科研产出
基于COⅠ基因的龟鳖目动物鉴定与分类进化分析
《基因组学与应用生物学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为探索COⅠ基因条形码技术在龟鳖目物种分类与鉴定中的适用性,本研究应用通用引物PCR扩增获得龟鳖目动物9科26属45种共205个样品的634 bp COⅠ基因序列片段进行研究分析.结果显示,COⅠ基因在龟鳖目动物中存在少量的碱基插入和缺失,共计12种20个位点,物种占比34.28%;平均碱基含量(A+T)为55.42%,显著高于(G+C)的44.58%.通过Kimura's 2-parameter计算45个物种的种内遗传距离为0~0.023 98,平均为0.003 2;种间遗传距离为0.022 3~0.334 9,平均为0.1 637,种间平均遗传距离约为种内平均遗传距离的51.16倍;有3个物种的种内遗传距离大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0. 02,其中1个物种的种内遗传距离大于45个物种的种间最小遗传距离0.022 3.同科内不同属间及同目内不同科间的遗传距离分别为0.146 7、0.212 7,显示物种间遗传距离随着分类阶元的上升而逐步扩大.系统进化树聚类结果显示,不同个体依据亲缘关系程度不同分别聚为独立的一支,没有出现物种交叉分布,能准确反映个体间的亲缘关系.结果表明利用COⅠ基因鉴定龟鳖目物种具有可行性,但科内属间及以上分类阶元进化节点自展率不高,无法通过COⅠ基因明确其进化关系,须结合其他DNA指标加以确认.
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大口黑鲈池塘工程化循环水养殖系统的溶解氧时空变化及菌群响应特征
《水生生物学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：采用基于Illumina Miseq测序平台的高通量测序技术,从不同角度(密度、区域、溶氧、季节)分析大口黑鲈(Micropterus salmoides)池塘工程化循环水养殖系统中溶解氧和水温对细菌群落结构和丰富度的影响.结果表明:菌群丰富度在9月份最高,在10月份最低.在昼夜变化中,溶解氧最低时的菌群丰富度整体上高于溶解氧最高时.在不同区域中,粪便收集区的菌群丰富度高于养殖区.在7-11月份的季节变化中,变形菌、放线菌、拟杆菌和蓝细菌的相对丰度占据前四位;在属水平上,假单胞菌、黄杆菌和聚球菌为优势物种;几乎每种细菌都具有显著或极显著的月份差异.假单胞菌的相对丰度与溶解氧和水温皆具有极显著的相关性.聚球菌、蓝细菌、CL-500_marine_group和Alpinimonas皆与水温具有极显著相关性.分枝杆菌、MNG7与溶解氧极显著相关.此外,不同菌群之间也具有显著或极显著的相关性.实验结果表明放养密度、养殖区域、溶氧浓度和季节变化都会影响水体菌群丰富度.
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多子小瓜虫感染后草鱼TLR信号通路基因的表达动态
《南方农业学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：[目的]明确草鱼Toll样受体(Toll-like receptor,TLR)信号通路基因在防御多子小瓜虫(Ichthyophthirius multifiliis)感染过程中的免疫作用,为有效防控鱼类多子小瓜虫感染提供理论参考.[方法]以多子小瓜虫感染草鱼后,采用实时荧光定量PCR检测分析在不同时间点(感染后6 h、12 h、1 d、2 d、3 d、5 d和7 d)草鱼部分TLRs基因(TLR1、TLR2、TLR4、TLR9、TLR20和TLR21)、接头蛋白基因(MyD88和TRIF)、信号转导分子(IRAK4和IRAK1)及细胞因子(IL-1β、TNF-α和IFN)在其皮肤和脾脏中的表达动态变化.[结果]草鱼感染多子小瓜虫后,TLR1、TLR2、TLR9、TLR20和TLR21基因在皮肤和脾脏中的表达主要呈上调趋势,TLR4基因在皮肤中主要呈上调表达,在脾脏中则主要呈下调表达;TLR信号通路接头蛋白基因MyD88和TRIF的表达变化趋势明显不同,其中,MyD88基因的表达在感染后第1~3 d均呈显著上调趋势(P<0.05,下同),而TRIF基因的表达在整个试验过程中绝大多数时间点与对照组无显著差异(P>0.05);IRAK4和IRAK1在皮肤和脾脏中的表达也主要呈上调趋势,但在脾脏中IRAK4在感染后第1 d和IRAK1在感染后第6 h的表达呈显著下调趋势;IL-1β和TNF-α在绝大多数时间点均显著上调,但IFN的表达基本没有变化.[结论]草鱼TLR信号通路中的部分TLRs基因(TL1、TLR2、TLR4、TLR9、TLR20和TLR21)、接头蛋白基因(MyD88)、信号转导分子(IRAK4和IRAK1)及下游细胞因子(IL-1β和TNF-α)均参与防御多子小瓜虫感染的免疫反应,尤其是在感染早期和中期发挥关键作用.
关键词： 草鱼 多子小瓜虫 Toll样受体(TLR) 信号通路 基因表达
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轻微加工即食对虾优势腐败菌鉴定及碳源代谢动力学
《中国食品学报 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为确定轻微加工即食对虾优势腐败菌及其碳源代谢效应差异性,采用MIDI和测序法对优势腐败菌进行鉴定,采用BIOLOG系统对其碳源的代谢能力及代谢动力学进行研究.结果表明,即食对虾优势腐败菌为地衣芽孢杆菌(S1)及枯草芽孢杆菌(S2).两者碳源代谢能力差异性不显著(P>0.05);两者糖类、羧酸类、氨基酸类和脂肪酸/酯类的代谢能力存在差异,糖类代谢能力均最强,其次是羧酸类,S1氨基酸强于脂肪酸/酯类,而S2氨基酸弱于脂肪酸/酯类.S1 4种碳源代谢能力均弱于S2,且脂肪酸/酯类与氨基酸类代谢能力差异性显著(P<0.05);两者碳源代谢动力学存在差异,S1糖类最大比生长速率(除D-海藻糖、蔗糖、D-果糖)和延滞期(除D-海藻糖,蔗糖)均较低,S2羧酸延滞期和最大比生长速率(除L-苹果酸)较高,氨基酸的延滞期(除L-天冬氨酸)和最大比生长速率大于S1,脂肪酸/酯类的延滞期(除吐温40)和最大比生长速率大于S1.本研究通过对即食对虾优势腐败菌鉴定及碳源代谢效应分析,为优化对虾产品配方,抑制优势腐败菌生长和延长货架期提供理论依据.
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长江口及邻近海域凤鲚生境履历重建
《中国水产科学 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：利用X-射线电子探针微区技术(EPMA)对长江口崇明和邻近吕四凤鲚(Coiliamystus)耳石Sr和Ca的微化学进行了分析.定量线分析和Sr含量面分布图谱显示,凤鲚耳石核区的Sr/Ca比值存在Sr/Ca<3、3
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池塘工程化循环水养殖对水环境的季节变化影响
《环境科学与技术 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：池塘生态工程化循环水养殖模式以其具有"集中养殖、主体净水"的优势而成为当前池塘养殖的主推模式之一.该研究选择工程化养殖系统的水体为对象,通过对养殖水体不同季节进行监测、分析,探讨在该种养殖模式下水体环境的季节变化情况.结果表明:水体的DO、p H秋冬季较高(其变幅在5.5~7.8 mg/L、8.0~8.3)、春夏季较低(变幅在3.1~5.6 mg/L、7.6~7.9)的变化特点;夏季可溶性营养盐PO43--P、NO3--N、NH4+-N、NO2--N在集中养殖区处于较高含量,水体TN、TP含量较高,其均值分别为4.038 mg/L、0.178 mg/L,而在夏季处于全年最高值;较高的氮磷含量导致水体中有机质和藻类大量增加,夏季水体中COD、Chl-a含量分别为25.7 mg/L、52.6 mg/m3.养殖水体中较高的氮磷营养盐含量,不但水体藻华增殖严重,而且水体的水环境质量下降和养殖尾水达标排放的净化压力增大.建议后期养殖中控制外围水域中水产品养殖数量、提高水体自净能力和水环境质量.
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珠江口大型底栖动物数量与生物多样性的分布特征
《海洋渔业 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：为了更好地了解河口生物多样性的演变规律及退化机制,根据2015年1—12月珠江口大型底栖动物调查资料对珠江口大型底栖动物现存量和生物多样性的分布特征进行了研究。结果表明,11次采样(受台风影响7月珠江口未采集到大型底栖动物)共获取大型底栖动物67种,其中环节动物多毛纲27种,节肢动物24种,软体动物12种,其它类群4种,主要是底栖鱼类、刺胞动物和纽形动物。2015年珠江口各站位大型底栖动物丰度的变化范围在8～1 192个·m~(-2)之间,珠江口大型底栖动物丰度的高值出现在6月和9月的崖门(分别为1 192个·m~(-2)和1 048个·m~(-2))以及9月的虎跳门(1 048个·m~(-2)),日本大螯蜚(Grandidierella japonica)、中华拟亮钩虾(Paraphotis sinensis)、凸壳肌蛤(Musculus senhousei)和彩虹明樱蛤(Moerella iribescens)丰度较高。大型底栖动物生物量变化范围在0. 02～42. 50 g·m~(-2)之间,生物量的高值出现在9月的崖门、5月的鸡啼门、2—3月的磨刀门及4月的蕉门,上述站位的生物量均大于30. 00 g·m~(-2),缢蛏(Sinonovacula constricta)、光滑河篮蛤(Potamocorbula laevis)、黑龙江河篮蛤(P. amurensis)、凸壳肌蛤和日本大螯蜚生物量较高。珠江口大型底栖动物香浓威纳指数高值出现在3月鸡啼门,为2. 46;低值出现在10月磨刀门,为0. 21。香浓威纳指数均值在1. 11～1. 81之间。鸡啼门和虎跳门大型底栖动物香浓威纳指数值月际变化较稳定。运用ABC曲线对珠江口大型底栖动物扰动状况进行评价,结果表明,1月珠江口大型底栖动物受到中等程度扰动,2—4月大型底栖动物群落有受到中等程度干扰的趋势。
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一株感染深水网箱养殖许氏平鲉的病原菌分离与鉴定
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：2016年7月,山东省长岛县深水网箱养殖许氏平鲉(Sebastes schlegeli)暴发严重皮肤溃疡症。作者对病鱼进行病原菌分离。通过形态学观察、常规生理生化试验、gyrB和16S rDNA基因克隆测序等方法对分离菌株进行鉴定。在病灶溃疡处分离到一株绝对优势菌BZ01,该菌株在TSB固体培养基上呈半透明菌落,在TCBS选择性培养基上菌落呈绿色。透射电镜观察为短棒状,具有单根极生鞭毛。人工回接感染证明,该菌株对许氏平鲉具有较强的致病力,可以引起皮肤溃疡等症状,且与自然感染症状一致,其LD_(50)为2.07×10~6 CFU/ml。通过gyrB和16S rDNA基因序列测定并构建系统发育树显示,菌株BZ01与弧菌属同源性最高,并在系统发育树中与轮虫弧菌(Vibrio rotiferianus)聚为一枝,结合形态及生理生化表型测定结果,将该菌株鉴定为轮虫弧菌(V.rotiferianus)。药敏试验结果显示,该菌株对四环素类、喹诺酮类、香豆素类、肽酰转移酶类高度敏感,而对大环内酯类、多肽类、磺胺类、β-内酰胺类、氨基糖苷类中度敏感或不敏感。
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饲料中添加复合芽孢杆菌对凡纳滨对虾抗病毒感染能力及抗病基因表达的影响
《渔业科学进展 》 2019 北大核心 CSCD
摘要：自健康凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)分离到枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)、地衣芽孢杆菌(B. licheniformis)和短小芽孢杆菌(B. pumilus),将上述芽孢杆菌以单一和3株复合的方式包裹在基础饲料表面,制成益生菌饲料;每日投喂对虾,3周后进行白斑综合征病毒(WSSV)人工感染.统计实验组和对照组的累积死亡率,测定对虾鳃组织内WSSV拷贝数,分析对虾肠道组织含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白酶基因(Caspase)和硫氧还原蛋白基因(Trx)的相对表达量.结果显示,感染实验结束时,A组(枯草芽孢杆菌)、B组(地衣芽孢杆菌)、C组(短小芽孢杆菌)和D组(枯草芽孢杆菌+地衣芽孢杆菌+短小芽孢杆菌复合益生菌)的对虾累积死亡率分别为(73.3±7.0)%、(63.3±5.5)%、(75.0±7.9)%和(50.0±5.3)%,显著低于对照组(PBS组)(100%);在整个感染阶段,各实验组的病毒拷贝数呈先上升后下降的趋势,但对照组呈现一直上升趋势,且显著高于实验组.抗病基因表达结果显示,WSSV感染后,各组对虾肠道Caspase相对表达量随感染时间的延长呈先上调再下调的趋势,且在18h各组对虾肠道Caspase表达量达到最大值;益生菌摄取和WSSV感染都能刺激Trx的表达,益生菌的刺激相对平缓,且各实验组对虾肠道Trx相对表达量在WSSV感染后的18h时陡升到最大值,极显著高于对照组,且以D组的激活能力最强.研究证实,枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌和短小芽孢杆菌均可提高对虾抗WSSV感染能力,复合芽孢杆菌抗病毒能力最突出.对虾抗病力的提高可能与芽孢杆菌减缓了病毒在靶组织的增殖速率、提高了Caspase和Trx基因表达水平相关.
关键词： 凡纳滨对虾 芽孢杆菌 WSSV 天冬氨酸蛋白酶基因 硫氧还原蛋白基因 定量PCR
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