,并通过间接免疫荧光(IFA)和蛋白质印迹法(Western blot)鉴定重组蛋白的表达情况.结果显示,实验获得了较高滴度的重组杆状病毒,并且重组蛋白在杆状病毒感染的Sf9 昆虫细胞中正确表达.将成功表达蛋白的重组杆状病毒pFHB-VP35、pFHB-VP3 以及pFHB-VP4 共感染Sf9 细胞组装GCRV-VLPs,通过透射电镜(EM)观察VLPs的组装情况.结果显示,GCRV-Ⅱ的 3 个蛋白在Sf9 昆虫细胞中可以完成自我组装,形成与天然病毒结构形似的VLPs,直径为 65~72 nm.本实验结果为进一步研制安全、高效的GCRV-VLPs疫苗奠定了基础.
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