科研产出
外源褪黑素诱导下Hippo信号通路调控山羊绒生长mRNA和lncRNA的生物信息学分析
《中国农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为分析绒山羊皮肤中受Hippo信号通路调控的绒生长候选基因集，本研究选取6只罕山白绒山羊随机分为对照组和褪黑素处理组，每组设3个重复。以自然年为试验周期，每月采集皮肤样本进行RNA测序，使用Bowtie、TopHat、Cufflinks、Cuffmerge、Cuffdiff、Cuffcompare、CPAT和CPC软件分析DE-mRNA和DE-lncRNA,联合PCA分析它们对次级毛囊生长周期的应答，利用WGCNA挖掘调控山羊绒生长的基因模块，GSEA分析候选基因集的生物学功能。结果表明：1)筛选得到组间DE-mRNA 2 024个和DE-lncRNA 329个，它们应答了绒山羊皮肤次级毛囊的生长周期。2)获得有生物学意义的对照组7个和试验组9个基因模块。3)深入分析富集到平衡哺乳动物皮肤生长分化、毛囊形态发生的Hippo信号通路基因模块，揭示了外源褪黑素诱导下调控山羊绒生长候选基因集191个mRNA和49个lncRNA的共表达调控网络关系。4)发现候选基因集与皮肤发育生物学过程（|NES|＞1且FDR＜25%）、Hippo信号通路（|NES|＞1且FDR＜25%）、Wnt信号通路（|NES|＞1且FDR＜25%）和细胞周期（|NES|＞1且FDR＜25%）显著关联。综上，确定了调控山羊绒生长的关键通路Hippo信号通路，在组学水平从基因集角度解析了调控山羊绒生长的mRNA和lncRNA的共表达调控关系，为进一步研究外源褪黑素促山羊绒生长的机制提供参考。
关键词： 绒山羊皮肤 褪黑素 RNA测序 Hippo信号通路 候选基因集
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燕麦种质资源抗倒伏及生物学性状的差异评价
《麦类作物学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了筛选燕麦抗倒伏种质资源，对111份国内外燕麦种质材料的12个性状及倒伏指数进行多样性分析，并对其表现进行综合评价。结果表明，参试材料具有丰富的多样性，遗传多样性指数平均为1.99,各性状的变异系数由高到低依次为主穗粒重（49.22%）、主穗粒数（41.76%）、纤维素含量（36.67%）、抗折力（35.28%）、抗刺穿力（26.06%）、主穗小穗数（25.98%）、茎基部第二节间壁厚（25.79%）、百粒重（24.92%）、茎基部第二节间长（22.86%）、主穗长（19.65%）、茎基部第二节间茎粗（16.06%）、株高（13.69%）;倒伏指数与株高、茎基部第二节间长均呈极显著正相关，与抗折力、抗刺穿力均呈极显著负相关。通过通径分析，株高对燕麦倒伏指数影响最大。经主成分分析，前5个主成分对变异的累计贡献率达81.724%,其中前三个主成分分别为主穗因子、茎秆机械强度因子和株高因子。通过聚类分析将供试种质划分为4类，其中第I类种质群抗倒伏能力较强，可作为抗倒伏燕麦育种的亲本。
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内蒙古阿尔山地区全沟硬蜱新塔拉塞维奇立克次体及北极内罗病毒复合感染情况调查
《现代预防医学 》 2023 北大核心
摘要：目的 了解内蒙古阿尔山地区全沟硬蜱(Ixodes persulcatus)携带蜱媒病原体的群落组成及新塔拉塞维奇立克次体(Candidatus Rickettsia tarasevichiae,CRT)和北极内罗病毒(Beiji nairovirus,BJNV)的复合感染情况.方法 在阿尔山市白狼镇采集游离蜱,进行形态学和分子生物学鉴定,对含有未知病原体的蜱类样本提取总RNA后进行宏转录组高通量测序(metagenomic next generation sequencing,mNGS).根据测序结果选取病毒及细菌属水平丰度较高的新发致病病原体进行感染及复合感染情况调查.通过逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)方法检测蜱体内CRT和BJNV的感染情况.对序列测序结果进行同源性和系统进化关系分析.结果 本研究共采集蜱虫617只,均为全沟硬蜱.高通量测序结果显示细菌组成在属水平上,立克次氏体属(Rickettsia)丰度最高,约为77%;在种水平上,加拿大立克次体(Rickettsia canadensis)丰度最高,约为25%,CRT丰度为约1%.病毒组成在属水平上,正内罗病毒属(Orthonairovirus)丰度最高,约为60%;在种水平上BJNV丰度最高,约为45%.在样本中检测出CRT和BJNV感染,池阳性率(pool positivity rate,PPR)分别为96.15%和88.46%,且存在复合感染现象,最低复合感染率(minimum infection rate,MIR)为3.72%.结论 本研究通过宏转录组揭示了阿尔山地区游离的全沟硬蜱微生物群落中活跃物种的组成,首次证实该地全沟硬蜱中存在CRT以及BJNV复合感染现象.因此,应评估在该地区CRT和BJNV对公共卫生的潜在风险,并加强新塔拉塞维奇立克次体病和BJNV引发疾病的疫情监测.
关键词： 全沟硬蜱 新塔拉塞维奇立克次体 北极内罗病毒 复合感染 宏转录组
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基于GWAS分析的马铃薯主茎数和单株结薯数候选基因挖掘研究
《西北农林科技大学学报(自然科学版) 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]筛选与马铃薯主茎数和单株结薯数显著关联的单核苷酸多态性(SNP)位点并挖掘候选基因,为高产马铃薯分子育种提供基因资源.[方法]以 251 份马铃薯核心种质为材料,于 2018-2019 年在马铃薯主产区 4个试验点共 8 个环境下对其主茎数和单株结薯数进行表型鉴定;提取 251 份马铃薯种质的 DNA,并采用高通量 Illu-minaHiSeqTM 对DNA进行测序及处理,获得高质量 SNP 标记,在此基础上,结合表型性状进行全基因组关联(GWAS)分析,对显著关联的 SNP位点所在区域的候选基因通过 NR、Swiss-port、KEGG、GO 等 4 个数据库进行功能注释.[结果]2018-2019 年的检测结果表明,在环境和基因型互作下,251 份马铃薯种质间主茎数与单株结薯数有广泛的表型变异.共获得 1 209 969 个高质量 SNP位点,其中与主茎数显著关联的 SNP位点有 7 个,共挖掘到 19 个候选基因,其中在 3 个以上环境重叠的候选基因有 9 个,其可能编码半乳糖醛酸转移酶、转录因子 MYB、赤霉素 3-β-双加氧酶及细胞色素P450;与单株结薯数显著关联的SNP位点有 13 个,共挖掘到 33 个候选基因,去掉 2 年间重叠的4 个候选基因,实际共关联到 29 个候选基因,其中在 3 个以上环境下重叠的候选基因有 11 个,其可能编码果糖-1,6-二磷酸醛缩酶、生长素响应因子 IAA13、转录因子 WRKY、b HLH113 及 MADS-box.[结论]在 2 年 8 个环境下共鉴定出 20 个与马铃薯主茎数和单株结薯数显著相关的 SNP位点,挖掘到 48 个候选基因.
关键词： 马铃薯育种 主茎数 单株结薯数 全基因组关联分析 候选基因挖掘
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金黄色葡萄球菌对奶牛中性粒细胞PGE2的分泌及其合成酶COX-2和mPGES-1的影响
《中国兽医科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了阐明金黄色葡萄球菌感染奶牛中性粒细胞过程中炎症介质PGE2 分泌的变化及机制,本试验以体外培养的奶牛中性粒细胞为研究对象,应用金黄色葡萄球菌对其进行感染,采用RT-PCR、Western-blot检测COX-2、mPGES-1 基因和蛋白的表达,ELISA检测细胞上清PGE2 的分泌量.结果显示,与空白对照组(CON)相比,金黄色葡萄球菌(SA113)组感染奶牛中性粒细胞中COX-2、mPGES-1 基因和蛋白的表达明显增高(P<0.001),细胞上清中PGE2 的分泌量在感染后第 3 小时无明显变化(P>0.05),但在第 6 小时和第 9小时分泌量明显上升(P<0.05,P<0.01),在第 12 小时和第 24 小时分泌量极显著升高(P<0.001).为进一步证明COX-2和mPGES-1是否对PGE2 的分泌产生影响,本试验加入COX-2抑制剂CAY10404和mPGES-1抑制剂MF63,使用ELISA和RT-PCR 检测细胞上清中PGE2 的分泌和细胞中PGE2 基因的表达.结果显示,在感染后第12小时和第24小时与金黄色葡萄球菌(SA113)组相比,加入CAY10404、MF63和同时加入CAY10404、MF63 抑制剂时细胞上清和细胞中PGE2 的分泌及其基因的表达明显降低(P<0.001).结果表明:在 24 h内金黄色葡萄球菌感染奶牛中性粒细胞过程中COX-2 和mPGES-1 合成酶的基因和蛋白的表达及炎症介质PGE2 的分泌都是随着细菌感染时间的增加逐渐升高且PGE2 的合成和表达受COX-2 和mPGES-1 合成酶的影响.本试验证明了金黄色葡萄球菌可通过提高奶牛中性粒细胞COX-2 和mPGES-1 合成酶的表达进而促进炎症介质PGE2 的分泌.
关键词： 奶牛中性粒细胞 金黄色葡萄球菌 前列腺素E2 环氧合酶2 膜结合型前列腺素E2合酶1
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不同碳源培养条件下黑木耳菌丝代谢组分析
《北方园艺 》 2023 北大核心
摘要：以不用碳源培养条件下的黑木耳菌丝为试材，采用液相色谱-质谱联用仪（LC-MS）技术对黑木耳菌丝进行非靶向代谢组学分析，研究了不同碳源处理对黑木耳菌丝代谢物的影响，以期为黑木耳菌丝降解碳源机理提供参考依据。结果表明：基于主成分分析（PCA）,样本间差异明显；基于偏最小二乘判别分析结果共鉴定出588个代谢物；通过对显著代谢物进行筛选（P＜0.05）共得到66个差异代谢物，主要包括氨基酸及其衍生物、不饱和脂肪酸、有机酸及其衍生物、有机化合物、酚类、脂类、萜类等多种化合物。基于KEGG通路分析，将差异代谢物注释到21个代谢通路，其中7条显著富集的通路（P＜0.05）。
关键词： 黑木耳菌丝 液相色谱-质谱联用 代谢组学 通路分析
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应用CNCPS体系评价内蒙古地区9种非常规饲料的营养价值
《饲料研究 》 2023 北大核心
摘要：试验通过康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系（CNCPS）分析计算了藜麦青贮、葫芦籽皮、莜麦草、玉米糖渣、甜菜丝、酒精浆、玉米芯、褐草、浆麦草等9种内蒙古地区非常规饲料的蛋白质和碳水化合物营养价值,旨为丰富我国内蒙古地区非常规饲料资源利用数据库提供参考。结果显示,从结构性碳水化合物的质量进行评价,葫芦籽皮质量最好,莜麦草和甜菜丝次之,浆麦草较差。从非结构性碳水化合物的可利用率方面进行评价,褐草最好,酒精浆、甜菜丝、藜麦青贮较好,葫芦籽皮和浆麦草最差。从真蛋白质含量结合不可利用氮（PC）以及反刍动物瘤胃利用程度比较,褐草、浆麦草、玉米糖渣的营养价值较高,藜麦青贮、莜麦草和甜菜丝次之,葫芦籽皮和玉米芯较差。研究表明,9种非常规饲料的碳水化合物和蛋白质组分均有较大差异,作为反刍动物饲料时应根据实际情况测定,合理搭配。
关键词： 康奈尔净碳水化合物-蛋白质体系 营养成分 饲料 碳水化合物 蛋白质
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基于小米淀粉颗粒结构评价小米粥适口性
《食品科学 》 2023 EI 北大核心 CSCD
摘要：为探究小米淀粉颗粒结构与小米粥适口性之间的关系,本实验选取10个品种的小米煮制小米粥,首先以小米粥的适口性作为区分依据,分析相应小米淀粉的颗粒结构特点;然后依据相关性评价小米淀粉颗粒结构对小米粥适口性的影响程度;最后通过逐步回归分析建立小米粥适口性预测模型.结果表明,小米淀粉小粒占比多、极小粒占比少、累积吸附孔体积小,则糊化终止温度更低、糊化更快,小米粥适口性好.小米淀粉的直链淀粉含量、淀粉凝胶硬度以及糊化温度范围与小米粥的各项适口性得分呈极显著负相关(P<0.01),而淀粉凝胶黏性、弹性、黏聚性、胶黏性、咀嚼性、回复性以及初始糊化温度与小米粥的各项适口性均呈显著或极显著正相关(P<0.05、P<0.01).小米淀粉颗粒结构主要通过影响关键理化性质从而间接影响小米粥的适口性,其中,小米淀粉的小粒比例与糊化终止温度呈极显著负相关(P<0.01),与糊化温度范围呈显著负相关(P<0.05);中粒比例与糊化终止温度呈极显著正相关(P<0.01);大粒比例与小米淀粉的水分结合能力呈极显著正相关(P<0.01).小米粥适口性预测模型参数由小米淀粉的凝胶黏聚性、直链淀粉含量、极小粒占比、糊化温度范围以及累积吸附表面积组成,预测得分与综合评分的相关系数达到0.998(P<0.01).上述结果可为我国适宜蒸煮加工小米的优选提供理论依据.
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大麦新品种蒙啤麦5号丰产稳产适应性分析及应用评价
《新疆农业科学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：[目的]研究大麦新品种蒙啤麦5号生产应用价值,为其大面积推广应用提供有利数据支撑.[方法]利用蒙啤麦5号多年多点区域试验及生产试验数据,采用比较分析法、高稳系数法、基因型分组法以及适应性参数法分析其丰产稳产及适应性,并结合产量相关性状通径分析研究产量要素间相关关系.[结果]在生产示范中,蒙啤麦5号平均产量4 395.2 kg/hm2,较对照平均增产19.5%,增产点率达87.5%;在两年区域试验中,高稳系数最大,变异系数最小,适应性参数小于1,千粒重为53.8 g,饱满粒93.45%,发芽率为98%,麦芽浸出物80%,库尔巴哈值40.5%,糖化力435 WK,a-氨基酸153 mg/100g;在产量构成因素中,单株粒数(0.667)对产量直接影响最大,其次为有效穗数(0.543)及千粒重(-0.41),单株粒数及有效穗数对蒙啤麦5号产量形成具有正向效应,而千粒重对产量形成具有负向效应.[结论]蒙啤麦5号丰产稳产性好、适应性强,品质指标达到国家优质啤酒大麦标准,适宜在内蒙古中东西部及生态条件相类似的春麦区推广种植,生产应用中应尽量增加基本苗,但要注意栽培密度以防倒伏,在分蘖期及时施肥浇水促进有效分蘖增多.
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