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猪Toll样受体4基因(TLR4)外显子SNP检测及生物信息学分析

文献类型： 中文期刊

作者： 刘筱 1 ; 方晓敏 1 ; 任守文 1 ; 李碧侠 1 ; 王学敏 1 ;

作者机构： 1.江苏省农业科学院畜牧研究所

关键词： 猪;Toll样受体4;SNP;生物信息学

期刊名称： 江苏农业学报

ISSN： 1000-4440

年卷期： 2011 年 27 卷 04 期

页码： 97-104

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)是天然免疫系统识别病原微生物的主要受体,其多态性与动物对相关病原的免疫力有着明显的相关性。为了对猪TLR4基因进行多态性分析,试验采用PCR-SSCP结合核苷酸测序法研究了梅山猪、二花脸猪、苏钟猪、姜曲海猪、淮猪、金华猪、大约克猪、皮特兰猪及金华与皮特兰杂交F2代猪(JPF2)9个群体共90个样本TLR4基因外显子序列的单核苷酸多态性,并对猪TLR4基因进行了生物信息学分析。结果检测到4个突变:G400A、G962A、C1027A、G960A,其中前3个为有义突变,且C1027A突变引起编码氨基酸性质的改变;生物信息学分析表明猪TLR4基因含有一个2 526 bp的开放阅读框,编码841个氨基酸;序列比较发现猪与牛、绵羊、人和小鼠TLR4基因cDNA序列相似性分别为87%、86%、79%、73%,编码的氨基酸序列相似性分别为81%、80%、73%、64%。TLR4基因多态性检测结果表明猪TLR4基因的单核苷酸多态性在中外猪种中存在明显差异,结合生物信息学分析推测该基因编码蛋白质LRR(富含亮氨酸重复序列)功能域上的突变可能与猪种对疾病的易感性不同有关。

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