科研产出
猪CRTC2基因的分子生物学特征及其功能预测分析
《中国农业大学学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：为分析猪CRTC2基因分子生物学特征及其功能，本研究通过生物信息学方法对猪CRTC2(CREB regulatedtranscriptioncoactivator2)基因进行功能预测，并对CRTC2基因的非同义单核苷酸多态性（Nonsynonymous single nucleotide polymorphisms,nsSNPs）位点进行分析，同时采用qRT-PCR方法检测其在猪不同组织中的表达情况。结果表明：1）猪CRTC2基因转录本CRTC2-202(ENSSSCT00000007195)对应的基因座上存在190个SNPs，在编码区（Coding sequence,CDS）存在10个错义突变（nsSNPs），其中rs709245010位点导致第148位的脯氨酸（P）被亮氨酸（L）替代（P148L），该突变位点会降低蛋白质的稳定性，从而影响其结构和功能。2)CRTC2的CDS区的m6A修饰位点预测结果显示，其不存在m6A修饰。3)CRTC2基因的序列保守性和蛋白质二级结构稳定性预测结果显示，P148L突变对CRTC2编码蛋白质的α螺旋、β转角等二级结构产生一定影响，分析其可能是影响猪脂肪沉积和代谢的重要潜在功能性位点。4）对与CRTC2互作的基因和蛋白质分别进行KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析，结果显示富集到胰高血糖素信号通路和Wnt信号通路等多条与脂肪沉积和代谢相关的通路。5)qRT-PCR结果表明，CRTC2在长白猪的肝脏、腹脂和背脂中表达量显著高于其他组织（P<0.05）。综上，本研究表明猪CRTC2基因上的rs709245010错义突变（P148L）可能会影响蛋白质结构和功能，且该基因可能在猪脂肪沉积和代谢过程中发挥重要作用。本研究为探究猪CRTC2基因功能提供参考依据，为进一步解析脂肪沉积和脂质代谢机制提供研究思路。
关键词： 猪 CRTC2基因 生物信息学分析 脂质代谢 功能预测
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屯昌猪及其不同杂交组合MC1R基因型鉴定
《黑龙江畜牧兽医 》 2025 北大核心
摘要：为了鉴定屯昌猪及其不同杂交组合的黑色素皮质受体1（MC1R）基因的遗传变异与毛色表型之间的关联，试验以1月龄体重为4.5 kg的20头屯昌猪（上黑下白）、25头杜屯猪（黑色）、25头川杜屯猪（5头黑色、10头红色、10头白脚黑背）为研究对象，利用PCR扩增和Sanger测序法对屯昌猪及其不同杂交组合MC1R基因型进行鉴定，并与其他毛色猪种的MC1R基因序列进行比较分析。结果表明：以海南野猪、大黑猪和杜洛克猪MC1R基因型作为参考序列时，屯昌猪、杜屯猪、川杜屯猪MC1R基因序列中共鉴定到8个编码区（conding region, CDS）突变，以欧洲野猪MC1R基因型作为参考序列时，发现了一个新的错义突变g.255G>A（V85H）,突变率为15%;以杜洛克猪MC1R基因型作为参考序列时，在非翻译区（non-translation region, UTR）鉴定到7个UTR突变，与我国其他地方猪种进行比较时，5′UTR区差异较小，3′UTR区差异较大。屯昌猪、黑色川杜屯猪和白脚黑背川杜屯猪的MC1R基因型为纯合ED1,杜屯猪和红色川杜屯猪的MC1R基因存在ED1和e两种基因；红色川杜屯猪与带有黑色毛的猪在95密码子、102密码子和5′UTR的突变频率表现出较大差异，说明MC1R基因CDS和UTR区是关联的，MC1R基因能影响屯昌猪杂交组合的毛色。
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嘉积鸭APOC3基因多态性与生长性状关联分析
《西南农业学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]筛查嘉积鸭载脂蛋白C3(APOC3)基因潜在的单核苷酸多态性(SNPs)位点,并分析其与生长性状的关联性,为嘉积鸭分子选育提供理论支撑.[方法]以嘉积鸭为研究对象,利用PCR扩增和直接测序法检测APOC3基因SNPs,并进行遗传多样性分析;采用SPSS对不同多态位点所对应的基因型与体尺指标进行相关性分析;利用HaploView软件分析APOC3基因SNPs的连锁不平衡和单倍型;通过NAfold WebServer软件预测不同基因型的mRNA二级结构.[结果]在嘉积鸭的APOC3基因中共发现11个SNPs,其中4个位于5'UTR,1个位于2号外显子中且为同义突变,其他6个为内含子突变,均存在3种基因型.其中,仅有3个SNPs 即 g.6555762G>A、g.6555842G>A、g.6555964C>T 符合 Hardy-Weinberg 平衡(P>0.05).SNPs 多态位点与体重体尺关联分析结果表明,具有显著关联(P<0.05)的是2个SNPs位点(g.6555465G>A、g.6555516G>A)与龙骨长,1个SNP位点(g.6555516G>A)与胫长,2 个 SNPs 位点(g.6555632C>T、g.6555640C>A)与体重,2 个 SNPs 位点(g.6555762G>A、g.6555842G>A)与胸深,1 个 SNPs 位点(g.6555842G>A)与体斜长,1 个 SNPs 位点(g.6555964C>T)与胫围.g.6555513C>T 和 g.6555516G>A存在强连锁关系,形成3种单倍型,即H1(CA)、H2(CG)、H3(TG).g.6555465G>A和g.6555494G>A位点的突变导致mRNA最小自由能升高,降低了 mRNA二级结构稳定性,其余3个位点的突变降低了最小自由能,增加了二级结构稳定性.[结论]嘉积鸭APOC3 基因的 7 个 SNPs(g.6555465G>A、g.6555516G>A、g.6555632C>T、g.6555640C>A、g.6555762G>A、g.6555964C>T、g.6555842G>A)对体重、体斜长等生长指标具有显著影响,可作为嘉积鸭选育的候选标记.
关键词： 嘉积鸭 APOC3基因 生长性状 单核苷酸多态性 关联分析
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鸡毒支原体和鸡滑液囊支原体的双重PCR检测方法建立及其在海南文昌鸡主养区感染情况调查
《畜牧与兽医 》 2025 北大核心
摘要：皆在建立快速精准检测鸡毒支原体(MG)和鸡滑液囊支原体(MS)的双重PCR方法，并利用该方法检测分析海南文昌鸡主要养殖地区MG和MS感染现状及流行特点。针对MG mgC2基因和MS vlhA基因的保守序列，分别设计引物并合成，通过对反应条件及程序的优化，建立MG、MS双重PCR检测方法；对所建方法进行灵敏性、特异性及重复性验证，同时与国家农业行业标准进行比较，验证其准确性。应用所建方法对海南文昌鸡主要养殖地区采集的1 510份未免疫MG、MS疫苗的文昌鸡咽喉拭子进行病原学检测。结果显示：建立的双重PCR检测方法对MG、MS的最低检测限度均达到2.1×10～2拷贝/μL;与新城疫、马立克氏病、传染性法氏囊病和传染性喉气管炎等4种鸡常见病的病原不发生交叉反应；与国家农业行业标准发布的MG、MS单一PCR方法检测结果的符合率分别达到100%与98.83%;病原学检测结果显示，海南文昌鸡主要养殖地区MG的感染率为11.79%(95%CI:10.16%～13.42%),MS的感染率为25.96%(95%CI:23.75%～28.17%),MG和MS的混合感染率为7.42%(95%CI:6.10%～8.74%);MG和MS在春季高发，以中型规模养殖场和成年鸡感染情况最为严重，商品代肉鸡的阳性率最高。结果表明，本研究建立的MG、MS双重PCR检测方法具有良好的敏感性、特异性、稳定性和准确性，可应用于临床样本的检测；当前海南省文昌鸡主要养殖地区存在MG、MS感染，应加强防控。
关键词： 鸡毒支原体 鸡滑液囊支原体 双重PCR 病原学 文昌鸡
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不同基肥及施用量对设施大棚土壤养分和微生物的影响
《热带作物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：有机肥能有效提高设施栽培土壤肥力、微生物多样性及其代谢活性，能有效缓解设施大棚生产存在的水热失衡、土壤次生盐渍化、酸碱失调、微生物多样性降低、养分供应不足等问题，然而，目前有机肥研究对象多为露地和大田作物，且多使用动物粪便有机肥。本研究选用海南椰糠有机肥和生物酵素·活性菌肥为底肥，利用高通量测序技术，研究不同底肥及其用量对设施大棚土壤养分和微生物变化的影响，以筛选土壤改良的有效施肥方法。结果表明：（1）14 286 kg/hm2椰糠有机肥施用量在提升土壤pH、有机质、全氮、有效磷和速效钾方面效果显著；生物酵素·活性菌肥在土壤全氮、有效磷和速效钾等指标上具有改善作用，但整体效果弱于椰糠有机肥；CK的各项指标普遍低于种植前水平。（2）种植后的土壤细菌OTUs数量普遍下降，但有机肥处理，尤其是生物酵素处理可部分恢复或提升微生物多样性，椰糠有机肥更利于根瘤菌目（Rhizobiales）、拟青霉属WSH L07（Paecilomyces sp. WSH L07）等有益菌群增殖；生物酵素·活性菌肥对鞘氨醇单胞菌目（Sphingomonadales）、红螺菌目（Rhodospirillales）及土曲霉（Aspergillus terreus）的丰度提升效果更好。总体而言，不同基肥及施用量对土壤微生物的基本种类影响不大，但对丰度的影响较明显，椰糠有机肥及施用量为14 286 kg/hm2时，对设施大棚土壤肥力的改良效果较好。
关键词： 16S rRNA 土壤微生物 基肥 椰糠有机肥 设施大棚
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基于地表能量平衡模型的海南橡胶林蒸散发研究
《热带作物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：蒸散发作为能量平衡和水文循环的重要组成部分，不仅在生态系统稳定和水资源管理中发挥重要支撑作用，更是衡量农业用水效率的关键指标。获取高时空分辨率的数据可以揭示蒸散发的动态变化规律，对分析生态及水文过程具有重要意义。以海南省儋州市橡胶林为研究区域，本研究基于通量塔观测气象数据日值及对应时期的Landsat 8遥感影像10景，通过地表能量平衡模型方法（surface energy balance system, SEBS）对2022年橡胶林日蒸散发进行反演，并利用涡度相关法对反演结果进行精度验证。结果表明：橡胶林日蒸散发的SEBS模拟值与涡度相关实测值具有较好的相关性（R2=0.88, RMSE=0.55, RE=18.95%）。研究区日均蒸散量干湿季差异明显，表现为湿季显著高于干季，其中7月31日的日均蒸散发最大为4.40mm,1月28日和3月9日的日均蒸散发值最小，均为1.38mm。由于Landsat8遥感影像反演的蒸散发受植被覆盖程度及空间异质性等的影响，距通量塔不同距离范围的橡胶林蒸散发具有不同的反演精度结果，总体表现为SEBS模型对距通量塔1.5 km区域面积的橡胶林蒸散发反演精度最高（RMSE=0.53, RE=18.08%），对距通量塔1.0km区域面积的橡胶林蒸散发反演精度最低（RMSE=0.65, RE=22.26%）。总体而言，本研究揭示了人工橡胶林蒸散发变化规律，研究结果为蒸散发数据集时空分辨率的提高提供参考，有助于橡胶林水资源合理规划与调控政策的制定。
关键词： 蒸散发 橡胶林 SEBS 涡度相关 Landsat 8
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采后龙眼不同货架期真菌多样性及毒素测定分析
《食品与机械 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]探究采后龙眼不同货架期真菌群落结构差异及真菌毒素污染情况。[方法]采用Illumina MiSeq高通量测序技术对采后龙眼室温（25℃）及冷藏贮藏（4℃）下真菌多样性进行分析。同时利用超高效液相色谱—串联质谱法对龙眼样本进行44种真菌毒素的含量分析，识别毒素风险危害。[结果]随着货架期的延长，采后龙眼果实在室温贮藏过程中真菌多样性和丰富度呈先上升后下降的趋势，而冷藏贮藏过程中则呈先升高后降低再升高的变化趋势。在属水平上，室温贮藏中（1～2 d）、后期（6～7 d）优势菌属为毛色二孢属（Lasiodiplodia），相对丰度为77.55%～99.46%。冷藏贮藏中（10～18 d）、后期（21～24 d）优势菌属为假丝酵母属（Candida）和有孢圆酵母属（Torulaspora），相对丰度分别为78.22%和12.62%。毒素测定分析结果显示，在室温及冷藏贮藏过程中均未检测到真菌毒素。[结论]采后龙眼样品在室温及冷藏贮藏条件下，果肉部分受真菌毒素的污染风险较低；龙眼果实货架期腐烂变质主要由毛色二孢属侵染引起，冷藏贮藏条件下龙眼货架期的延长，主要原因是毛色二孢属的生长受到抑制。
关键词： 龙眼 高通量测序 多样性 超高效液相色谱—串联质谱法 真菌毒素
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不同时间段补光在海南阳光玫瑰葡萄上的应用效果比较
《中国果树 》 2025 北大核心
摘要：为了探讨不同时间段补光对海南省冬春季节阳光玫瑰葡萄生长发育的影响，设置傍晚补光（18:00—21:00）、午夜补光（23:30—2:30）和凌晨补光（3:30—6:30）3个不同时间段补光处理，以不补光为对照，测定和分析不同处理下葡萄枝梢状态、叶片质量、果实产量和品质等相关指标，并进行相关性分析和主成分分析。结果表明：3个补光处理的葡萄枝梢长度、粗度、节数以及叶片数量和叶片质量等指标均显著优于对照，补光处理的单株产量为对照的4～5倍，其中傍晚补光产量最高（14.26 kg），午夜补光次之（13.85 kg），凌晨补光最低（13.17 kg）；补光处理还可以显著提高单穗重和单穗果粒数，改善果实品质，提高果实的商品性；不同补光处理之间的差异未达到显著水平，说明午夜补光中断夜长与凌晨补光、傍晚补光延长日长具有相似的效果。相关性分析和主成分分析结果显示，补光处理促进葡萄枝梢和叶片的生长，为葡萄产量和品质的形成提供了良好的营养保障和物质基础。研究结果将为海南热区冬春季节葡萄生产技术瓶颈的突破和补光技术的进一步优化提供有效参考。
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槟榔黄化病叶际微生物群落结构与多样性
《微生物学报 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确叶际微生物对槟榔黄化病APV1 病毒入侵的响应,为槟榔叶际微生态的研究、优异生防资源的挖掘及槟榔黄化病的绿色防控提供理论依据和技术支持.[方法]分别采集健康、轻度发病及重度发病槟榔叶片,通过高通量测序技术和生物信息学方法比较叶际微生物的群落结构与多样性并分析功能差异.[结果]槟榔叶际优势细菌门为放线菌门(Actinobacteriota)、变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteriota)、厚壁菌门(Firmicutes)和黏球菌门(Myxococcota),优势真菌门为子囊菌门(Ascomycota)和担子菌门(Basidiomycota).随着发病程度的增加,槟榔叶际细菌丰富度先升后降,真菌丰富度先降后升;细菌和真菌多样性均呈先升后降的趋势.厚壁菌门(Firmicutes)和担子菌门(Basidiomycota)作为轻度发病槟榔的标志物种,其相对丰度与α多样性变化趋势一致.健康与不同发病程度槟榔叶际微生物功能均发生了不同程度的变化,其中重度发病槟榔的环境信息处理功能显著高于健康槟榔;共生营养型(symbiotroph)的相对丰度极显著高于健康槟榔.[结论]槟榔黄化病显著改变了叶际微生物群落结构与多样性,且在发病初期变化较大,说明槟榔可能通过招募有益微生物、调控细胞代谢、生化反应、进行自身免疫等方式来抵御APV1 病毒侵染.
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气候变化背景下全球荔枝潜在地理分布模拟预测
《中国农业气象 》 2025 北大核心 CSCD
摘要：基于全球荔枝分布记录、基准时期（1970-2000年）和未来时期（2050s和2090s）不同气候情景的环境变量，利用优化后的MaxEnt最大熵模型分析影响荔枝分布的主要环境变量并预测其潜在地理分布，以期通过预测气候变化对全球荔枝分布格局的影响，为荔枝产业可持续发展提供理论依据。结果表明：（1）影响荔枝分布的最主要环境变量是最冷季度平均温度（bio11），其次是最暖季度降水量（bio18）和最湿季度降水量（bio16）,bio11、bio18和bio16在分布概率Q≥50%的变化范围分别为11～22℃、487～1875mm和554～2052mm。（2）相较于基准期，未来时期荔枝潜在分布格局主要变化区域为中国和印度，不同时期荔枝中、高适生区主要分布在中国华南地区，其次为印度和越南，中国华南地区拥有全球最大的高适生区。（3）未来时期，中国华南地区荔枝适生区将向高纬度地区扩张，特别是在SSP5-8.5情景下2090s（2081-2100年）荔枝高、中和低适生区将分别向北扩张2、4和6个纬距；而在同时期同情景下印度的适生区会向西扩张15个经距。（4）在SSP2-4.5情景下，未来时期荔枝总适生区面积显著增加，增加区域主要是低适生区；在SSP5-8.5情景下，荔枝低、中适生区面积表现为减少，其中2090s的低适生区面积最小，但其高适生区面积达到最大，为154.6×10～4km2。（5）全球荔枝分布质心向高纬度偏移，以SSP5-8.5情景下2090s的偏移距离最长，纬度跨度最大。综合分析表明，全球气候变暖造成荔枝适生区北扩，但极端气候事件的频发也对荔枝生境带来严峻挑战，选育气候适宜性广，高抗逆性的优良品种是荔枝产业持续发展的关键。
关键词： 气候变化 荔枝 MaxEnt模型 环境变量 地理分布
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