科研产出
贵州多花木兰根际溶磷菌株的鉴定及代谢组学分析
《西北农业学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为了研究溶磷菌如何响应和应对缺磷,将难溶性磷转变成可溶性磷的机制.利用贵州多花木兰根际土壤分离筛选获得溶磷菌株PD19-4,设置无磷(CK)、难溶性磷(UP)和可溶性磷(SP)3 种磷元素条件下培养,并采用 LC-MS/MS 代谢组学方法分析其在不同磷元素条件下培养产生的差异代谢物.经形态学鉴定、理化特性比较和 16S rDNA序列比对 NCBI数据库,发现PD19-4 与巴氏假单胞菌(Pseudomonas baetica)最相似,且同源性达 99.65%.代谢组分析发现:(1)菌株代谢物共鉴定出 253 个.CU(CK∶UP)、CS(CK∶SP)和US(UP∶SP)中差异显著下调的代谢物有 68、101 和 108 个.代谢物中有机酸类、氨基酸类、碳水化合物和核苷酸类差异物最多;(2)与CK相比,UP和 SP中共同上调较明显的代谢物有磷酸糖类D-甘露糖 6-磷酸、D-木酮糖-5-磷酸和核酮糖-5-磷酸类物质,且仅在 UP 中最活跃的代谢物是 D-葡萄糖-6-磷酸和 2-脱氧核糖 1-磷酸.与 UP 相比,CK 和 SP 中有机酸类精氨基琥珀酸差异倍数较大且相反,分别为 17.28 log2FC 和-17.28 log2FC;(3)KEGG注释和富集,与 SP相比,CK和 UP都共同富集在精氨酸、脯氨酸代谢、缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸代谢途径、碳代谢、磷酸戊糖途径及 ABC转运体通路.仅在 US中富集的代谢通路有嘌呤代谢、氧化磷酸化、氨基糖和核苷酸糖代谢.综合以上,溶磷菌株从可溶性磷转到难溶性磷环境中,主要通过增加有机酸类和氨基酸类代谢物,同时增强嘌呤代谢、氧化磷酸化、氨基糖和核苷酸糖代谢及磷酸戊糖途径来提高溶磷性.
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猕猴桃溃疡病菌不致病菌株G230的鉴定及形成原因分析
《植物保护学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：为探索田间猕猴桃溃疡病菌Pseudomonas syringae pv. actinidiae(Psa)致病力丧失的分子机制，针对从猕猴桃果园中分离获得的1株不致病菌株G230，通过特异性引物检测和多基因序列分析明确其分类地位，并设计引物检测其是否由已知遗传变异引起，通过比较基因组学、基因表达、超敏反应和荧光素酶报告菌株检测确定引起菌株G230致病力丧失的原因。结果表明，不致病菌株G230为Psa生物型3(Psa3)，其致病缺陷不是由已报道的遗传变异引起；基于基因组比较分析发现菌株G230中的hrpS基因被转座子ISPsy36插入破坏，导致Ⅲ型分泌系统（type Ⅲ secretion system,T3SS）不能正常表达；而在不致病菌株G230中表达hrpS基因后能恢复其T3SS功能，使其具备致病能力及激发非寄主超敏反应的能力。表明转座子ISPsy36插入hrpS基因内部可以破坏Psa的T3SS功能进而使其丧失致病力，这是自然条件下Psa3丧失致病力的一种新型机制。
关键词： 猕猴桃溃疡病 致病性 转座子 Ⅲ型分泌系统 hrpS基因
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少数民族地区农户人居环境治理参与行为的影响因素研究-基于黔东南州533个农户调研数据
《干旱区资源与环境 》 2023 北大核心 CSCD CSSCI
摘要：实施农村人居环境治理是乡村振兴的重要内容,也是满足人民美好生活夙愿的现实需要.文中通过构建农户人居环境治理参与行为的测量维度,围绕农户个体特征、家庭特征和村庄特征,利用黔东南州533个农户调查数据从微观视角分析了少数民族地区农户人居环境治理参与行为的影响因素.研究发现:1)在村生活时间对农户人居环境治理参与行为具有显著促进作用.2)学历越低、家庭年收入越少、需求程度越低和信息公开越少反而农户参与行为发生概率越高.3)农户身体越健康、家庭离村委会越近、家中耕地面积越多、对治理项目了解程度越高、越认可人居环境治理和社会关系网络越好,则农户参与行为发生概率越高.综合看来,少数民族地区农户人居环境治理参与行为的影响因素是多方面且复杂的,治理需同农村文化习俗、经济水平和地理条件相协调,同农户实际需求相适应.
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百脉根WRKY基因家族生物信息学分析
《分子植物育种 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：WRKY转录因子是一个超家族的调节因子，参与植物的多种生物过程和逆境胁迫反应。然而，在百脉根中对WRKY家族还没有相关的研究。本研究共鉴定出79个LjWRKYs基因，它们不均匀分布在各染色体上的基因位点编码，与拟南芥At WRKYs进行系统发育分析，分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类。保守基序和外显子-内含子数目表明79个LjWRKYs在不同亚簇中均具有较大的差异，顺式作用元件结果显示在上游2 000 bp启动子区域包含多种逆境胁迫、激素和生长发育相关的元件。共线性结果有36对片段复制和1对串联重复复制共线性基因，且Ka/Ks均小于1。本研究通过分析百脉根WRKY基因家族的基本结构与性质，为深入研究百脉根WRKY基因家族提供了基础。
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水稻温敏型叶色突变体tsa58的变异检测及转录组分析
《种子 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：利用60Co辐射诱变贵州地方粳稻种质资源“桥港珍珠米”,筛选获得一个温敏型叶色突变体tsa58（temperature-sensitive albino 58）,该突变体在20℃和30℃条件下培养，幼苗存在显著的叶色差异。在20℃条件下，tsa58叶片呈现完全白化；在30℃条件下，tsa58叶色与野生型无明显差异。在20℃条件下，与野生型相比，tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量降低幅度最大，均达到极显著差异水平；在30℃条件下，与野生型相比，tsa58叶片的总叶绿素、叶绿素a、叶绿素b和类胡萝卜素含量均与野生型无显著差异。为了明确该突变表型的候选基因，采用二代高通量测序技术对突变体tsa58和野生型进行全基因组变异分析。研究发现，在定位区间内的20878044～21473236间发生了INV（倒置）结构变异，其位点21473236位于Os02g0565400的外显子上。转录组分析结果表明，该基因在野生型中存在TSS、TTS、AE等3种剪接类型，并存在5个不同的剪接位点，而突变体tsa58未检测到可变剪接。由于该INV变异导致该基因的可变剪接类型发生变化，因此推测tsa58为Os02g0565400（WSL4）的新等位突变体。转录组差异基因分析表明，突变体tsa58与野生型的差异基因在核糖体最多，为27个，其中由叶绿体基因组编码的基因rps7、rpl32、rpl20和rps16均显著下调，而由细胞核基因组编码的基因中除OsRPL44显著下调外，其余基因均显著上调。
关键词： 水稻 温敏型叶色突变体 变异检测 转录组分析 辐射诱变
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杜仲EuERD16基因的克隆及功能分析
《基因组学与应用生物学 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：脱水诱导早期应答(Early Responsive to Dehydration, ERD)基因是在干旱胁迫下可以快速应答的基因。本研究克隆了杜仲(Eucommia ulmoides)EuERD16基因，对其进行生物信息学分析，采用实时定量PCR技术分析EuERD16基因在杜仲不同组织和胁迫下的表达情况，进而构建过表达载体，采用农杆菌介导法获得过表达EuERD16基因烟草(Nicotiana tabacum)植株，分析EuERD16基因在烟草中的抗旱功能。结果发现，EuERD16基因的CDS序列长度为387 bp，编码128个氨基酸，与拟南芥(Arabidopsis thaliana)AtERD16序列相似性较高，均为1个泛素单体(76个氨基酸)融合1个60S核糖体亚基L40(52个氨基酸)，属于泛素延伸蛋白亚族，该基因启动子区域含有光、干旱和低温等响应元件。在杜仲幼苗中，EuERD16基因在茎和根中表达较高，在成年期杜仲树中，EuERD16基因在3月、5月的雌雄叶和7月的雌果中表达较高，并受到20%PEG6000模拟干旱、蓝光和低温胁迫的信号诱导。干旱胁迫下，转EuERD16基因烟草比野生型烟草的萎蔫程度轻，且其CAT、SOD、POD酶活性和脯氨酸含量显著高于对照组的(P<0.05),H_2O_2、O_2~-和MDA含量显著低于对照组的(P<0.05)。结果表明EuERD16参与杜仲干旱胁迫反应，为进一步研究杜仲抗旱分子机制提供了参考。
关键词： 杜仲 EuERD16基因 泛素延伸蛋白 表达分析 干旱胁迫
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铁皮石斛新品种'贵斛1号'
《园艺学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：‘贵斛1号’是从贵州省兴义市南盘江流域的野生资源中系统选育出的铁皮石斛新品种。茎丛生，生长初期茎秆绿色，采收时多呈紫色。该品种在野外环境下具有较强的抗逆性和稳定的产量，从种植后的第4年开始，以45 000丛·hm-2核算，平均鲜条产量为1 829.7 kg·hm-2。11月至翌年3月为其最佳收获期，期间药用成分稳定，符合《中国药典》质量规定。
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鼠伤寒沙门菌伴侣蛋白Hfq与oppA mRNA 5′ UTR结合位点的预测与验证分析
《中国兽医学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：OppA与鼠伤寒沙门菌氨基酸和肽的摄取有着重要的关系，oppA mRNA是已验证受Hfq伴侣蛋白依赖型小RNA GcvB转录后调控的靶标，GcvB与oppA mRNA的作用机制已经确认，但Hfq与oppA mRNA之间的互作机制尚未明确。为明确Hfq与oppA mRNA潜在的作用位点，分析Hfq与oppA mRNA (ARN)n基序的作用关系。本研究利用5′-RACE验证oppA mRNA转录起始位点和oppA mRNA 5′UTR,使用Mfold软件预测oppA mRNA部分序列的二级结构并根据(ARN)_n基序的特征筛查oppA mRNA 5′UTR的ARN基序，利用λ-Red同源重组技术构建oppA mRNA不同(ARN)n基序敲除和突变的lacZ基因融合菌株，通过qRT-PCR试验和β-半乳糖苷酶试验的检测oppA的转录水平和蛋白表达量的变化。经验证oppA mRNA 5′UTR长度为159 bp,在oppA mRNA 5′UTR中预测到2个Hfq结合偏好型基序ARN-1和ARN-2。对ARN-1和ARN-2基序分别或同时敲除或点突变，oppA mRNA的转录水平和蛋白水平的变化呈现相似的结果。与Western blot相比，oppA基因转录和蛋白水平总体呈下调趋势。综上所述，经预测的ARN-1和ARN-2基序与Hfq转录后负调控oppA mRNA的作用机制无明显的关联，推测其为oppA mRNA翻译所需元件。
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芥菜SBP-box基因家族全基因组鉴定与表达分析
《东北农业大学学报 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：SBP-box作为植物特有转录因子家族,广泛参与植物生长发育调控与响应逆境胁迫.从芥菜全基因组中鉴定SBP-box基因家族,分析家族成员理化性质、序列特征、互作调控网络、进化关系及表达模式.结果表明,芥菜SBP-box共包含58个成员,均含有1个保守SBP结构域,启动子区域含有多种非生物胁迫响应与激素响应的顺式作用元件,BjuSBP-microRNA-靶基因构建复杂的调控网络,参与有机物生物合成、RNA代谢过程调控、花器官发育、营养相变化、细胞代谢调节等生物学过程.在低温胁迫下,BjuSBP1a、BjuSBP1b、BjuSBP1e、BjuSBP4l、BjuSBP4m等基因显著上调表达,在光胁迫下,大多数家族基因表达受抑制,其中BjuSBP1a、BjuSBP9d在两种胁迫下均上调表达,推断其在芥菜非生物胁迫应激反应中发挥功能作用,可作为培育芥菜抗逆新品种候选基因资源.
关键词： 芥菜 SBP-box转录因子 生物信息学 表达分析
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刺梨果汁类产品品质分析与综合评价
《化学试剂 》 2023 北大核心 CSCD
摘要：建立刺梨果汁类产品品质综合评价体系，为贵州刺梨加工产品推广宣传提供参考。以贵州不同地区生产的14份刺梨果汁产品为试材，测定了包含可溶性固形物、蛋白质、可溶性糖及可滴定酸在内的基础品质指标，以及6种有机酸和超氧化物歧化酶（Superoxide Dismutase, SOD）、类黄酮和总酚3种活性物质含量，对21个品质指标进行相关性、主成分分析及系统聚类。综合21个指标分析共获得4个主成分，累积贡献率达92.77%,包含了所检品质中绝大部分指标信息，建立了刺梨类果汁产品品质综合评价模型为F=0.640×F1+0.142×F2+0.090×F3+0.056×F4;在类间距离为18时，14份供试样品被聚为3类，第1类聚集了7份样品，其抗坏血酸、活性物质SOD、类黄酮和总酚以及元素含量较高，糖含量较低；第2类仅有1份样品，但其活性物质、可滴定酸和可溶性蛋白质含量最高；第3类聚集了其余6份样品，特点是固酸比、糖酸比较高，其余指标排名较为靠后。14份样品综合品质由高到低依次为：YPC＞JHJ＞YGT＞YAJ＞YGW＞YSY＞YSC＞YPT＞JPY＞JGS＞JPL＞JPS＞JSQ＞JSJ。
关键词： 刺梨果汁 品质指标 主成分分析 相关性分析 聚类分析
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