科研产出
4份临床样品中羊口疮病毒F1L、B2L和GIF基因的进化分析
《福建农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：【目的】研究2021年福建省部分羊场羊口疮病毒（Orf virus, ORFV）分子流行病学情况。【方法】对2021年采集的4份病料经PCR鉴定ORFV阳性的临床样品分别克隆其F1L、B2L和GIF基因，将获得的克隆质粒送往测序公司进行测序，将测序拼接后的序列上传至GenBank数据库中，利用生物信息学软件进行对比分析。【结果】4份临床样品中ORFV的F1L、B2L和GIF基因核苷酸序列相似性分别为98.0%～98.8%、98.4%～99.5%和97.2%～99.6%；与国内流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.4%～99.4%、97.4%～99.9%和95.7%～99.0%；与国外流行毒株核苷酸序列相似性分别为97.5%～98.6%、97.9%～98.9%和95.6%～98.0%；与德国D1701弱毒株核苷酸序列相似性分别为96.5%～96.8%、98.0%～98.7%和96.0%～96.4%，与NZ2参考株核苷酸序列相似性分别为97.7%～98.1%、97.5%～98.1%和95.9%～96.1%。遗传进化树结果显示4份临床样品中ORFV与吉林（NA17、SY17和CL18株）、福建SJ1株和印度MP株亲缘关系较近；与美国OV-IA82株、德国D1701弱毒株、新西兰NZ2参考株和中国疫苗株亲缘关系较远；表明当前流行毒株可能是本省毒株、国内吉林GZ18株和国外印度MP株的重组毒株。【结论】获得4份临床样品中ORFV B2L、F1L和GIF基因序列并上传至GenBank数据库中，丰富了ORFV相关基因序列的数据库，同时阐明福建省部分羊场当前ORFV的流行特征，为福建省今后有效防控Orf提供理论依据。
关键词： 羊口疮病毒 F1L基因 B2L基因 GIF基因 进化分析
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5种海水养殖石首鱼类肠道菌群多样性的比较
《水产学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为探究海水养殖石首鱼类肠道菌群的结构特征及宿主遗传因素对肠道菌群的影响,实验采用基于Illumina Hiseq2500测序平台的高通量测序技术,对福建宁德三都澳养殖的5种石首鱼类(大黄鱼、黄姑鱼、状黄姑鱼、和眼斑拟石首鱼)的肠道菌群进行16S rDNA V3~V4区测序分析.各样本得到unique tags的数目为20351~43347个,上述5种鱼类分别得到479、626、603、518和556个操作分类单元(OTUs),分类注释结果显示,这些OTUs可划归33门273属.5种石首鱼类肠道内容物和肠道壁样品均以变形菌门、拟杆菌门和厚壁菌门细菌为主要优势菌群,约占总菌量的70%,在大黄鱼肠道菌群中,螺旋菌门细菌占比达26.19%,也是其主要优势菌群.在属分类水平上,芽孢杆菌属、发光杆菌属、弧菌属、金黄杆菌属、鞘氨醇单胞菌属及假单胞菌属等属细菌是5种养殖石首鱼类的主要类别.肠道菌群多样性的分析表明,Shannon多样性指数:黄姑鱼>状黄姑鱼>眼斑拟石首鱼>>大黄鱼,这些养殖石首鱼类的肠道内容物菌群的多样性均高于肠道壁.对上述鱼类种间的肠道菌群差异性分析显示,大黄鱼与眼斑拟石首鱼之间肠道菌群的相似度要高于黄姑鱼、状黄姑鱼和,而黄姑鱼、状黄姑鱼和间的相似度较高.研究表明,5种海水养殖石首鱼类肠道菌群中存在自身特色的核心菌群,肠道菌群结构的差异与种类间的系统进化关系相似,说明肠道菌群结构与宿主遗传因素密切相关.本研究可为养殖石首鱼类饲料及益生制剂的开发、病害的防控等提供科学依据,并为宿主遗传因素对鱼类肠道菌群影响的研究提供相关实验证据.
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红曲废渣发酵制备枯草芽孢杆菌微生态制剂
《食品工业科技 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：本研究通过单因素和响应面分析优化红曲废渣制备枯草芽孢杆菌微生态制剂的条件,对发酵过程中可溶性糖和可溶性蛋白质的含量进行追踪,以分析菌体增长的限制因素,并对该微生态制剂的储藏稳定性和体外抗氧化性进行评估.结果表明,当发酵条件为:红曲废渣浓度100 g/L,枯草芽孢杆菌接种量为10%(5 lg CFU/mL),摇床转速为220 r/min时,在37℃条件下发酵48 h可获得枯草芽孢杆菌最高产量为(9.3±0.3)lg CFU/mL.红曲废渣中可溶性葡萄糖的含量是限制枯草芽孢杆菌生长的主要因素.当可溶性糖含量较低时,枯草芽孢杆菌的生长基本停止.根据加速保存实验可计算出微生态制剂在20℃下保存3个月后的活菌数为8.7 lg CFU/mL,高于应用标准.微生态制剂具有较强的抗氧化性,其DPPH自由基清除能力为0.25 mg/mL(IC50),羟自由基的清除能力为0.69 mg/mL(IC50).本研究证明红曲废渣可作为原料制备枯草芽孢杆菌微生态制剂,为微生物发酵废渣的可持续性绿色加工提供了实践依据.
关键词： 红曲废渣 枯草芽孢杆菌 微生态制剂 储藏稳定性 抗氧化活性
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整合转录组数据鉴定大型真菌原基形成的潜在通路（英文）
《微生物学通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[背景]大型真菌子实体发育特别是从菌丝体到原基转变的分子机制,目前仍不清楚。现有的研究大多集中在有限的真菌种类或环境因素上,但对在发育中起关键作用的基因提供的信息有限。[目的]研究大型真菌原基形成的分子机制。[方法]对11个物种及4个环境因子相关的转录组数据进行分析。[结果]与对照组相比,上调基因数量从白灵菇(Pleurotus tuoliensis)的325个到梅里克氏菌(Rickenella mellea)的2 854个,下调基因数量从白灵菇的379个到圆环蜜环菌(Armillaria ostoyae)的3 189个。根据gene ontology (GO)注释,前3个生物过程类别为氧化-还原过程、代谢过程和碳水化合物代谢过程。此外,细胞成分类别中膜整体成分、核、膜等显著富集。同样地,分子功能类别包括水解酶活性、氧化还原酶活性和催化活性。[结论]大型真菌在原基形成中存在可能发挥重要作用的共同通路。
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基于高通量测序的福建北部马铃薯晚疫病株根际土壤细菌群落分析
《微生物学通报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[背景]马铃薯晚疫病是一种由致病疫霉[Phytophthora infestans(Mont.)de Bary]引起的毁灭性病害,当环境条件适宜时,残留在土壤中的病原菌会侵染马铃薯植株导致病害的发生.[目的]明确健康马铃薯植株与发病植株的根际土壤细菌结构与多样性.[方法]采集马铃薯晚疫病发病地的健康植株根际土壤(M2J)和发病植株根际土壤(M2G),对土样中的细菌群落进行基于Illumina MiSeq测序平台的宏基因组高通量测序分析.[结果]发病植株根际土壤细菌的优质序列比健康植株少3.31%(1 747条),OTU少24.58%(1 466个).在门水平上,健康植株和发病植株根际土壤微生物组成相似,但相对丰度存在显著差异.其中发病后植株根际土壤菌群变形菌门(Proteobacteria)相对丰度增加17.70%,绿弯菌门(Chiloroflexi)相对丰度增加了 1.58%,而酸杆菌门(Acidobacteria)相对丰度降低了 6.13%,放线菌门(Actinobacteria)相对丰度降低了 4.28%,芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)相对丰度降低了 1.41%,疣微菌门(Verrucomicrobia)相对丰度降低了 3.11%.在属水平上,发病植株根际的Rhodanobacter和鞘氨醇单孢菌属(Sphingomonas)相对丰度比健康植株增加了 8.63%和3.51%;而 Vicinamibacteraceae、norank_f_norank_o_Vicinamibacterales、norank_f_Gemmatimonadaceae、Chujaibacter 和黄杆菌属(Flavobacterium)的相对丰度低于健康马铃薯植株.[结论]感染马铃薯晚疫病后的植株根际土壤细菌结构和多样性显著低于健康植株,细菌菌落多样性降低,且部分优势细菌门、属类群占比发生改变.
关键词： 马铃薯;晚疫病;根际微生物;多样性
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植物棉子糖家族寡糖(RFOs)在种子活力及非生物胁迫中的生物学功能研究进展
《福建农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：植物生长发育遭受的非生物胁迫及其种子储藏过程中活力的丧失,是农业生产上难以解决的两大问题.棉子糖家族系列寡糖(RFOs)是植物中广泛存在的可溶性低聚糖,其代谢产物一方面可通过多种途径参与植物抵抗非生物胁迫,另一方面可参与调控种子活力,但目前RFOs在不同胁迫中的调控途径和分子机制尚不明确.因此,解析RFOs的生物学功能,对于利用该通路改善作物经济性状、提高作物产量具有重要的现实意义和应用价值.本文主要阐述了RFOs的合成与分解代谢通路,总结近年来RFOs在种子活力、非生物胁迫特别是干旱胁迫及冷胁迫中的研究进展,讨论RFOs代谢作用机制方面研究存在的不足,并展望RFOs代谢未来重点研究方向.
关键词： 棉子糖家族系列寡糖;非生物胁迫;种子活力
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不同品种和生长期嘉宝果叶片酚类及挥发性物质研究
《核农学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为研究不同品种和生长期嘉宝果叶片酚类及挥发性物质的含量和组成,分别通过比色法、水蒸气蒸馏法和顶空-气相色谱/质谱联用技术,对沙巴、四季早生、福冈等9个品种嘉宝果老/嫩叶的总酚、总黄酮、精油含量和挥发性成分进行测定.结果表明,沙巴嫩叶的总酚含量(31.87%)最高;阿根廷嫩叶总黄酮含量(24.81%)最高;沙巴老叶精油含量(2.78‰)最高,其次为沙巴嫩叶(2.42‰).老叶中相对含量在 0.05%以上的挥发性化合物有 31~44 种,均以萜类为主;嫩叶中相对含量在0.05%以上的化合物有28~40种,同样以萜类为主.除沙巴、阿根廷、大红钻老/嫩叶和福冈老叶外,其余老/嫩叶均以倍半萜为优势成分.沙巴老叶主要成分为α-蒎烯、桉叶油醇;沙巴嫩叶为β-蒎烯和α-蒎烯;阿根廷老/嫩叶、大红钻嫩叶和白艾斯老叶为β-蒎烯;福冈老/嫩叶为β-石竹烯;四季早生、大巨红晶、艾斯卡老/嫩叶为β-胡椒烯;乔尼尔老/嫩叶为β-石竹烯、β-胡椒烯.主成分分析结果表明,单萜含氧衍生物、α-蒎烯、单萜烯、β-蒎烯、α-芹子烯是导致不同品种间嘉宝果老叶香气差异的主要物质;倍半萜烯、单萜烯、β-蒎烯、α-蒎烯、β-石竹烯是导致不同品种间嘉宝果嫩叶香气差异的主要物质.综上,沙巴嫩叶总酚含量最高,精油含量较高,活性挥发性物质蒎烯(α-蒎烯+β-蒎烯)相对含量高达62.41%,在抗菌、抗炎、抗氧化、抗肿瘤等方面有潜在的利用价值,在医药领域有极大的研究价值和开发潜力.
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新型鸭呼肠孤病毒、新型鹅细小病毒和鸭坦布苏病毒多重PCR检测方法的建立及初步应用
《福建农业学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：[目的]建立能同时检测新型鸭呼肠孤病毒(New-type duck reovirus,NDRV)、新型鹅细小病毒(Novel goose parvovirus,NGPV)和鸭坦布苏病毒(Duck Tembusu virus,DTMUV)的方法.[方法]根据NDRV、NGPV和DTMUV基因组的保守区域设计3对特异性引物,预期特异性扩增NDRV、NGPV和DTMUV的片段大小分别为594、467、328 bp,建立可同时检测NDRV、NGPV和DTMUV的多重PCR检测方法,对其进行特异性、敏感性及重复性检验,并在临床上进行初步应用.[结果]特异性检测结果表明,该多重PCR方法可同时扩增NDRV、NGPV、DTMUV的目的片段,且未扩增出其他鸭常见病原;敏感性结果显示NDRV、NGPV和DTMUV的检测下限分别为8.80×104、4.03×104、2.15×104 copies·μL?1;重复性试验表明该方法具有良好的重复性.采用建立的多重PCR方法对167份临床样品进行检测结果显示,其检测结果与该3种病毒的常规单一PCR检测结果符合率为100%.[结论]建立的多重PCR检测方法具有特异性强、敏感性高、重复性好等优点,适用于临床样品中存在以上3种病原感染的检测和流行病学调查.
关键词： 新型鸭呼肠孤病毒;新型鹅细小病毒;鸭坦布苏病毒;多重PCR
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兔源F型多杀性巴氏杆菌环介导等温扩增快速检测方法的建立
《中国兽医学报 》 2022 北大核心 CSCD
摘要：为了建立检测兔源F型多杀性巴氏杆菌的快速检测方法，本试验根据F型多杀性巴氏杆菌fcbD基因的保守序列设计了2对特异性引物，经反应条件优化，建立了检测兔源F型多杀性巴氏杆菌的环介导等温扩增（LAMP）快速检测方法。结果显示，该LAMP快速检测方法的最优反应条件为：外引物和内引物的浓度比为1∶7、反应温度为65℃、反应时间为60 min。该方法特异性强，对兔源A型和D型多杀性巴氏杆菌、支气管败血波氏杆菌、肺炎克雷伯菌、大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和阴性对照（灭菌ddH2O）均无交叉反应。该方法敏感性高，最低检出限为1×10~2拷贝/μL的兔源F型多杀性巴氏杆菌基因组DNA,是普通PCR方法的10倍。此外，该方法重复性好，准确性高。该方法的建立为兔源F型多杀性巴氏杆菌的快速检测提供了有力的技术支撑。
关键词： 兔 F型多杀性巴氏杆菌 fcbD基因 LAMP快速检测方法
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