文献类型： 中文期刊
作者： 黄艳青 1 ; 刘港彪 2 ; 王利 2 ;
作者机构： 1.农业部东海与远洋渔业资源开发利用重点实验室(中国水产科学研究院东海水产研究所)
2.国家民委-教育部重点实验室(西南民族大学生命科学与技术学院)
关键词： 鮰爱德华菌;外膜蛋白;结构预测;生物信息学
期刊名称： 生物信息学
ISSN： 1672-5565
年卷期： 2016 年 14 卷 02 期
页码： 61-70
摘要： 采用PCR方法从鮰爱德华菌基因组中扩增出外膜蛋白OmpLC基因,利用生物信息学相关软件和网络数据库,预测该基因编码产物的基本理化性质、亲疏水性、信号肽、跨膜性、二级结构、结构域及基序、以及三级结构,同时构建OmpLC同源基因的系统发育进化树。结果表明:该蛋白由360个氨基酸组成,分子量为39.407 k D,理论等电点为4.98,不稳定系数为18.26,是一种稳定的强亲水性蛋白,有信号肽,成熟蛋白无跨膜螺区。其二级结构中α螺旋、β折叠和无规则卷曲分别占6.67%、45.28%和48.06%,其空间结构为β桶状,属于OM_channels superfamily的gram_neg_porins成员。蛋白质多重序列比对和聚类分析显示,该蛋白序列与OmpLC蛋白(AEQ59632、AEQ59639)具有高度同源性,且在系统发育树上与二者聚为一簇。鮰爱德华菌OmpLC的生物信息学分析不仅为进一步探索该蛋白的功能提供参考资料,也为研究鮰爱德华菌的感染和致病机理,研制相关疫苗提供理论依据。
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