科研产出
基于Bayesian的海洋脂肪酶发酵过程软测量建模
《测控技术 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：针对海洋微生物低温碱性脂肪酶发酵过程中的关键生物参数(如菌体浓度、葡萄糖浓度等)难以在线检测,提出了一种基于贝叶斯证据框架下的加权最小二乘支持向量机(WLS-SVM)的建模方法。首先,对生物参数进行非线性建模分析,确定软测量模型的辅助变量。然后,应用训练样本集对最小二乘支持向量机进行训练,训练过程中运用贝叶斯证据框架下的三层推断确定模型的最优权向量、最优正则化参数、最优核参数。为了提高模型的鲁棒性,根据误差变量确定权重系数,建立了在发酵过程中可准确预测生物参数的WLS-SVM模型。试验仿真中与传统最小二乘支持向量机模型进行对比,结果表明,基于贝叶斯证据框架下的加权最小二乘支持向量机模型具有计算速度快、泛化能力强、预测精度高等特点。
关键词： 脂肪酶 软测量模型 加权 最小二乘支持向量机 贝叶斯
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剑尾鱼IgZ基因的克隆及疫苗免疫对其在组织中表达的影响
《水产学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为研究剑尾鱼Ig Z基因序列及其在疫苗免疫后的表达规律,本实验根据已知的EST库设计引物,利用RT-PCR等方法,获得剑尾鱼Ig Z基因c DNA全长序列,并进行生物信息学分析和疫苗免疫后组织表达分析。结果显示,剑尾鱼Ig Z基因全长序列为5 420 bp,包含4个外显子和3个内含子;c DNA序列全长1 527 bp,包含一个1 299 bp的完整ORF框,该基因编码432个氨基酸,预测其编码蛋白的分子量大小为47.48 ku,并具有Ig Z的基本结构,与其他硬骨鱼类Ig Z氨基酸序列一致性为28%~54%。荧光定量PCR分析结果显示,Ig Z基因主要在剑尾鱼的头肾、脾脏和肠中分布,且疫苗免疫后11天内,Ig Z基因在头肾、脾脏和肠组织中均表现为先上升后下降的趋势。头肾中Ig Z基因的表达量在第4天时最高,为对照组的2.12倍;脾脏中Ig Z基因在第4天时呈现最高峰,为对照组的4.65倍;肠组织中Ig Z基因的表达量在12 h时有一个小高峰,第2天时最高,为对照组的11.41倍。本研究获得了剑尾鱼Ig Z基因c DNA全长序列,并对其表达规律进行了初步研究,发现Ig Z在肠道黏膜免疫中具有重要作用,这将为进一步验证其在黏膜免疫中的作用以及剑尾鱼作为疾病研究模式动物和疫苗免疫评价模型奠定基础。
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养殖对虾肝胰腺坏死综合症研究进展
《广东农业科学 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：自2010年在我国海南岛对虾养殖场首次报道发现对虾肝胰腺坏死综合症(又名早期死亡综合症)以来,该病害在越南、马来西亚、泰国、墨西哥、印度等地的对虾养殖场陆续出现,目前已严重影响了亚洲和南美洲等众多对虾养殖主产区国家,导致全球对虾大规模减产。对于该病害的病原学业界存在不同的观点,包括弧菌感染、有害蓝藻影响、环境毒素引起的中毒、养殖对虾生物量超出池塘水环境的承载量、病毒和寄生虫感染、种苗质量退化等。针对该病害的基本情况,梳理了近两年国内外的最新研究进展,系统分析了该病症的流行态势、病原病因、检测技术、防控措施和对策等,以期为今后进一步摸清其病原和致病机理,建立有效的防控技术方案提供参考。
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α-酮戊二酸对杂交鲟肠道形态、消化酶活力和抗氧化能力的影响
《大连海洋大学学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：为了研究α-酮戊二酸(α-ketoglutarate,AKG)对杂交鲟Acipenser schrenckii♀×Acipenser baeri♂肠道形态、消化酶活力和抗氧化能力的影响,在22℃条件下用添加AKG的饲料饲喂体质量为(7.65±0.04)g的杂交鲟,试验分为4组,每组设5个平行,每个平行放25尾鱼,试验饲料分为大豆浓缩蛋白源、鱼粉与大豆浓缩蛋白复合蛋白源两种,每种蛋白源饲料均添加不同浓度(0和1%)的α-酮戊二酸,用4种试验饲料分别饲喂4组体质量为(7.65±0.04)g的杂交鲟鱼8周。结果表明:AKG能显著提高杂交鲟后肠绒毛高度(P<0.05),不同蛋白源对肠道形态均无显著影响(P>0.05),蛋白源和AKG对肠道形态无交互作用(P>0.05);AKG能显著提高杂交鲟蛋白酶活性(P<0.05),但对脂肪酶和淀粉酶无显著影响(P>0.05),大豆浓缩蛋白源能显著提高蛋白酶和淀粉酶活性(P<0.05),复合蛋白源对肠道消化酶活性无显著影响(P>0.05),蛋白源和AKG对脂肪酶和淀粉酶活力有交互作用(P<0.05);AKG能显著提高肠道中SOD活性并显著降低MDA含量(P<0.05),但对GSH和CAT含量均无显著影响(P>0.05),不同蛋白源对肠道抗氧化能力均无显著影响(P>0.05),蛋白源和AKG对MDA含量有交互作用(P<0.05),对其他抗氧化指标均无交互作用(P>0.05)。研究表明,饲料中添加AKG可以促进杂交鲟肠道发育,提高肠道消化酶活性和抗氧化能力。
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半滑舌鳎性别决定的QTL互作研究
《农业生物技术学报 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)成体雌雄差异较大,性别控制是提高半滑舌鳎养殖效益的有效手段,而实现性别控制的关键在于揭示半滑舌鳎的性别决定的遗传机制。半滑舌鳎的遗传性别决定方式为ZW型,这种性别决定方式可能存在多因子剂量效应,其性别决定不仅与性染色体有关,常染色体也会参与性别调控,遗传性别是性染色体和常染色体的协同作用的结果。本研究从数量性状基因座(quantitative trait loci,QTL)互作的角度来探讨半滑舌鳎遗传性别决定机制,将性别作为二项性状,利用半滑舌鳎高密度微卫星遗传连锁图谱,采用logistic回归模型扫描所有标记间的二阶组合对性别是否存在影响。研究结果发现,共有5个标记组合在P<0.05显著水平上被检测出来,其中组合SCAFFOLD149_7459和SCAFFOLD7854_71905在P<0.01水平上显著;5个交互组合位于7个常染色体的9个标记当中,这些标记主要集中在连锁群2、10和11,其中连锁群10-11发现了两个差异显著的交互对,且两个交互对均有SCAFFOLD149_7459,说明SCAFFOLD149_7459可能在互作过程中具有较大的影响。研究表明这些标记附近的基因参与了半滑舌鳎的性别决定,也即常染色体可能参与其性别决定的过程,这对进一步研究半滑舌鳎的性别决定和性别控制具有重要意义。
关键词： 半滑舌鳎 性别决定 数量性状基因座(QTL)互作
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基于线粒体COⅠ基因序列的三疣梭子蟹东海区群体遗传多样性分析
《海洋渔业 》 2015 北大核心 CSCD
摘要：通过对分布在东海区远海区(济州岛海域)和近海区(长江口以南和以北海域)的三疣梭子蟹(Portunus trituberculatus)自然群体线粒体COⅠ基因部分序列的测定,比较并分析了其群体遗传多样性和遗传结构。在24个采集点共286个样本的线粒体COⅠ序列中共检测到45种单倍型,单倍型多样性为0.864;核苷酸多样性为0.002 84,平均核苷酸变异数是1.686,其中有23个单倍型为单个采集点所独享,Hap3出现频率最高,在23个采样点的83个样本中均有发现,是所有三疣梭子蟹样本的共享中心单倍型。群体遗传多样性分析显示,远海区群体的遗传多样性水平最高,其次为长江口以北群体,长江口以南群体最低。由群体间遗传距离、系统进化树和单倍型网络关系图发现,东海区海域三疣梭子蟹种群间存在基因交流,亲缘关系的远近不以地理位置的远近为依据;AMOVA分子方差分析结果显示,三疣梭子蟹的遗传变异主要来自群体内,而群体间无显著遗传分化,不存在明显的地理趋势。
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两株海洋微生物抗肿瘤代谢产物的筛选及其菌种鉴定
《渔业科学进展 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：对5株海洋微生物进行发酵培养,发酵液离心后,收集上清液,采用饱和正丁醇萃取制备海洋微生物的代谢产物,采用MTT活性跟踪法,以BEL-7402、RKO、A549、U251和MCF-7等细胞系为模型,对代谢产物进行抗肿瘤活性的筛选。结果显示,菌株S-1和N16代谢产物的活性组分具有较好的抗肿瘤活性:菌株S-1对MCF-7、U251和BEL-7402三种肿瘤细胞的IC50值分别为44、102和82μg/ml;菌株N16对MCF-7和BEL-7402两种肿瘤细胞的IC50值分别为84、133μg/ml。对菌株S-1和N16进行了16S r RNA序列分析、生理生化特征鉴定,结果显示,菌株S-1为短芽孢杆菌属(Brevibacillus sp.),N16为芽孢杆菌属(Bacillus sp.)。通过显微镜观察了菌株Brevibacillus sp.S-1和Bacillus sp.N16代谢产物的活性组分对BEL-7402细胞形态的影响,表明两株菌的活性组分可以改变肝癌细胞BEL-7402的细胞形态,抑制细胞增殖。该研究为新型抗肿瘤先导化合物的发现提供了新的海洋微生物种质资源。
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海州湾大竹蛏资源保护区海水环境质量评价
《渔业科学进展 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：根据2008-2013年夏季对海州湾大竹蛏国家级水产种质资源保护区表层海水营养盐、重金属以及相关环境因子的连续调查数据,运用综合质量指数法对该海域海水水质状况进行了综合评价,并运用潜在富营养化评价法和主成分分析法从不同方面分析了该海域的海水环境质量。结果显示,近6年海州湾调查海域海水环境质量均符合国家一类海水水质标准,属于尚清洁等级。根据营养化评价模式,2008年海州湾调查海域营养水平属磷限制潜在性富营养,2012年属贫营养。海水的N/P均大于Redfield值,表明调查海域受到磷限制。通过主成分分析,COD、As、DIN、Cu和Cd具有较高的正载荷,主要是有机污染、营养盐和重金属。海州湾调查海域核心区海水环境更易于受到污染,应当引起重视。
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七带石斑鱼和云纹石斑鱼幼鱼在封闭循环水条件下的生长特性
《渔业科学进展 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：观测研究了七带石斑鱼(Epinephelus septemfasciatus)幼鱼和云纹石斑鱼(Epinephelus moara)幼鱼在封闭式循环养殖系统中的生长特性,用SPSS 17.0软件中的Curve Estimation对相关数据进行模型分析与参数估计。结果表明,经过122 d的养殖,七带石斑鱼幼鱼平均体质量由(114.836±25.343)g增加到(213.861±38.604)g,相对增长率为0.707%,全长(TL)与养殖时间(t)的函数关系式为TL=-0.006t3+1.622t+13.954,体质量(W)与体长(BL)的关系式为W=0.436BL2.055;云纹石斑鱼幼鱼平均体质量由(79.620±13.007)g增加到(238.086±46.307)g,相对增长率为1.631%,全长(TL)与养殖时间(t)的函数关系式为TL=-0.013t2+2.008t+11.540,体质量(W)与体长(BL)的关系式为W=0.018BL3.083。两种幼鱼丰满度生长差异不显著(P>0.05),都保持在2.2-3.4之间。
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青岛陆源排污口邻近海域异养细菌的组成与分布
《渔业科学进展 》 2014 北大核心 CSCD
摘要：对青岛近海度假区、港口区、养殖区、工业区4类排污口邻近海域异养细菌的组成与分布进行了调查研究,采用海洋异养细菌平板涂布培养法分离细菌,基于16S rDNA的扩增性DNA限制性酶切片段分析(ARDRA)进行聚类筛选并测序鉴定。结果显示,青岛排污口邻近海域可异养培养的菌株分布于变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)4个细菌类群,变形菌门细菌数量占总测序数量的68%,其中γ-变形菌纲的数量在变形菌门中占88%;不同海域中细菌组成与分布有所不同,放线菌门和拟杆菌门的细菌种类较少且各海域分布有所不同,但γ-变形菌纲的弧菌属细菌(Vibrio sp.)在4类海域中均被发现,占总检测量的18.54%,其中溶藻胶弧菌(Vibrio alginolyticus)占弧菌总量的25%。不同海域也检测到V.parahaemolyticus、V.harveyi、V.campbellii、V.parahaemolyticus等水产养殖业的潜在致病菌。根据16S rDNA系统进化关系和细菌门类聚类分析得到的结论推断,工业区与养殖区海域的细菌组成和分布相似度较高,推断各海域的细菌组成与排污口类型有一定相关性。
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