科研产出
鸭源基因Ⅸ型禽1型副黏病毒实时荧光定量RT-PCR方法的建立与应用
《中国兽医学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：我国水禽中流行的禽1型副黏病毒(APMV-1)除基因Ⅶ外,基因Ⅸ型APMV-1日渐增多,且呈现基因型多样性。本研究基于鸭源基因Ⅸ型APMV-1的F基因特异性序列,建立了一种可快速检测基因Ⅸ型APMV-1的实时荧光定量RT-PCR方法。该方法仅能特异性检出基因Ⅸ型APMV-1,其检测敏感性高达100拷贝/μL,重复试验批间变异系数小于5%;应用该方法对人工感染鸭组织和采集的临床样品分别进行检测,其结果与常规RT-PCR检测、病毒分离结果的符合率分别为100.0%,96.1%和90.1%,81.8%。以上结果表明,本研究建立的基因Ⅸ型APMV-1实时荧光定量RT-PCR检测方法特异性强、敏感性高、重复性好,为该病临床样品检测提供了快速有效的手段,适于鸭源基因Ⅸ型APMV-1感染的病原学监测。
关键词： 鸭源禽1型副黏病毒 基因Ⅸ型 TaqMan探针 实时荧光定量RT-PCR
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不同年份陈年普洱茶中芽胞杆菌的多样性
《农业生物技术学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：微生物的发酵作用对普洱茶品质、特色的形成起着决定性的影响,其中芽胞杆菌(Bacillus-like species)又是普洱茶发酵后期的优势微生物类群。为了解陈年普洱茶中芽胞杆菌的存在状况,采用稀释平板法,对以云南省一定区域内特有的云南大叶种(Camellia sinensis)晒青毛茶为原料制成的龙马同庆号、大有庆和钧义祥等16个不同生产年份的陈年普洱茶样品进行芽胞杆菌分离,并用16S rRNA基因序列测定的方法对分离到的芽胞杆菌进行初步鉴定。结果分离出芽胞杆菌153株,鉴定为8个属、36个种,其中芽胞杆菌属(Bacillus)的种最多,有20种、87株,赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus)、短芽胞杆菌属(Brevibacillus)分别有6种、20株和4种、20株;其他5个属分别为虚构芽胞杆菌属(Fictibacillus)、大洋芽胞杆菌属(Oceanobacillus)、鸟氨酸芽胞杆菌属(Ornithinibacillus)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)和枝芽胞杆菌属(Virgibacillus);虚构芽胞杆菌属、鸟氨酸芽胞杆菌属的菌株为首次报道从普洱茶中分离到。不同普洱茶样品中分离到的芽胞杆菌种类、数量存在差异,中茶(红印绿字)中分离到的芽胞杆菌菌株数及数量最多、分别为19株和3.76×10~5cfu/g,文革茶庄(红旗公社)分离到的芽胞杆菌种数最多、有12种,敬昌号中的芽胞杆菌数量最少,只有7.62×10~3cfu/g。不同的芽胞杆菌,在这16个茶样中的分布状况存在差别,蜡样芽胞杆菌(Ba.cereus)、沙氏芽胞杆菌(Ba.shackletonii)是普洱茶中分布最广的芽胞杆菌,在9个样品中均有存在;蔬菜芽胞杆菌(Ba.oleronius)其次,在8个样品中存在。同一种芽胞杆菌,在不同的茶样中的数量不一样;不同的芽胞杆菌,在同一茶样中的数量也存在差别。研究结果表明,陈年普洱茶中存在种类较多、数量较大的芽胞杆菌,但不同普洱茶中的芽胞杆菌种类、数量存在差别。本研究结果可为探索芽胞杆菌对普洱茶特征形成的作用机制以及陈年普洱茶中芽胞杆菌类群与其保健功能之间的关系提供材料及理论基础。
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鹦鹉副黏病毒的分离与鉴定
《中国兽医科学 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：采集疑似自然感染新城疫病毒(NDV)的病死鹦鹉的肝、脾和胰腺,应用SPF鸡胚分离到1株病毒(YW-PMV),根据F基因片段测序结果,该病毒属于Ⅶh类,含有强毒株特征的蛋白酶识别序列RRRKRF,能凝集鸽红细胞,并能被新城疫阳性血清抑制,而不能被减蛋综合征(EDS)、禽流感H5、H7、H9血清抑制;电镜观察见到形态不规则、囊膜表面具有密集纤突的病毒粒子,直径100~200 nm。部分生物学特性表明,分离毒能致死鸡胚和番鸭胚,最小致死量和平均致死时间(MDT)分别为46.8 h和53 h;病毒接种鸡胚成纤维细胞和番鸭胚成纤维细胞均能引起细胞病变,并能被抗ND阳性血清中和;应用NDV荧光RT-PCR检测,该分离毒核酸为NDV阳性。上述结果初步表明该分离毒为鹦鹉副黏病毒强毒株。
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ORFV和Mo双重PCR检测方法的建立及应用
《农业生物技术学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：羊传染性脓疱病毒(Orf virus,ORFV)是羊传染性脓疱病(Contagious ecthyma,CE)的病原,绵羊肺炎支原体(Mycoplasma ovipneumoniae,Mo)是羊支原体性肺炎(Mycoplasma pneumonia of goats and sheep,MPGS)的主要病原,近年来此两种病原混合感染日益增多,目前采用单一PCR方法检测这两种病原,临床上迫切需要能同时快速检测这两种病原的方法。为了建立能够直接从样品中同时检测ORFV核酸和Mo核酸的双重PCR方法,本研究根据ORFV的主要膜蛋白B2L基因(major envelope protein B2L gene)和Mo的膜蛋白P80基因(membrane protein P80 gene)序列,设计合成了2对特异性引物。结果显示,该方法可以同时扩增出ORFV的402 bp和Mo的700 bp特异性片段,而对其他常见病原的DNA模板均无扩增,显示出良好的特异性,该方法对ORFV和Mo的最低检出量分别为1.1×10~3copies/μL和3.47×10~3copies/μL,比单一PCR敏感10倍。对来自福建省部分羊场的883份病山羊(Capra hircus)临床样品进行检测,双重PCR检出ORFV阳性样品28份(阳性率为33.7%),Mo阳性样品33份(阳性率为39.8%),同时感染ORFV和Mo的阳性样品9份(阳性率为10.8%),检测结果与单一ORFV和Mo PCR结果一致。本研究所建立的双重PCR方法可用于ORFV和Mo的临床检测,为CE和MPGS的临床快速鉴别诊断和流行病学调查提供了有效的方法。
关键词： 羊传染性脓疱病毒(ORFV) 绵羊肺炎支原体(Mo) 双重PCR
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丝瓜种质资源遗传多样性的ISSR分析
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：利用ISSR分子标记技术对60份丝瓜种质资源进行遗传多样性分析,100对ISSR引物中筛选出12对引物,共扩增条带154条,平均每个引物扩增条带14条,多态性条带143条,非多态性条带11条。各个引物的多态性比例范围为50%~100%,多态性比例92.9%。结果表明,丝瓜种质资源遗传多样性较高,同时也表明了ISSR分子标记能够很好的检测丝瓜种质资源的遗传多样性。通过聚类分析将60份丝瓜分为2大类,普通丝瓜和棱丝瓜。分别以0.646和0.718处为阈值,普通丝瓜和有棱根据瓜形分为短圆筒普通丝瓜、长圆筒普通丝瓜、短棍棒有棱丝瓜和长棍棒有棱丝瓜。
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一个特大粒水稻种质粒形相关基因的检测
《分子植物育种 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：LPBG08是本研究室培育的一个特大粒水稻种质,其平均粒长达15 mm,平均粒宽达4.2 mm,平均千粒重达66 g。为了解析该特异种质粒形性状形成的遗传机理,本研究以其为供试材料,利用目的基因扩增和测序手段,对2个重要粒长基因(GS3,qGL3/GL3.1)和4个重要粒宽基因(GW2,GW8,GS5和GW5)进行检测。检测发现,6个粒形相关基因中有5个在LPBG08中发生了正调控突变。其中,GS3和qGL3/GL3.1 2个粒长基因全都发生突变,4个控制粒宽基因中的GW2、GW8和GW5等3个发生突变。研究结果表明,LPBG08的特大粒粒形性状的形成可能是由于多个正向调控突变的粒形相关基因聚合所引起的累加效应。
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青海可可西里嗜碱芽胞杆菌资源调查
《微生物学通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：【目的】了解可可西里嗜碱芽胞杆菌资源多样性及产酶多样性,为芽胞杆菌功能资源挖掘和菌剂开发提供基础。【方法】采用Horikoshi I培养基,通过可培养法分离青海可可西里土壤中的嗜碱芽胞杆菌,利用16S r RNA基因序列初步鉴定分离获得的芽胞杆菌。采用透明圈法分析分离菌株的产蛋白酶、纤维素酶及木聚糖酶活性。【结果】从青海可可西里土壤中共分离获得66株嗜碱芽胞杆菌,根据16S r RNA基因序列相似性分析,发现它们隶属于6个属22个种,分别为芽胞杆菌属(Bacillus)、纤细芽胞杆菌属(Gracilibacillus)、喜盐芽胞杆菌属(Halobacillus)、咸海鲜芽胞杆菌属(Jeotgalibacillus)、类芽胞杆菌属(Paenibacillus)和嗜冷芽胞杆菌属(Psychrobacillus),其中以芽胞杆菌属(Bacillus)为优势属。2株嗜碱芽胞杆菌与它们最近匹配模式菌株的16S r RNA基因序列相似性为97.00%和98.65%,为潜在新种。三种酶活检测结果表明产酶菌株约占总分离菌株的95.00%,其中55株具有产蛋白酶活性,27株具有产纤维素酶活性,8株能够产木聚糖酶。【结论】青海可可西里蕴藏着较丰富的嗜碱芽胞杆菌资源及丰富的产酶资源,为后续嗜碱芽胞杆菌的挖掘提供理论基础。
关键词： 可可西里 嗜碱芽胞杆菌 蛋白酶 纤维素酶 木聚糖酶
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福建省玉米小斑病菌对异菌脲和吡唑醚菌酯的敏感性及其田间防效
《农药学学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：为明确中国福建省玉米小斑病菌对二甲酰亚胺类和甲氧基丙烯酸酯类杀菌剂的敏感性及其田间防治效果,采用菌丝生长速率法,分别测定了两类杀菌剂的代表药剂异菌脲和吡唑醚菌酯对分离自该省7个玉米产区的73株玉米小斑病菌的毒力。结果表明,供试菌株对异菌脲和吡唑醚菌酯均较为敏感,其EC50值范围分别为0.168~2.990和0.017~6.583μg/m L,平均值分别为(1.003±0.533)和(1.437±1.490)μg/m L,其敏感性频率分布均为连续单峰曲线,符合正态分布,因此可将该平均EC_(50)值(1.003±0.533)和(1.437±1.490)μg/m L分别作为福建省玉米小斑病菌对异菌脲和吡唑醚菌酯的敏感基线。田间防效试验表明,采用有效剂量分别为750和150 g/hm~2的50%异菌脲悬浮剂(SC)和25%吡唑醚菌酯乳油(EC),分别喷施2次,对玉米小斑病的防效均较好,分别为61.51%~70.69%和69.54%~78.98%,与喷施2次有效剂量为150 g/hm~2的25%丙环唑EC的防效相当,且均高于喷施2次有效剂量分别为1 875和2 000 g/hm~2的75%百菌清可湿性粉剂(WP)和80%代森锰锌WP的防效。研究结果可为田间玉米小斑病化学防治有效药剂的选择与合理使用提供科学依据,同时为玉米小斑病菌对这两种药剂的田间抗药性风险评估及抗性监测奠定基础。
关键词： 玉米小斑病菌 敏感基线 异菌脲 吡唑醚菌酯 防治效果
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芽胞杆菌分类与应用研究进展
《微生物学通报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：芽胞杆菌是一类产生具有抗逆特性芽胞的重要微生物资源,研究其分类地位对挖掘和利用芽胞杆菌功能菌株具有重要科学意义。基于基因组学的多相分类法,使得芽胞杆菌分类地位更加精确。截至2016年6月,全世界芽胞杆菌种类达813种,来自于5个科,即芽胞杆菌科、脂环酸芽胞杆菌科、类芽胞杆菌科、动球菌科、芽胞乳杆菌科,74个属。中国芽胞杆菌研究从2004年开始发表新种,目前,中国学者发表中国分离的芽胞杆菌新种达176种。本文就当前芽胞杆菌主要分类鉴定方法及应用进展进行了描述,希望为国内外芽胞杆菌同行研究者提供一定的帮助。
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养猪微生物发酵床芽胞杆菌空间分布多样性
《生态学报 》 2017 北大核心 CSCD
摘要：了解微生物发酵床大栏养猪垫料中的芽胞杆菌多样性和空间分布规律,为微生物发酵床管理、芽胞杆菌新资源挖掘及菌剂开发奠定基础。将发酵床划分为32个方格(4行×8列),采用五点取样法获得每个方格的样品。采用可培养法从32份样品中分离芽胞杆菌菌株,利用16S rRNA基因序列初步鉴定所分离获得的芽胞杆菌种类。利用聚集度指标和回归分析法,分析芽胞杆菌的样方空间分布型。通过Shannon-Wiener多样性指数、Simpson优势度指数、Hill指数及丰富度指数分析,揭示微生物发酵床中芽胞杆菌的空间分布多样性。从32份样品中共获得芽胞杆菌452株,16S rRNA基因鉴定结果表明它们分别隶属于芽胞杆菌纲的2个科、8个属、48个种。其中,种类最多的为芽胞杆菌属(Bacillus),30种;赖氨酸芽胞杆菌属(Lysinibacillus),6种;类芽胞杆菌属(Paenibacillus),5种;短芽胞杆菌属(Brevibacillus),3种;鸟氨酸芽胞杆菌属(Ornithinibacillus)、大洋芽胞杆菌属(Oceanibacillus)、少盐芽胞杆菌属(Paucisalibacillus)和纤细芽胞杆菌属(Gracilibacillus)各1个种。芽胞杆菌种类在发酵床空间分布差异很大,根据其空间出现频次,可分为广分布种类,如地衣芽胞杆菌(Bacillus licheniformis);寡分布种类,如根际芽胞杆菌(B.rhizosphaerae);少分布种类,如弯曲芽胞杆菌(B.flexus)。依据其数量,可分为高含量组优势种群,如地衣芽胞杆菌(B.licheniformis);中含量组常见种群,耐盐赖氨酸芽胞杆菌(Lysinibacillus halotolerans);寡含量组寡见种群,如根际芽胞杆菌(B.rhizosphaerae);低含量组偶见种群,如土地芽胞杆菌(B.humi)。空间分布型聚集度和回归分析测定表明,芽胞杆菌在微生物发酵床的分布类型为聚集分布。微生物发酵床垫料中芽胞杆菌种类总含量高达4.41×108个/g,其种类含量范围为0.01—94.1×106个/g(均值为8.96×106个/g),丰富度指数(D)、优势度指数(λ)、Shannon-Wiener指数(H')和均匀度指数(J')分别为0.4928、0.2634、1.3589和0.9803,其中香农指数最大的单个芽胞杆菌种类为地衣芽胞杆菌(B.licheniformis)。根据芽胞杆菌种类多样性指数聚类分析,当欧式距离λ=17时,可分为高丰富度高含量和低丰富度低含量类型。微生物发酵床的芽胞杆菌种类丰富、数量高,是一个天然的菌剂"发酵罐",有望直接作为微生物菌剂,应用于土壤改良、作物病害防控、污染治理等领域。
关键词： 芽胞杆菌 微生物发酵床 16S rRNA基因 空间分布 多样性
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