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谷子TCP基因家族成员序列特征及表达模式分析

文献类型： 中文期刊

作者： 连卜颍 1 ; 王喆 1 ; 韩尚玲 1 ; 侯思宇 1 ; 韩渊怀 1 ; 李红英 1 ;

作者机构： 1.山西农业大学农学院;山西农业大学农业生物工程研究所;山西农业大学杂粮种质资源发掘与遗传改良山西省重点实验室

关键词： 谷子(Setaria italica);TCP;转录因子;生物信息学分析;基因表达分析

期刊名称： 分子植物育种

ISSN： 1672-416X

年卷期： 2020 年 03 期

页码： 710-718

收录情况： 北大核心 ; CSCD

摘要： 为深入解析谷子TCP基因家族的功能,通过生物信息学方法对谷子TCP转录因子家族基因成员序列特征、基因结构、染色体定位、系统进化关系及表达模式进行分析。结果表明:除第8染色体之外,从谷子基因组上其余8条染色体中共鉴定出26个TCP家族成员,并根据其在染色体的顺序和位置先后进行命名,其中分布在第3和第5染色体上的TCP家族成员数量最多,高达5个。不同家族成员其编码的氨基酸残基数目具有明显差异,范围为95 aa～451 aa。其中SiTCP21基因编码氨基酸残基数目最少为95个氨基酸;而SiTCP15最多为451个氨基酸残基。26个TCP家族成员的蛋白结构中均含有bHLH保守结构域。基因表达分析结果表明,31%的成员在穗中的表达量明显高于其他组织,因此推测该基因家族可能对谷子穗部生长发育的调控起关键作用。本研究对深入研究Si TCPs家族基因的功能奠定了基础,也为谷子生长发育的调控机制提供了新的思路。

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